洪武二十五年（1392年）春天，皇太子朱标病逝，大明朝的法定接班人就这样突然撒手，年仅三十八岁。朱标的死亡，追溯起来还是上一年巡视关陕军务落下的病根所致。对此，朱元璋心存懊恼。当时是他命朱标巡抚陕西的，名为巡视军务，实则是为了考察都城迁移的可能性。朱标出色地完成了任务，并进献了陕西堪舆图。谁也想不到，这还不到一年时间，父子二人就阴阳两隔。
朱元璋为什么派朱标巡抚陕西，这要从建都之事说起。众所周知，朱元璋的势力是以南京（时称“应天”）为基地发展起来的，也是在南京即的皇帝位。对于建都南京，朱元璋一直犹豫不决。论地理条件，南京背靠钟山，面临长江，虎踞龙盘，形势险要。论经济条件，江南业已成为全国的经济重心，农业和手工业都很发达，正所谓“财赋出于东南，而金陵为其会”。但是从军事角度考虑，明朝的主要威胁还是北边的元朝残余势力，南京距北方前线太远，不易调度。另外，历史上在南京建都的六朝，即东吴、东晋和南朝的宋、齐、梁、陈，个个都是昙花王朝，国祚比一张纸还要薄，而这无疑会在朱元璋的心底投下阴影。
从开国之日起，朱元璋就将迁都之事提上日程。洪武元年（1368年），朱元璋亲赴汴梁考察。虽然他觉得汴梁地处中原腹地，适合建都，但又觉得那里无险可守。对于新朝而言，一座都城就是王朝创建者的纪念碑。纪念碑的存在意义，直接关系到后世子孙的福祉，关系到王朝的命数。再三权衡之下，朱元璋还是觉得南京最合自家心意。南京虽有不足，但不足尚可弥补。
为了弥补不足，他决定实行古已有之的两京制。所谓“两京制”，即设一首都一陪都。两座都城，自然要建造两座宫殿，而宫殿的建造从来就不是容易的事，但这份艰难不是皇帝需要考虑的。皇帝要的是结果，没有什么能比结果更重要。两座都城，犹如鸟之双翼，让一个根基不稳的王朝有了腾飞的气象。
两京制是古代中国前期都城制度的主体，始于上古三代时的周朝。周朝前期以镐京（今陕西西安西南）为首都，另建陪都洛邑（今河南洛阳）。刘邦设首都于长安，又将洛阳立为陪都。隋唐实施两京制后，以长安为都城，有助于关陇贵族支持，有利于王朝安全和御外，凸显长治久安的政治考量；而以洛阳为陪都则有利于制内，可以缓解长安粮食短缺的问题，其功能就是保障首都长安的吃饭安全。
到了朱元璋这里，他倾向于定都应天，图的是“宅中图大，控制四方”。他以汴梁为北京，以应天为南京，天子春秋往来巡狩。时隔不久，徐达的北伐军攻下大都（今北京），全国的政治、军事形势再度发生变化。有的大臣提出不必在汴梁建都，也有人提出长安、洛阳、北平等几种选择，各有各的说法，各有各的道理。殊不知，朱元璋最心仪之地还是他的老家临濠（凤阳）。
俗话说得好，走千走万，不如淮河两岸。虽然那里曾留下他一生挥之不去的痛苦记忆，但毕竟是先人埋骨处，自己命运的。朱元璋欲将临濠作为中都，以弥补建都南京的种种不足。开国功臣多江淮子弟，自然皆大欢喜。唯有谋臣刘基发出反对的声音：“凤阳虽帝乡，非建都地。”自洪武二年（1369年），朱元璋便在临濠大兴土木，营建中都。这项营建工程持续六年时间，劳费太甚，民不堪命，不得不中途停建。人声喧腾的凤阳皇宫，转眼间人去楼空，留下一座皇宫的巨大骨架。时隔六百余年，它的奉天门、三大殿台基，以及文华殿、武英殿、东西六宫、内金水河的遗址，仍矗立于时间的秋风冷雨中。洪武八年，朱元璋下旨，“改建大内宫殿”。两年后，大明王朝的皇宫，在钟山脚下建成并投入使用。诚如诸葛亮所言：“钟山龙蟠，石城虎踞，此帝王宅也。”洪武十一年（1378年），朱元璋正式颁诏，改南京为京师，长期未决的定都问题尘埃落定。
南京偏安江左，因此对北部边防有鞭长莫及之虞，这让朱元璋始终断不了迁都的念头。内阁学士胡广的父亲建议建都关中，朱元璋居然上心了，并于洪武二十四年（1391年）命太子朱标前往巡视。朱标不辱使命，悉心绘制了关中一带的形势图。朱元璋正要有所行动，朱标却在这时候突然死亡，这是朱元璋始料未及的。一直以来，这个新王朝的一切，都在按照朱元璋的心愿在走。两人虽是父子，朱标与朱元璋在个性方面的差异很大，治政也多有分歧。尽管如此，朱标始终是朱元璋心目中皇位继承的不二人选。
太子朱标赶回南京时，身子骨本就单薄的他偶感风寒，一病不起。据说太子身上长了个疖子，痛得睡不着觉。太孙朱允炆侍候在旁，含泪抚摩，昼夜不离。朱元璋看在眼里，不无感动：“有子孙如此，朕复何忧？”其后不久，皇太子朱标就带着朱元璋及其帝国臣民的无限期望，撇下尚未成年的儿女，以及即将接手的皇权，离开了这个世界。
朱标正值壮年，他的死留下诸多猜测的声音：《明书》记载，朱标早逝是因为和朱元璋发生争吵，精神压力过大，郁闷而致。据《革除遗事》记载，太子朱标些许小事都有人向朱元璋汇报，稍有不慎就引来一番敲打和教诲，因此平日里畏手畏脚。据明代学者王鏊的记载，有个叫詹徽的酷吏和朱标一起审讯重囚，朱标倾向从轻处置，遂与詹徽产生矛盾。朱标去找朱元璋理论此事，朱元璋却认为詹徽的做法是正确的。朱标说应以仁厚治天下，惹得朱元璋勃然大怒道：“俟汝有天下为之！”朱标惊惧不安，竟自投金水河中，被左右救起，自此一病不起。据说，太子朱标临终前对儿子朱允炆说：“我之死，徽为之也，无忘我仇！”后来朱允炆当了皇太孙，果然杀了詹徽。这些不同的说法，流传虽广，但真实性待考。
