日本在依靠暴力建立“大东亚共荣圈”的同时，也不得不依靠暴力才能对其进行统治。为了强化殖民统治机构，日本成立了各种法西斯组织，凭借武力大肆镇压各国抗日群众，滥杀无辜人士，对占领区人民实行法西斯的恐怖专政和殖民统治，给人们带来无穷的灾难。
在东南亚，日本让自己扮演了“亚洲人的解放者”的角色，标榜战争的目的是“赶走西方殖民者”，追求大东亚的“共存共荣”。实际上日本在这里同样实行着残暴的殖民统治。
在缅甸，1942年8月1日，巴莫在日本扶持下建立傀儡政权——“行政委员会”，一切群众性的民主组织均被取缔，民众稍有不满即受严刑拷打，甚至被处死。“缅甸独立军”被解散，代之以“国民军”，实则是日军控制下的傀儡军。日本在缅甸共设警署334个，警察15968人，警察机构得到加强。除此之外，日本还建立了间谍和告密的系统。
在马来西亚，日本基本依靠当地封建势力与统治机构的合作去镇压农民，洗劫城市，大肆屠杀抗日民众和无辜人士。三年之内，竟有10万马来西亚人惨遭杀害。
在新加坡，日本于1942年2月进行的“大验证”中，有25万人被杀于海滩上；新加坡还被日本改名为“昭南市”，作为日本统治东南亚的军政中心。日军侵略者还在马来西亚、新加坡大肆屠杀当地华人，制造了无数骇人听闻的惨案，仅新加坡就有7万华人被逮捕和审问，5000华人被监禁，许多华人被当做练刺杀的活靶子。
日本在菲律宾实行法西斯的血腥恐怖专政，规定“任何企图伤害日兵和日本平民的行动”，都以枪毙10个菲律宾人为惩罚。日军统治期间，菲律宾人战死和被屠杀者共111万人，财富损失（包括死亡人口折合值）共160亿比索，约合80亿美元。
日本将荷属东印度划分为三部分：第25集团军驻守苏门答腊；第16集团军驻守爪哇和马都拉；其余地区由海军管辖。各地设军政府进行统治，取缔一切进步组织，禁止一切政治活动，镇压抗日人士。在加里曼丹，日军一次就处死了2万人。
日本在“大东亚共荣圈”内进行殖民统治的另一项重要内容是摧残各民族文化，推行奴化教育。它较之于法西斯的恐怖专政似乎温和一些，其实是日本实行殖民统治最毒辣的手段，力图从根本上、从长远的目标上巩固其对亚洲各国人民的统治。
在泰国首都曼谷，日本于1943年开办了日本文化学院。为使它“不仅是传播日本文化的中心，而且也是一个在泰国普及日语的机构”，日本政府不惜血本，拨款280万日元。日本还主张把泰国变成世界佛教的中心，并以沙拉武里为宗教中心。
在印度支那，日本把封建教派“高台教”和“和好教”联合改造成“国际宗教集团”，令该教奉日本天皇为最高领袖，为日本法西斯统治服务。
在缅甸，日本禁止使用英语，大办日语学校，到1943年底，开办的日语学校已有25所，在校学生数千人。日本在缅甸还先后成立了“缅甸振兴佛教联盟”、“缅甸僧侣大会”等组织，开展以“日缅亲善”为主要内容的活动，利用佛教僧侣来巩固日本的殖民统治。此外，日本还组织了“睦邻协会”、“作家联合会”等形形色色的亲日文化组织。
在荷属东印度，日本禁止使用荷兰语和英语，甚至将历法也改为日本历。1942年3月，日本在荷属东印度建立宗教事务部。
日本法西斯军国主义在“大东亚共荣圈”内除实行恐怖统治外，还对占领区进行疯狂的经济掠夺。
日军每到一地立即无偿地占有该地区的财富、资源和劳动力。1942年2月21日，日军大本营和政府联席会议通过《应如何使用帝国资源圈的决定》，将日本、中国和西南太平洋地区划为“帝国资源圈”，将澳洲和印度等地划为“补给圈”，要求在15年内资源圈的年生产能力扩大到钢铁3000万吨、煤2亿吨、铝60万吨、石油2000万吨、船舶2000万吨，力求在“大东亚”实现对上述物资以及粮食和被服原料等必需品的生产自给。其实，这是日本在“共荣圈”内不择手段掠夺各国资源财富的计划。
日本在东南亚普遍建立“劳动营”，强迫东南亚各国人民去修建道路和军事战略工程。在菲律宾，日军驱赶成千上万名劳工去“工人营”服役，并且规定16～60岁者每周必须无偿为占领者劳动一天。日军强迫荷属东印度人民为日军筑路、修工事、伐木、装卸与运输货物，把20～50万的荷属东印度民夫送到缅甸、马来亚各地前线为日军筑路做工。他们中的大多数人客死异国，到日本投降时，幸存下来的仅有7万人。
1942年11月到1943年10月的一年间，日本强迫战俘及东南亚、中国等地劳工约40万人修筑泰缅铁路。该铁路全长约400千米，40万劳工和战俘在日军的刺刀和皮鞭下筑路，劳动强度非常大，供应却十分低劣，大部分人被摧残致死。等到铁路竣工时，各国四万多名战俘死亡12万人以上，劳工死亡约25万人。平均每修筑1千米铁路，就有650人死亡，每十米就埋着六个半死尸。这条泰缅铁路被后人称为“死亡之路”。
日本法西斯的残暴统治和疯狂掠夺，给被占领区人民带来了深重的民族灾难。“共荣圈”内，工人失业，经济衰败，瘟疫流行，民不聊生。“共荣圈”非但未能共荣，反而成为被占领国家和地区的“共穷圈”和“共亡圈”。