清军入关后，屠戮之数难以计量，几近将中国扫荡一遍，数千万人惨死于清军刀下。1644 年，乃中国历史上风云剧变之岁，此年清军入主中原，无数汉人的噩梦由此开启。清军进驻中原后，强令汉人剃发易服，此对汉人而言，实乃莫大之辱。各地民众纷纷揭竿而起，反抗清朝。清朝为强行推行剃发易服之策，遂采取屠城之手段。
公元1644年正月十三日，清朝豫亲王在陕西潼关的禁行途中遭遇袭击，近7000人惨遭杀害。同年五月二十日，清军攻破扬州城后开始对城内的平民百姓进行大屠杀。城中尸横遍野，妇女们的尸体堆积如山，一步一跌，满是鲜血，将土地染成红色。满地都是死去的婴儿，有的还被马蹄踩踏。城内弥漫着血腥和恶臭，令人窒息。据统计，此次屠杀导致城内超过80万居民死亡。
1645年，在清军攻破嘉定之后，残忍的清军将领李成栋竟然三次下达了屠杀城中平民的命令。在这场惨无人道的屠城中，城中的百姓们遭受了极大的痛苦与折磨。有些人选择了悬梁自尽，有些则跳入井中和河中寻求解脱。而那些不幸被砍断手脚的百姓，则在地上痛苦地挣扎着。更令人发指的是，清军还将大量逃生的百姓驱赶至河边，并无情地将他们赶入河中，导致众多无辜生命被淹没，河水甚至因尸体堆积而无法流动。
与此同时，在1645年的昆山县，当地人民奋起反抗，杀死了该县的清朝官员闫茂才并起兵反清。然而，7月6日，清军攻破县城，紧接着就开始了残酷的屠城行动。无数的“顺民”在这场屠杀中遇难，死亡人数高达数万。当清军在昆山进行屠杀时，有上千名妇女躲藏在昆山顶上，但由于一个孩子忍不住哭泣而被清军发现，最终这些妇女也惨遭杀害。
嘉兴之屠发生于顺治二年（南明弘光元年，1645年）闰六月二十六日。当时，清朝的浙江布政使司下令嘉兴府抵抗清军的暴行，嘉兴民众纷纷奋起反抗。乡绅们推举明朝翰林学士屠象美、明朝兵科给事中李毓新为主帅，同时还有明朝嘉兴总兵陈梧反正后担任大将军指挥。然而，他们的力量无法与清军抗衡。闰六月二十六日城破，未能逃脱的居民，除了大批年轻妇女被清军掳掠和一些僧人幸免于难外，几乎全部遭到屠杀。按照当时的人口推测，大约有五十万人遇难。
顺治二年（1645年），清朝颁布了剃发令，这一举措引发了江阴人民的强烈反抗。他们举行了轰轰烈烈的反清起义，与清军展开了激烈的斗争。面对强大的敌人，江阴人民毫不畏惧，浴血奋战，坚守城池达八十一天之久。在此期间，他们成功击毙了清朝的三位王爷和十八位将领，给清军造成了巨大的伤亡。然而，由于敌我力量悬殊，城中的粮食逐渐耗尽，最终守城者全部壮烈牺牲。城破之后，清军对江阴进行了血腥屠杀，曾经繁华的街市化为一片废墟。
与此同时，在四川地区也发生了一场惨绝人寰的大屠杀。从顺治三年（1646年）到康熙初期，清军开始侵入四川，并在各地进行大规模的屠杀。顺治四年（1647年），多尔衮、孝庄太后采取了极端残忍的手段来报复当地民众，公然发布告示称“民贼相混，玉石难分”，并扬言要屠尽全城百姓。这种毫无人性的行为持续了十多年，导致超过五百万的四川人民惨遭杀害。
常熟之屠，发生于顺治二年（南明弘光元年，1645 年）八月至九月，清军在先后攻占苏州和南直隶常熟之后，纵兵烧杀抢掠。在此次大屠杀中，被屠杀的百姓数量难以计数，沿河沿岸皆可见人头。
金华之屠，于顺治三年（南明隆武二年，1646 年）7 月 16 日，清朝贝勒博洛在攻占浙江金华府后，开始大规模屠城，约有 5 万人惨遭屠戮。
惊现之屠，顺治三年（南明隆武二年，1646 年）8 月 17 日，清朝提督张天禄、池州总兵于永寿在江南惊现、徽州、鸡西县等地进行了一次大规模屠城，约有 5 万人遇害。