朱标的突然亡故，让朱元璋陷入巨大的悲痛之中，也打乱了他此前所有的政治构想和权力部署，一切变得让人难以预料。最让朱元璋感到不安的，则是他苦心经营二十五年的大明“国本”面临的困境。天意待人薄，人奈天意何？为此，朱元璋专门下诏，寻求通晓天象的高人。古人观测天象运行，以此推算年时节候，获知帝王命数或国祚久长。有个叫周敬心的太学生上疏劝谏：
大戮官民，不分臧否。其中岂无忠臣、烈士、善人、君子？于兹见陛下之，薄德而任刑矣。水旱连年，夫岂无故哉！
他列举了历年来几次大规模政治清洗：洪武四年（1371年），录天下官吏；十三年（1380年），爆发胡惟庸党案；十九年（1386年），纵容百姓逮捕所谓害民之官，株连无数；二十三年（1390年），又将敢于批评政府的人诛杀。不论好坏，无人不杀，无人不可杀。他说，国祚长久，不在于天象历数。身为开国之君，既然轻视德治而滥用刑法，也就不要管什么水旱连天，那都是有原因的。这个胆大包天的周敬心，言辞激烈，大有逆鳞之势。出人意料的是，朱元璋不但没有愤怒，反而还夸赞周敬心：作为一个国子监的学生，谈论天下大计，虽然不符合官家秩序，但究其本心，还是因为忠君爱国。
这一年是朱元璋即位后，受到人生打击最大的一年。幼年丧母、中年丧妻、老年丧子，一个男人人生路上的三大不幸全都让他摊上了。对于一个年近七旬的老者来说，时间带走了他健壮的身体，也带走了他曾几何时那股子不认输的劲头。朱元璋几乎在一夜之间老去，头发、胡须如霜花染白。日升日落，在时间面前，帝王和平民从来都是平等的。
朱元璋的悲痛不仅仅来自老年丧子，还有他对大明王朝未来命运的深深忧虑。这些年宵衣旰食、艰难玉成，让天下又重新复归汉人之手，这样的功业几乎可以超越唐宗宋祖，不知在朱皇帝的内心深处偶尔可会生出“舍我其谁”的自得。身为一国之君，威震四方，偶尔打个喷嚏也会化为满城风雨，令人措手不及，但上天赋予他的时间长度正在一天天缩短。困在皇宫里的他，空间和时间的局促感让他觉得，做个皇帝还不如一个山野村夫来得逍遥自在。朱元璋越来越不相信那些口是心非的大臣，一个个脸上写着恭顺，心里却布满了诅咒。每念及于此，他的内心总是会涌起杀人的念头。
身为最初的皇位继承人，太子朱标被他的父皇寄予厚望。早在至正二十年（1360年），朱标当时才刚满五岁，朱元璋就委派浙东大儒宋濂为他讲授经学。四年后，朱元璋在应天府自立为吴王，九岁的朱标随即被立为世子。又过了三年，朱元璋立国号“吴”，这一年，朱标跟着他的父亲朱元璋回到凤阳祭拜祖墓。出发前，朱元璋曾对朱标提出殷切的希望。他说：“古代像商高宗、周成王这样的贤王，都知道小民的疾苦。他们在位时极为勤俭，堪称君王的典范。你长于富贵，习于安乐。现在外出，沿途见闻，可以让你体会到鞍马辛劳。你要好好观察百姓的生业以知衣食艰难，体察民情的好恶以知风俗美恶。回到故乡后，你要认真访求父老，他们对你说的那些话要永远记在心上，这样才能了解我创业的不易。”
朱标外表风流俊雅，性情仁慈温软，却缺少刚硬和铁血，虽有成为仁君的潜质，却不具备统御天下的霸道。据说，朱元璋为了训练他的胆量，曾经命人把装满死尸的大车拉到他的面前。可以想象，刚读完圣贤书的朱标，突然撞见那一车尸体，内心受到的刺激。朱元璋后来虐杀开国功臣，也与其确定的接班人性格偏于温软有着很大关系。遗憾的是，他的良苦用心并没起到多大的作用。一切就像朱标二十岁那年，他在文华堂观赏北宋画家梁师闵的《芦汀密雪图》时的心境：
楚之旷浦，遇冬摇落之时，平沙尺雪，汀芦弥漫，若跨踦登峰，使神驰潇湘之极，莫不浩浩然、荡荡然心地无凝，故云八景者，宜其然，孰能图此？独梁师闵胸钟楚景之秀，特画图以像生，岂不快哉！
二十岁的太子朱标虽身在宫城，却在那一时刻神游潇湘，但见瑞雪平沙、汀芦摇曳、江天寥廓，面对梁师闵笔下的万千气象，朱标的儒雅性情在这里暴露无遗。要知道那段时期，他的父皇，太祖皇帝朱元璋正以雷霆万钧之势扫漠北、征辽东、收安南。而身为太子的他却在那个滚烫的日子里，心思如云在野，就像是这个王朝的局外人，对即将到来的帝国风暴毫无察觉。不管他愿意还是不愿意，统领这个王朝的荣耀早晚会落到他的肩头，而眼前，他只管睡个安稳觉就可以了。
二十三岁那年，朱标被他的父皇委以“日临群臣，听断诸司启事，以练习国政”的重任，为将来接班做准备。朱元璋下令：“朝中大小政事，先告知皇太子处分，然后再奏闻。”他为此语重心长地对太子说：“我自得天下以来，从不懈怠政务。唯恐做得不好，辜负了上天对我的托付，于是夜以继日地忙碌。你应该能够体谅我的良苦用心，用我定制的标准要求自己，此乃天下之福，我亦无忧矣。”
作为当朝太子，朱标的宫廷生活谈不上幸福。除了皇家的天然富足以外，能够提供给他的快乐极为有限，甚至可以说是枯燥乏味。没完没了地参加各种朝见和祭仪，每天板着面孔，肃然以待。除此之外，就是跟随几个朝中大儒诵读儒家经典。
太子妃常氏（常遇春女儿）去世之后，朱标失去正妻的约束，也有过几次生活作风问题。传到朱元璋的耳朵里，他对太子说：“我持身与行为都很谨慎，这是你亲眼所见，我身边没有优伶亵近，也没有酣歌夜饮，皇后没有放纵的权力，妃嫔也没有恃宠溺爱。我每天忙于政务，虑患防危，如履薄冰。这是为什么呢？还不是怕自己懈怠而殃及子孙！”朱标一直生活在朱元璋的阴影之中，即便生活上的小事，也保持谨小慎微。虽然朱元璋放手让朱标办理朝中事务，但对他并不放心。
