当实力强大的各路诸侯为了各自的利益打得头破血流时，首倡义兵的曹操却在韬光养晦中慢慢发展壮大起来。
荥阳之战被徐荣打败后，曹操收拢残兵，仅不足千人。于是与夏侯惇等人前往扬州募兵。虽招募到五千余众，但又遇到了士卒叛逃的事。至曹操抵达河内郡，只剩了两千余人。人虽不多，但曹操精于带兵。再加上与西北军作战的宝贵经验，这支军队的战斗力颇为强悍。
汉献帝初平二年，公元191年，黑山贼于毒、白绕、眭固等打着黄巾的旗号率数万人攻打魏郡、东郡，东郡太守王肱抵挡不住，向曹操求援。曹操遂引军入东郡，在濮阳设伏兵大败黑山军，并斩杀白绕。袁绍因此上表推荐曹操接替王肱为东郡太守，治所在东武阳。
不到半年，于毒打出“为白绕报仇”的名号进攻曹操。
曹操毫不畏惧，率军迎击，驻扎在顿丘。
于毒探得曹操主力的位置，率军绕过顿丘，转而攻打东郡治所东武阳。
曹操手下诸将大都建议回军救援。
曹操却笑了笑，对诸将说：
“诸位将军都是带兵之人，有没有听过孙膑围魏救赵的故事啊？我们现在应该全军大张旗鼓向西，一旦敌军知道我军西进，他们就不得不回撤自救。东武阳之急自然解除。”
“那如果于毒偏偏不回援呢？”
“哈哈哈，那更好。于毒的黑山军说好听了是军队，说难听点就是土匪，既没有根据地也没有人保障后勤。就像蝗虫一样打到哪吃到哪。如果他们不回，我就抄他们后路然后各东武阳前后夹击。”
“万一东武阳被他们打下来了怎么办？”
“开什么玩笑，我曹某的根据地是那么好打的？没个一年半载他们拿不下东武阳。你们不必顾虑那么多，跟着我上就对了。”
于是，曹操引兵向西，摆出一副要抄于毒后路的样子。于毒得知后大惊失色，放弃攻打东武阳而回军。
曹操大笑：
“哈哈，贼子中计！传令，全军向南，揍那个叫眭固的去。”
于是曹操率军转南，连续急行军后向眭固发起突然袭击。眭固军措手不及，被打得落花流水。眭固本人也死于乱军之中。
等于毒得到消息，曹操击杀眭固时，曹军都已经回到东武阳了。
曹操这一套围魏救赵加声东击西的组合拳打得于毒不知所措。自知不是曹操的对手，只能退回山中继续当山贼土匪去了。
此后，曹操又率军在内黄与来犯的南匈奴於夫罗交战，同样大获全胜。
汉献帝初平三年，公元192年，地处青州的黄巾军趁着军阀混战发展壮大起来。兖州刺史刘岱在讨伐黄巾的战斗中阵亡。济北国相鲍信亲自来到东郡，希望曹操可以暂领兖州牧，抵抗黄巾军。
青州黄巾军号称百万，其实实力并没有那么强。黄巾军是一支很奇怪的军队。说是军队，却带着家眷，还携带生产工具和锅碗瓢盆等等生活器具。有的甚至带着耕牛。
曹操对于打赢这样的“乌合之众”信心十足，于是一口答应了好朋友鲍信的请求。
于是，曹操和鲍信合兵一处，主动进攻，与黄巾军于寿张之东狭路相逢。
这一场遭遇战打得极为艰苦。曹操军虽然骁勇善战，单兵作战能力远强于青州黄巾军，但黄巾军却胜在人多。
双拳难敌四手，战况渐渐向不利于曹操的方向发展着。鲍信眼见危险，舍命护着曹操开始撤退。黄巾军继续追击，紧咬不放。
直到曹操退入城中，天色暗下来，黄巾军才退去。
清点战损，损失不大，勉强还能接受。
“鲍信老兄啊，今天是我轻敌了，我的错我的错。多亏你了，要不然还真可能撤不回来。”
曹操一边说着，一边扭过头向后看去，却没有鲍信的身影。咦？刚刚撤退的时候还在呢，这会儿哪儿去了？
“将军！鲍将军，没回来！”
“什么？！”
曹操大惊。
“立刻派人出城去找，无论如何都要找到。”
“是。”
及至天明，属下来报，找到了鲍信的尸体。但是尸体已经被野兽撕咬烂了，身边亲近的人依靠服饰和配饰才辨认出来。
曹操抱着鲍信的残体号啕大哭。无奈之下，只能用木头刻出鲍信的模样，厚葬，洒泪祭奠。
二十年后，汉献帝建安十七年公元212年，曹操追记鲍信功绩。上表封鲍信之子鲍邵为新都亭侯，征召鲍信之子鲍勋担任丞相掾。不过，那都是后话了。
厚葬鲍信之后，曹操召开全军大会，先做自我批评，然后严肃军纪，颁布奖惩条例。
然后“设奇伏，昼夜会战”，最终将黄巾军击败。至当年冬天，共获得降卒三十余万，人口百余万。曹操解散黄巾军编制，将其中最精锐的部分重新编成军队，号称青州兵，由夏侯惇率领。这样，曹操又有了一支颇具战斗力的军队。
对于剩下的几十万流民如何处置，曹操有点犯难。几十万张嘴啊，每天的吃喝拉撒都是不小的开支，青州恐怕养不起。全部赶走，既不现实又可惜。置之不理又怕引起更大的社会治安问题。
此时，曹操的重要谋士毛玠的一番高论让曹操眼前一亮。
“修耕植，蓄军资，奉天子以令不臣。”
毛玠对曹操说：
“现今国家分裂，君主流离，民众失业，饥饿流亡，官家没有能维持一年的储备，百姓没有安定的心思，这种状况是难于持久的。袁绍、刘表虽然兵民众多，力量强盛，却都没有长远的考虑，没有树立基础、建设根本的人。用兵之事，合乎正义才能战无不胜，保守权位需要财力，因此，应当尊奉天子以命令那些不肯臣服的人，致力耕植发展农业，积蓄军用物资，这样，称霸称王的大业就可以成功了。”
毛玠的这番纲领性谈话让曹操大为赞叹。
于是，曹操颁布法令：将荒芜的无主农田收归国家所有，把招募到的大批流民，按军队的编制编成组，由国家提供土地、种子、耕牛和农具，由他们开垦耕种，获得的收成由国家和屯田的农民按比例分成。