赣州之屠，发生于顺治三年，南明隆武二年，即 1646 年 11 月初 4 日。彼时，清朝江西提督金声环与总兵柯永胜在江西赣州府展开了一场大规模屠城行动，约有 20 万民众惨遭屠戮。
同安之屠，顺治四年，1647 年，清军攻克福建厦门及同安县后，继而屠城，致使福建同安县五万余人命丧黄泉。范天寺住持无疑和尚收敛尸首，合葬于寺东北一里之地，并建亭立祠，墓碑上刻有“万善同归所”。
平海之屠，顺治四年，南宁永历元年，1647 年 7 月，清军于福建平海未行大规模屠城之举，然被屠杀之无辜百姓，具体人数未详。
南昌之屠，顺治五年，公元 1648 年，清军围困南昌。次年三月，南昌沦陷，清军屠城。八旗军将从南昌掳掠来的妇女分至魏营，日夜不停遭受奸淫。未几，南昌为齐军夺回。然顺治六年，公元 1649 年，清军复占江西南昌，再度下令屠城。
邵武之屠 ，顺治五年， 南明永历二年 1648年5月， 清朝福建左路总兵王志刚在福建绍武县进行屠城， 被屠杀的无辜百姓人数不详。 湘潭之屠， 顺治六年 ，1649年正月二十一日清军攻入湖南湘潭和元州， 金枝江 南明都师何腾蛟被俘 ，清正卿王吉尔哈朗下令在湘潭屠城 ，湘潭城中百姓几乎全被杀光， 城中不满百人。
同安之屠，顺治五年（公元1648年），这一年也是南明永历二年，八月十六日，清朝靖南将军陈太镇民总部陈锦、福建提督赵国祚在福建同安县进行了一场惨绝人寰的大屠杀。据不完全统计，约有五万无辜百姓惨遭杀害。这场屠杀给当地人民带来了巨大的伤痛，也成为历史长河中的一道惨痛印记。
南雄之屠，顺治六年（公元1649年），农历十二月二十九日，清军抵达南雄。年三十晚上，清军放火焚烧鼓楼，趁着明军慌乱救火之际，迅速攻入城内。他们毫不留情地对南雄县民进行了大肆屠杀。一时间，血流成河，尸横遍野，令人痛心疾首。
清军二番克雄城，民尽屠戮，顺治六年（公元1649年），南明永历三年，三月初一，清朝将领张京交商攻克广东信丰县，并在此进行了大规模的屠城行动。城中居民几乎无一幸免，全部遭到残忍杀戮。
蒲城之屠，顺治六年（公元1649年），南宁永利三年，四月初五，清朝固山和李国汉攻克陕西蒲城县，随后进行了大规模的屠城活动。大约一万名无辜百姓在这场屠杀中丧生，生命在瞬间凋零，家庭破裂，社会陷入一片混乱。
曹州之屠，发生于顺治六年、南明永历三年，即公元 1649 年 10 月初 4 日。彼时，清朝将领张京赖、宜州总兵童养亮、临清总兵李永贵等攻克山东曹州，继而展开屠城，惨遭屠戮的无辜居民数量不明。
汾州之屠，同样在顺治六年、南明永历三年，即公元 1649 年 9 月至 11 月期间。清朝端重亲王伯、和硕亲王满达海等在山西汾州、太谷、泽州等地展开大规模屠城，约有 40 万人惨遭杀戮。
大同之屠，顺治六年，清军在大同屠杀之后，全城仅余五个重案犯。清朝派来的大同知府、尚书顺治帝宣称，既然已无苦主，便可释放这五人。这份奏折现今仍保存在第一历史档案馆。
广州之屠，发生于顺治七年（1650 年）。尚可喜率领清军围攻广州，历经十个多月，城破。清军入城后，展开屠城。据史书记载，“可喜屠广州，人无遗类。出者挤之海中，死难十万至七十万人。”潮州之劫，顺治十年（1653 年），清军攻占广东潮州和南雄，随后下令屠杀，纵兵劫掠，遗骸达十余万。鬼寺郡城破，横尸遍野，所获颇丰，十余万之众。于葫芦山建塔以祭。
永昌之众遭屠于顺治十六年，南宁永历十三年，即公元 1659 年闰三月。清朝征南将军赵不太与提督县国安等，在云南永昌府等地施行了一场规模浩大的屠城之举。经清军此番屠戮，明朝时拥五千多万之众，至清朝康熙年间，仅余一千零六十三万，锐减两千万之多。此中虽亦有因瘟疫与明朝内战而亡者，然多数仍为清军所杀。