没过多久，朱元璋专门新设一个名为“通政使司”的部门，主管“出纳诸司文书，敷奏封驳之事”。这个机构设置以后，即便是让太子先行办理政务，在尚未办理时，朱元璋就已获知内容。名为放权，实则变相揽权。设立通政使司，就是为了预防皇权被人为分割。说到底，通政使司还是一个夺权部门。夺的不仅有丞相的权力，还有太子的。
随着胡惟庸的伏诛，朱元璋在帝国官僚体制上动了一场大手术，他彻底取消了承袭自元朝的中书省、行中书省制度。废除中书省之后，又假借复归周制的名义，“仿古六卿之制”，将行政权力分给六部，其目的是“俾之各司所事……如此权不专于一司，事不留于壅蔽”。在中央，随着中书省和丞相一职的废除，吏、户、礼、兵、刑、工六部的地位相应得到了提高，这些部门分任朝政，直接向皇帝负责。通政使司最初并没承担更多的职责，它扮演了一个权力偏房的角色，作为中书省的秘书处存在于官僚体系中。
从《明太祖实录》来看，在让太子朱标先行办理政务的两三个月间，朱元璋很少做出决断，他的身影大多出现在调整官制、修建社稷坛、参与祭祀、接见外国使臣等重大活动中。三个月以后，他却突然当着六部官员的面表态：“皇帝深居宫中，能够知晓万里之外的事，这主要是因为兼听广览，了解民情。胡元之世，政令出自中书省，大小事务都要先关报中书，然后才奏闻给皇帝。元朝多昏君，才导致民情不通，以至于天下大乱。我要引以为鉴。”
朱元璋需要掌握天下实情，以及百官的思想动态，就要撇开中书省。既然他已经找到破解问题的密码，就不会再做无谓地等待。他随即下诏，诸司今后奏事不要再报经中书省，直接向他这个皇帝奏报。他无法做到无条件的信任，也无法做到无条件的怀疑。他每天转个不停，就像一只被命运之手抽打的陀螺。尽管如此，他还是无法排解内心的苦闷。虽然是皇帝，但他的小农思想根深蒂固。他像个勤劳的农民，精力旺盛、心思缜密，枯燥烦琐的行政事务如同一地的庄稼，让他舍不得假手于人。
群臣顿首受命的同时，不得不有所警惕。太子理政之后，大小事务仍由朱元璋说了算。几个月后，朱元璋召见李善长等朝中重臣。那一天，朱元璋的话说得绵里藏针。他说，此前让太子理政是想让他熟悉国政，“恐听览之际，处置或有未当”，他让李善长等人协助太子“更为参决可否，然后奏闻”。也就是说，太子在办理政务前，先要经过众大臣参决可否，然后再向他这个皇帝奏闻请旨。名为太子理政，实则大臣替他拿主意，最后还是交由朱元璋来拍板定夺。如此放权，放而不放，太子朱标处理政务只能更加谨慎。他既不敢懈怠，又不能锋芒毕露，否则会引起朱元璋的猜疑。朱标去世前两年，即洪武二十三年春夏之交，李善长被逼自杀，这个开国老臣还是没逃脱洪武年的杀戮，妻子、亲属七十余人均遭处死。《明太祖实录》“洪武二十三年五月”条下称“善长遂自缢，上命以礼葬之，厚恤其家”，但据晚明史学家谈迁在《国榷》中考证，全系“史笔曲为之饰”。
一时多少功臣，多少宿将，多少人间富贵，临到末了却难逃凋零的命运。胡惟庸、李善长只是大明皇权开张的最早献祭。为了证明大明皇权这头怪兽的凶残，还将有更多的生命和鲜血等待着被它吞噬。据说有一次，朱标进言劝谏，让朱元璋停止诛杀功臣。朱元璋面露不悦，故意把一根棘杖丢在地上，让朱标用手将它拾起来。朱标看到上面布满刺，不禁犹豫起来。朱元璋见状道：“你怕有刺不敢去拿，我把刺都给它拔掉，再交到你的手上，岂不更好。我将那些奸恶之人都杀了，为的是让朝局稳定下来，将来你就可以做个太平无忧的皇帝。”朱标真的无法理解父亲的这套理论，他说：“上有尧舜之君，下有尧舜之民。”也就是说，有什么样的皇帝，就有什么样的臣民。朱元璋听得勃然大怒，顺手抓过一把椅子砸向朱标，吓得朱标仓皇而逃。这个记载真实性有待考证，但也反映了父子之间的矛盾。
老天似乎在这里跟朱元璋开了个天大的玩笑，这位被朱元璋寄予厚望的太子，还没等到接班之时，就在三十七岁上突然病死。朱标只要再坚持活上六年，他就可以在父皇朱元璋死后登基，成为大明王朝的第二任皇帝。对于一个有着健康体魄的男人来说，似乎并不困难。
六年，天意弄人，白发人送黑发人。朱标的猝然而逝，让焦虑不安的朱元璋陷入空前的精神危机。他甚至感受到了“帝力之微”，一个皇帝的无力与脆弱也只有自己最能体会。别人看见的都是帝王在权力世界的任性妄为，等到夜深人静，脱得赤条条地躺在那张宽大无比的龙床上，才从白天的幻象中复归人性。
他于艰难困苦中蛰伏，然后又于群雄中脱颖而出。他从来没碰到过什么强有力的阻碍，即使有，也会很快被他征服。很久以来，朱元璋就有一种“人莫予毒”的幻觉。这个世界上没有什么可以对他造成真正的威胁，也没有什么他办不成的事。可是随着身体一天天衰老，目睹最亲近之人从这个世界消失，他却毫无办法。就算一个人拥有再强大的世俗权力，也无法对抗大自然的规律，无法摆脱疾病、衰老和死亡的困扰，在这个世界上，有很多东西是他无法掌控的。
整个朝廷都在关注着他的表现，牵一发而动全身。他的决定关系着每个皇子的命运，而每个皇子身边又围绕着一大批或隐或显的追随者。朱元璋什么都想到了，就是没想到自己亲手选定的接班人死在他的前面。他苦心设计的剧情，还未等到上演就已落幕。人算不如天算，人意也难遂天意。人越不安，处事则越慌乱；人越慌乱，则越用力。朱元璋深知，在众皇子中，朱棣是最像自己的，也是最为出色的。他在战场上拼杀过、见过血，不要小看了战场经历，上过战场见过血的经历会让一个少年人的筋骨和内心强壮起来，让他变得风雨不侵。反之，一个没有上过战场见过血的人，他的内心是虚弱不堪的。
想象着那些时日，年老的朱元璋总是神色凝重地从案牍中抬起头来，久久地凝视着窗外。而在他面前一字排列着诸皇子的大名：樉、㭎、棣、橚、桢、榑、梓、杞、檀、椿、柏、桂、柍、植、栴、权、楩、橞、松、模、楹、桱、栋、?、楠。这些名字都是朱元璋取的，他不但为儿子取名，而且还制定了后世子孙取名的规则。每个儿子作为一支，每一支拟定了二十字辈分为世系，名字中的另一字则临时确定。对此，《明朝小史》中也有记载：
帝以子孙蕃众，命名虑有重复，乃于东宫诸王世系，各拟二十字为一世。以某字为命名之首，其下一字，则临时定议，以为二名，编入玉牒。至二十世后，复拟续增。如燕王位下二十字则曰：高、瞻、祁、见、佑、厚、载、翊、常、由、慈、和、怡、伯、仲、简、静、迪、先、猷。
名字的下一个字不可随意定夺，而是要“按五行相传”。比如朱棣这个辈分属木德，他的儿子朱高炽，属火德；孙子朱瞻基，属土德；曾孙朱祁镇，属金德；玄孙朱见深，属水德。如此循环往复，传之千秋万代。朱元璋为子孙后代考虑得不可谓不深远。他万万没想到，二十个字的辈分刚用去一半，朱明王朝就天塌地陷，城头换了大王旗。儿孙众多，意味着所有人都有资格加入这场皇权的角逐。不过在这一刻，朱元璋考虑的是他的接班人问题。他的目光在“棣”上停留的时间最为长久，直到那个看上去略显笨重的汉字渐渐幻化成一张脸谱，那是燕王朱棣的脸谱，一张忠厚之相底下散发着狡黠与霸道气息。但是，让朱棣接班的念头，在朱元璋的心里也只是打了个转，就再也找不见。几天后，几乎所有皇子都得到这样一份情报：皇孙朱允炆被宣入父皇宫中，彻夜未归。
在这非常时刻，来自皇帝身边的任何一条消息，都有可能会成为改变时局的那只胜负手。朱元璋似乎感受到了皇子们内心那份躁动不安，在这个节骨眼上，他不能给他们太多的幻想。他很快做出了决定，然后抬起他那双曾经沾满鲜血和泥土的大脚，重重地落在帝国皇权这部机器的油门上，一声轰鸣，绝尘而去。
此时的朱元璋早就过了花甲之年，执政二十多年，起自田间、做过乞丐、当过和尚、熬过饥荒。为了人生能有下一顿饱饭，他义无反顾地投军。他让战场上的对手闻风丧胆，也让朝堂上的官员惊骇不已。检索《大诰》《大诰续编》《大诰武臣》，洪武年间凌迟、枭示、族诛的多达几千案，弃市多达一万余案。而今放眼望去，元勋宿将、列侯裨将、部院大臣、地方巨室犹如秋天的黄叶一片片落下，化作时间深处的尘与土。
洪武二十五年（1392年）九月，经过半年的犹豫和反复斟酌，朱元璋终于拿定主意，立皇太孙朱允炆为帝国的皇位继承人。这个未曾经过任何风浪考验的少年就这样被立为皇嗣，而这一年他不过才十五岁。朱标留下的位置，就这样让他的儿子朱允炆填了缺。册立大典定在九月十三日，这一天与往常并无二致。大臣们午夜起床，穿越大半个京城来到午门。凌晨四更，大臣在午门外等候。当午门城楼上的鼓敲响时，大臣们排好队伍；等到下一时刻的钟声响起，宫门徐徐开启，百官鱼贯而入。
通常情况下，朱元璋会在太和门或者太和殿等着他们，百官行一跪三叩头礼。四品以上的官员才有机会和皇帝对话，大臣报告政务，朱元璋则提出问题或者做出答复。因为这一天是皇太孙册立大典，诸子藩王早早来到皇宫，立于奉天殿两侧。据说，仪式当天，只有燕王朱棣姗姗来迟。他还故意走到朱允炆的身旁，用手重重地拍打朱允炆的后背，傲慢不羁地说：“小子，没想到你也会有今天（不意儿乃有今日）！”在久经沙场、冷酷而冷血的皇叔朱棣面前，这个文质彬彬、年轻望潜的皇太孙，不值得尊重。而朱棣拍打朱允炆的这一幕刚好被坐于金銮殿的朱元璋尽收眼底，不免让他大为震怒，叱问：“你怎么敢当着我的面打皇太孙（何为挞皇太孙）？”朱元璋的一声断喝，吓得朱棣呆立当场。朱允炆赶紧打破僵局，站出来为四皇叔朱棣解围。朱允炆说：“皇上息怒，这是叔父喜欢我的缘故（臣叔父爱臣故耳）！”
朱元璋看出朱允炆在帮着他的皇叔朱棣打圆场，他必须为朱允炆立威。皇太孙朱允炆是皇储，即下一任皇帝，自己的接班人。皇帝代表着皇权，皇权神圣不可侵犯。谁羞辱朱允炆，就等于羞辱他这个皇帝。朱元璋当殿斥责朱棣：“你难道不懂礼法与忌讳吗？来人啊，将此子给我关起来！”朱棣就这样被关了几天禁闭。朱元璋这么做，不仅是惩戒燕王朱棣，更是向其他皇室子孙传递一个信号：朱允炆是自己的皇太孙，将来是大明王朝的掌舵人，你们在他面前必须执礼数。
据说，朱标去世后的那段时间，朱允炆哀恸不已，数日内滴水不进。这一切被同样沉浸于悲痛之中的朱元璋看在眼里，既欣喜又心疼。欣喜的是，自己能够有如此重情重孝的子孙，实乃家国之幸。他实在不忍心看到朱允炆过于悲伤，劝慰孙子：“你对父亲薨世的悲痛之心，符合先儒规定的礼仪，你的确是个纯孝之人，但你就一点也没有考虑到我吗？”朱元璋的这番话，让朱允炆从哀痛之中猛然惊醒过来。他提出要为父亲服丧三年。虽然这个想法遭到朱元璋的否决，但是在太子朱标去世后的三年时间里，朱允炆还是坚持做到“三不”：不饮酒吃肉，不闻乐观舞，不亲近女色。按照儒家的礼法行事，以彰显孝子之道。有人看不下去，劝朱允炆适可而止，做到心中有孝即可。朱允炆的回答却是：“丧服可以按照礼俗到时候就脱下，父子亲情却让我难以自拔。”朱标死后不久，朱允炆主动将他的三个弟弟接到东宫亲自抚养，白天同食，夜间同眠，无微不至地照顾着他们的生活起居。一日，朱元璋没打招呼到东宫去看朱允炆，发现四兄弟全都在朱允炆的寝宫里。
朱元璋随口说了一句：“兄弟相怀本一身。”
朱允炆回答：“祖孙继世宜同德。”
朱元璋见到此情此景，老怀宽慰，于是大大地夸奖了朱允炆一番。虽然有人质疑朱允炆有作秀之嫌，但也确实是发乎于情。
十五岁的孩子死了父亲，留下少不更事的弟弟，从个人情感上来说，朱允炆比谁都要悲痛。有道是“无情最是帝王家”，朱标的突然离世，使得朱明王朝可能出现的变数与劫难突然之间放大了许多倍。如果朱标活着，轮不着朱允炆这么早接班；现在朱标死了，作为递补长子（皇长孙朱雄英早夭）的朱允炆需要承担的责任更重。
太子朱标的去世，好像一下子抽干了朱元璋心中的底气，也让他对于将来之事有了更为深刻和复杂的考量。其后不久，朱元璋颁布了那道著名的《昭示奸党录》，他要求将胡惟庸案的口供和审案详细记录公布于世，他要让全天下人都知道这些奸党的罪状。朱元璋不能容忍一个有可能凌驾于皇权之上的官僚体制存在，数以万计的人命不是胡惟庸的陪葬，而是为朱元璋定下的这项制度陪葬。生者不断死去，有人不断通过死亡更新着生者与死者的群体。对此，生死之间失去了界限，现实的死亡与虚妄的生存相互转换。或许，这个时代的秘密就在于此。
就在这个时刻，朱元璋开始谋划对帝国武将的清洗。相对于皇太子朱标，皇太孙朱允炆的性格更为柔弱，时年六十一岁的朱元璋不得不为将来考虑。为了保证皇权的顺利交接并平稳过渡，他决定痛下杀手，他要留给自己的皇太孙一个平安的天下。朱元璋曾在他的老伙计李善长面前说过：
朕起兵后，年二十七八，血气方刚，军士日众，若不自省察，任情行事，谁能禁我？因思心为身之主帅，若一事不合礼，则百事俱废，所以常自检点。
有人说朱元璋此处所说的身、心、礼，即本我、自我和超我。他力图以自我抵制、导引本我，使之合乎作为社会道德原则内在化的超我。由于儒士的介入，这一时期是朱元璋治国风格养成的关键阶段。他从小失学，游荡于民间，但中国民间社会的儒家世俗伦理并不比学堂里接触得少。开国后，儒士们阐述的治国天平上的大经大法，却是他前所未闻的。
朱元璋也曾无奈地说过这样一句话：“此心与身如两敌，然时时自相争战。”这样的话，听来不免令人唏嘘。皇帝虽说是天选之子，但毕竟是人不是神，是人就有生之困惑，就有天人交战的时刻。为了化家为国，不致功业未就而上下解体，他极力用自我压抑和控制本我的冲动，“凡诸事必求至当，以此号令得行，肇成大业”。
随着地位的稳固，他的忧患之心愈加深重，而心境也与此前大不相同。于是，他开始放纵自己的情感，本能冲动对行为的主导作用越来越突出，暴虐的一面急剧膨胀，杀人成为常态。从立皇太孙朱允炆到他即位，一切平静如旧，没有任何人提出异议。彼时，也没人敢当着朱元璋的面质疑。不过平静的暗夜里，谁又知道会有多少双眼睛在盯着皇位。人心隔肚皮，又有多少暗流在每个人的心头翻涌。诚如韦庆远所说：“在争夺皇位问题上，这些皇家子孙并不把什么宗法规定认为不可侵犯，也并不讲究什么夫妇父子兄弟叔侄等亲亲之谊。礼教纲常等恍如一层易破的轻纱，并未掩盖住因此一问题而激发的绵亘不断的严重冲突。”
洪武二十六年（1393年）二月初十，梁国公蓝玉被杀。朱元璋再次撒开他那张捕杀功臣的罗网，这一次他将清洗的目标锁定在淮西老将及其子弟、军事新贵们的身上。
作为一代名将、开国功臣的蓝玉受封凉国公，善于引兵打仗，史传称他“长身赧面，饶勇略，有大将才”。蓝玉是常遇春的内弟，常遇春的女儿则是太子朱标的妃子，所以蓝玉和太子朱标就有了一层亲戚关系。同时，他还获得与皇室联姻的殊荣，将自己的一个女儿嫁给皇十一子蜀王朱椿。蓝玉早年在姐夫常遇春麾下效力，升至大都督佥事，后又随傅友德征讨四川、随徐达北征蒙古扩廓帖睦尔部，因功勋卓著擢升大将军，获封永昌候。蓝玉是不可多得的将帅之才，出征西番，擒得逃寇，且捉住了建昌卫的叛帅。
有的人生来适合林泉之下，有的人适合朝堂之上，而有的人一旦离开战场，就迷失了方向。离开战场的蓝玉，只是一介莽夫。当年他在北伐的归途中，曾经干过一件令人不齿的事。他用暴力霸占了元君的妃子，使得这位妃子羞愧自杀。朱元璋虽然愤怒，但是考虑到蓝玉的功劳很大，并没有去追究他，而这也在无形中助长了蓝玉的嚣张气焰。在这之后，蓝玉的此类行径越来越多。北征回来，经过喜峰关，由于天黑不辨人影，守关的士兵不敢开门。蓝玉命令士兵攻击关卡，强行闯关而入。
蓝玉蓄养奴仆、义子数千人，作为他的随从亲信。这批人仗着蓝玉在背后给他们撑腰，横行乡里、大肆侵占民田，根本不把国法放在眼里。当御史要依法惩办他们时，蓝玉横加干涉，堂而皇之地驱逐御史。朱元璋原本打算封蓝玉为梁国公，为了警告他，一气之下将“梁”字换作“凉”。谁让君王凉透了心，他的好日子也算到头了。朱元璋此时已对公侯们心生疑虑，而恃功骄纵的蓝玉更刺激了他。让朱元璋无法接受的是，蓝玉毫无收敛，无视朱元璋的皇帝威权。
前一年（1392年）年初，平定四川西部建昌地区叛乱时，朱元璋曾派蓝玉为领兵主将。出发前，他召见蓝玉，赐座交谈。当时，蓝玉还带了几员将军一同觐见。朱元璋要单独向蓝玉面授机宜，便令其他人在殿外等候。谁知，那几个随身将军亦步亦趋，不愿离开蓝玉。直到蓝玉示意，他们才不情愿地退出。这不是将领不守规矩，而是他们的主帅蓝玉向来无人臣之分。即使在皇帝面前，蓝玉也毫无收敛，表现得傲慢且无礼。他领兵在外，经常干出超越权限之事。比如，擅自决定将校的升降，不向朝廷请示报告；任意对犯错军士施加黥刑，在他们脸上刺字，以此挟制部下，使军队成为私人武装。
有些地方，一旦有火烧过，就算暂时熄灭，火种还在，运势尚存。只要稍有风吹草动，火便会借势蔓延来。蓝玉征西归来，朱元璋赏赐其“太子太傅”头衔。册立皇太孙时，他满以为自己会坐上“太子太师”的位置，却没想到自己还是太子太傅，反倒让冯胜、傅有德两人做了太子太师。这让蓝玉大为不满，在人前大发牢骚：“凭我的功劳，难道还不配做太子太师吗？”这些话在朱元璋听来，是极为刺耳的。综合平日里的表现，他对蓝玉的厌恶之情愈发强烈。一个人若是在人生得意的某个时刻，能够亲手触摸死亡的面目，甚至是魂魄的面目，他会对自己的人生选择有一个清醒的认识，他会心怀敬畏、懂得取舍。朱元璋曾经在颁给蓝玉的铁券中，将他的不法之事写了进去，警告他要保持清醒、安守人臣本分，可是蓝玉不以为意。他的所作所为大大激化了将权与皇权之间的矛盾，朱元璋越发不能容忍。
朱元璋太了解蓝玉这个人，正因为如此，蓝玉若得不到相应的奖赏，就会让他产生失宠的错觉。这种不祥的预感，一定会让蓝玉怏怏不乐，暗怀对皇帝的不满，久而久之，必将做出不理性的行为。这是朱元璋为蓝玉铺下的一条必走之路，而在这条路的前方，朱元璋早已为他布设了一张巨大的捕兽罗网，只待他自投其间。
《明通鉴》援引当时的私家记载，蓝玉被诛，是因为他触及皇子之间的斗争。洪武二十年（1387年），蓝玉以征虏左副将军随同冯胜征纳哈出，出征归来，他又开始关心起东宫之事。蓝玉曾想讨好朱棣，他将一匹俘获的名马献给燕王。他知道燕王喜欢纵马驰骋，于是投其所好。关于燕王好马，还有一件事。洪武二十八年（1395年），朝鲜使臣来大明朝贡，路过北平，朱棣跟使臣直接说：听说朝鲜的马特别好，你们的国王为什么不送我良马？朝鲜君臣很是知趣，马上挑选出好马，配上好鞍，一起献给燕王。据说朱元璋听说这件事后，大为恼火，将朱棣训斥了一通：“朝鲜王何得私交？”并告诫他下不为例。
蓝玉献马，朱棣根本不领他的这份情，还借故训斥对方：“名马没献给朝廷，却先让我收下，这难道是尊重君父的道理吗？”据《明实录》记载，蓝玉私下曾向皇太子朱标进言：“燕王在国，抚众安静不扰，得军民心，众咸谓其有君人之度……臣又闻望气者言，燕地有天子气，殿下宜审之。”他说燕王这个人素有野心，还说自己曾闻望气者言，燕王封地北平有天子气象，须得小心提防。朱标不以为然道，不管别人说燕王什么坏话，“燕王事我甚恭谨”。朱标生性忠厚，事后竟然将蓝玉的这番话说与燕王朱棣。等到太子朱标病亡，燕王来京参加吊唁，他在入朝奏事时对朱元璋说：“在朝诸公，有人纵恣不法，如不处置，将来恐成尾大不掉之势。”这句话虽然没有指明蓝玉，但朱元璋心里已有判断，再加上“纵恣不法”四字，更是确认无误。
其后几个月，蓝玉上朝奏事，没有一件能够通过。这是一个非常明显的信号，而他却毫不收敛，愈加放肆。有一次，他见朱元璋乘舆远远地经过，用手一指道：“那个乘舆之人开始怀疑我！”如此大不敬的言论传至朱元璋的耳朵里，又怎能不触动他本就敏感的神经。洪武二十六年二月八日早朝时，锦衣卫指挥使蒋某突然控告蓝玉谋反，说他与鹤庆侯张翼、普定侯陈垣、景川侯曹震、舳舻侯朱寿、东莞伯河荣、吏部尚书詹徽、户部侍郎傅友文等人私底下相互勾连，企图趁皇帝到郊外举行“耤田”仪式时，劫持皇上车驾。蓝玉当场被拘捕，突击审讯。有道是“十年磨得剑犹腥”，身处于权力规则制约之下，官员与官员之间早就用利益和热情维系着上下左右的连环。一个人倒下去，将有很多人为他殉葬，准确地说，为权力殉葬。
据称蓝玉在受审时对他的叛逆罪供认不讳，同时在他的招供过程中，又把许多侯爵以及吏部尚书詹徽都牵扯进来。最让人意外的是詹徽，他曾经主持审理过李善长案，现在又随同皇太孙朱允炆一起审讯蓝玉。审讯中，詹徽斥责道：“速吐实话，不得株连他人。”结果惹得蓝玉大喊起来：“詹徽就是臣的同党！”一句话，詹徽也就成为“蓝党”。
次日，蓝玉连同家属一并处死。蓝玉受到的是肢解之刑。没有过多的周旋，只有血肉淋漓的奉献。这个习惯了刀刃与鲜血的战将，体验到了穿透灵魂的痛。他彻底交出自己的身体，任由疼痛蔓延至全身每一寸骨头与肌肉。蓝玉作为统帅，部属众多，受株连的人数众多，并且都是族诛。在蓝玉被清洗一案中，许多元勋宿将都成了刀下冤魂。到当年五月一日，朱元璋已将京城各军府、卫所的中高级将领牵连进来杀得所剩无几，使得人们有理由猜测，朱元璋之所以要展开大清洗，就是要消除可能威胁皇位继承人的帝国权贵。
为了表明自己行为的正确性，朱元璋想出各种办法。胡惟庸党案之后，他随即颁布了《昭示奸党录》告示天下；蓝玉案之后，他紧接着又颁布了《逆臣录》，并且以手诏布告天下。列名《逆臣录》的，有一公、十三侯、二伯，连坐处死的功臣及其家属达一万五千人。这份《逆臣录》同样漏洞百出，它堂而皇之地收录了近千人的口供，并记载着蓝玉在一个月时间里，在他的公爵府秘密约见了上千人，并与他们达成造反意向。比如，一个叫蒋富的证人招供，蓝玉出征回来，在酒席上对他说：“老蒋，你是我的旧人，我有句话和你说知，是必休要走了消息。如今，我要谋大事，已与众头目每都商量定了，你回去到家打听着，若下手时，你便来讨分晓，久后也抬举你一步。”这个老蒋是蓝玉家的“打鱼网户”。还有一个叫张仁孙的“染匠”招供：蓝玉对他说，要成大事，吩咐他们置备军器，听候接应，日后事成要让他们做大官。这样的证言若是采信，蓝玉就是个天大的蠢货。身为大军统帅的高级将领，竟然要和“打鱼网户”“染匠”之流商量谋反之事。
有了十年前胡惟庸案的办案经验，罗织罪名不在话下。白纸黑字，板上钉钉的事，没人敢质疑。朱元璋这样做的目的，显然是想给蓝玉和胡惟庸两件清洗案做个了结，同时向帝国的官僚集团和民间社会传递出一个信息：这两件大案是钦定的，谁也不准翻案。
胡、蓝两案之外，开国功臣被诛杀的还有：德庆侯廖永忠，1375年以僭用龙凤不法等事赐死；永嘉侯朱亮祖父子，于1380年被赐死；临川侯胡美，于1384年犯禁处死；江夏侯周德兴，于1392年以帷薄不修、私生活暧昧的罪状处死。蓝玉死后，那些侥幸存活下来的功臣宿将，自认为长夜已尽、黎明在望。殊不知，这种想法只是他们的一厢情愿。
洪武二十六年，在山西、河南地区练兵的冯胜和傅友德、王弼三人被同时召回，他们的功劳和声望不在蓝玉之下。徐达病死后，代替徐达主持北边军务的是大将军冯胜。此人也是颇有韬略的开国名将。冯胜曾率左副将军傅友德、右副将军蓝玉，征讨北元丞相纳哈出率领的二十万元朝残余势力，大获全胜。就在班师途中，朱元璋突然召三人回京，这让他们产生不祥的预感。一拨拨的人倒下去，犹如荒草倒伏于疾风暴雨之中，每个人都心怀绝望地离去，不再渴望能够有奇迹发生。就像冯胜走了，接替他的人，名叫蓝玉。而等待蓝玉的，同样是刀斧加身的命运。据说，在冯胜等人南返之日，定远侯王弼曾悲叹：“圣上年事已高，喜怒无常，我们恐怕很难再活下去了，该为自己考虑了。”
他们能够为自己考虑什么呢？在这条血肉串联起来的权力链上，环环相扣都是死结。除了朱元璋，他们谁也无法自解。虽然他们曾经是兄弟、是战友、是乡亲，而现在只剩下一种关系，那就是“君君臣臣”。他们不再属于他们自己，而是一个统一的王朝系统中，一个有效或无效的编码。有效则保留，无效则清除。他们的罪与罚，不在其罪有无，而在操作系统的那个人如何看待。
有人控告冯胜私藏兵器，朱元璋将他召入京城，赐以酒食。临行前，冯胜大摆宴席，逼着家中女眷吃下有毒的酒食。一个杀人无数的将军，面对倒在自己面前的至亲，内心的无奈与悲愤可想而知。他转过身去，轻轻地掩上房门，去赶赴一场不得不赴的鸿门宴。君臣二人在酒宴上回忆过往，畅叙友情，谈笑间灰飞烟灭。待到返回家中，冯胜和他的妻妾女佣一样，沉睡般死去。
朱元璋无意间说出口的一句话，便会有匪夷所思的奇观发生。功臣宿将成了帝国天空掠过的飞鸟，受过惊吓，不待张弓搭箭便一头栽落下来。他们醒在某个清晨或夜晚，想象着身边会不会有朱元璋的意念在游荡，他们的皇帝在那一刻成了恶灵的化身。
洪武二十七年（1394年），朱元璋大宴文武百官。在这次宴会上，他当着百官的面声色俱厉地指责傅友德教子无方。说他两个儿子都是殿前亲军，平日里喜欢滋事生非。朱元璋借题发挥，向傅友德发出警示。傅友德默然无语，突然中途离席而去。他刚走到门口，宫中侍卫便赶来传旨：“带二人首级来见！”随即，递给傅友德一把宝剑。没过多长时间，傅友德便提着两个儿子的人头回来，这种血淋淋的场面让朱元璋大为震骇。他斥问傅友德：你如此残忍，莫非怨恨我！
傅友德摆出一副豁出去的架势，将两颗人头扔到皇帝的面前，然后仰天大笑，声震殿宇，他言道：“你不就是想要我们父子的人头吗？”还没等朱元璋做出反应，他突然横剑自刎，鲜血染红了大殿。在大西南纵横驰骋所向无敌的一代名将，就这样以一种惨烈的方式结束了自己的生命，也让朱元璋颜面尽失。朱元璋遂下令将傅家老小全部发配到辽东、云南，只将他的大儿子傅忠（朱元璋的女婿，尚寿春公主）及其子留在京城。傅友德是一员猛将，他在开国武将排名中位居前列，此人曾经三易其主（刘福通、明玉珍、陈友谅），最后被迫降于朱元璋。他跟随征西将军汤和出征四川，中流矢轻伤不下火线，率将士血战到最后。他的小儿子战死时，他悲痛欲绝。傅友德是个爱子胜过爱自己生命的父亲，朝野人尽皆知。
傅友德曾率领蓝玉、沐英平定云南，进封颍国公，岁禄三千石，赐予免死铁券。儿子娶了皇帝的女儿，成为当朝驸马；女儿做了皇帝的孙媳，成了亲王妃。作为臣子，可以说是享尽世间尊荣。朱元璋曾经在《平西蜀文》中盛称“友德功为诸将第一”。功勋是武将的荣耀，也是局限，就像那只掠过天空的苍鹰，没有翅膀，无法飞天；没有利爪，难以据地。而什么都具备了，又防不住茂林深处那只吹着哨音的羽箭。
开国初年分封的六位公爵，徐达、常茂（常遇春的儿子）、邓愈、冯胜、李文忠、李善长等人。除了邓愈早死之外，其他五人都没逃过清洗。到朱元璋死时，他先后分封的九位公爵，除病死者外，只有汤和得以善终。而在这其中，徐达的死亡给那个无解的时代，又增添了一道谜。徐达是武将之首，朱元璋非常尊重徐达，就是称帝之后，私下仍称呼其为兄长，他在朱元璋心目中的位置无人可以取代。
朱元璋对徐达始终抱有极高的信任度，给他的赏赐最为优厚。徐达的三个女儿，长女徐妙云嫁给燕王朱棣，其他两个女儿分别嫁给代王朱桂、安王朱楹为妃。长子徐辉祖封魏国公、袭爵，幼子徐增寿死后被追封定国公。一门二公，也就徐达一门。
徐达死于洪武十八年（1385年），有人猜测，徐达之死与朱元璋有关。说他在患病不能吃蒸物的情况下，朱元璋故意赐蒸鹅于他，导致疽发身死。抱此推测之人都是不了解朱元璋的内心所想，他虽然几乎杀尽有功之臣，但从来都是公开治罪、昭告天下。食鹅致死毫无医学根据，纯属无稽之谈。而胡惟庸、李善长、蓝玉这些人，都是被抄了满门，株连九族。徐达则不同，除次子徐添福早卒之外，其余三子都被封了官职，特别是他的第三个儿子徐膺绪还是手握军权的指挥使。
朱元璋在《逆臣录序》中分析功臣建功立业时说过，将军立功是因为上有“君命”，下有“战将与士卒之力”。功臣之所以成为功臣，与个人的奋斗并无直接关系。而是因为上有识人用人的领导者，下有将士们的出生入死，更重要的是天命护佑。那些所谓文臣武将宁愿逆龙鳞，也不愿顺他这个皇帝的心意。他们只知贪功，常做“违君命，逆天心”的事，领受死亡的惩处是他们应得的，不值得世人去同情。
朱元璋掀起的这场“连环三击”前后持续十余年，被狂飙卷进去而遭到屠戮的文武功臣各色人等，有数万人之巨。执政近三十年，朱元璋让他的官员时常处于惊骇之中。史家感叹：“于是元功宿将相继尽矣！”其中有些人的确属于罪大恶极，自取灭亡的。譬如永嘉侯朱亮祖仗着手中的威权，恶贯满盈。但更多的人死得实在是稀里糊涂，冤枉至极。朱元璋巧妙地借助了朝臣之间的矛盾，将诬陷栽赃运用到了极致。他先后以谋逆、谋反、通倭种种理由把胡惟庸、蓝玉、李善长等几大势力集团全部收拾干净，刀锋所向，杀无可杀。大多数被网罗的官员都落得身首异处、族灭家破的下场。战争年代，他们的脑袋还扛在肩膀上，到了和平年代却掉了脑袋。
朱元璋的分权制衡在淋漓的血泊中建立起来，功臣们被一个个剔除。虽然相权此时已被剥离出官僚系统，但由于朱元璋的杀戮毫无节制，使得官僚结构中的辅政系统损毁严重，甚至到了形同虚设的地步。这就形成一种局面，在那个庞大的复式立体化的官僚系统中，行政机构成了花瓶式的摆设，看上去很美，中看不中用。废除丞相制度之后，朱元璋先是设立了四辅官，称为春、夏、秋、冬四辅官，后来又设置了华盖殿、文华殿、武英殿、文渊阁和东阁等大学士，但这些人的工作能力与先前被杀的那几位丞相，不可同日而语。另外由朱元璋一手打造出来的恐怖专政的氛围，也让这些人无心恋位。
随着时间的流逝，我们将不断看到：朱元璋废除丞相制度，将皇帝的威权推向极致，最终演化出大明特色的内阁——司礼监制度。有明一代，宦官假借皇权，以司礼监的名义，代表皇帝批核奏章，文官系统无法反抗。而朱元璋建立的锦衣卫更让皇权的触角无处不在，权力之大、影响之深，前朝从未有过。除了锦衣卫以外，后来又添设东厂和西厂，也都是为了代替皇帝监督臣僚和百姓，到后来则代表了皇权。这些特务单位，独立处理刑案的权力不受执法单位（刑部、大理寺、都察院）三法司的约束。如果皇帝因为身体和年龄不能亲自执政，这种特务单位就由宦官指挥，更加提高了宦官的权力和气焰。朱元璋虽然能够轻易地消灭那些功臣宿将，但要管理好皇子们却是一件棘手的事。他从登上皇位的那一刻就已经开始考虑这个问题。
长年的紧张和猜忌，让朱元璋的精神之弦时常处于紧绷状态，这也极大程度伤害了他的身心。在生命的最后三年里，他的脾气越发暴躁，甚至到了难以自控的程度。皇宫里服侍他的下人们百般用心，还是难逃获罪遭戮的厄运。见到此种情形，皇太孙朱允炆于心不忍，主动承担起照料朱元璋的重任：爷爷要吃药，孙子先尝一尝；爷爷要如厕，孙子亲手搀扶；爷爷要吐痰，孙子马上就端上……即使半夜说句梦话，朱允炆也是闻声即起，并和颜悦色地前来侍候。
皇太孙所做的这一切，朱元璋看在眼里，内心既喜且忧。喜的是皇太孙朱允炆的身上具备一个仁德之君的许多品质，他没有看错人；忧的是一个将来要做君主的人过于温和驯良，有可能会被大臣们欺瞒和主宰，让皇权陷入难以掌控的危险境地。这让处于生死临界线上的朱元璋焦虑难安，失去时间的筹码，让他赌不起。透过皇子们那一双双狼一样的眼神，朱元璋能够读出他们心底蓬勃而出的忌恨。
尤其是燕王朱棣，让朱元璋如芒在背，不得安泰。他是大明帝国的开国皇帝，自然晓得皇位的不可靠性。不要说朱棣，就是那些看着不起眼的皇子，只要他们足够残忍，他们中的每个人都可能成为皇帝。打江山，朱元璋的刀锋只需指向他的敌人；而夺皇位，他们的刀锋则要指向自己的骨肉兄弟。朱元璋这时候只能猜中开头，绝对猜不到结局。
朱棣是朱元璋的第四个儿子，他的身份之谜始终困扰着世人。当然这一切源于他获得帝王之位的非合法性。一个人若是一条河流，母亲便是那个源头。一条河流可以改变流向，却无法改变源头，人也是如此，没办法选择自己的母亲。朱棣自称是高皇后马氏所生，他争的是嫡子身份。中国古代存在着事实上的一夫多妻制，尤其是皇帝。正妻的儿子称为嫡子，非正妻生的儿子则称为庶子。正妻称为嫡母，其他的妾则称为庶母。不要小看了嫡子和庶子的名分，若是生在帝王家，两者的差别更大。
按照封建宗法制度，皇帝死了，皇位要由嫡长子继承。即使嫡长子死得早，如果嫡长子有儿子，也要由嫡长子的嫡长子来继承，其他庶子不得觊觎皇位。如果是嫡子，即使不是长子，距离皇位也要比那些庶子更加靠近。更何况，按照“兄终弟及”的典制，朱棣的竞争力最大。那是因为朱标死后，排在朱棣前面的两个哥哥——秦王朱樉和晋王朱㭎也先后死去，朱棣已经成了事实上的长子。这也是为什么，朱棣后来从侄儿建文皇帝手中夺取皇位后，马上指使臣子编写《奉天靖难记》。此书开头就写道：
今上皇帝（明成祖），太祖高皇帝第四子也。母孝慈高皇后生五子：长懿文皇太子，次秦王，次晋王，次今上皇帝，次周王也。
在那个嫡长子继承制的朝代，正统嫡传的身份几乎是一条政治红线。如果说，人的宿命是一条河流的源头，那么属于朱棣的这条河流显然是充满分歧的、具有争议的、不确定的。一个孩子改变一个女人的命运，或者说，一个女人改变了一个孩子的命运。这一切似乎与朱棣无关，却又息息相关。《太宗实录》修于仁宗时期，明仁宗朱高炽也称自己的父皇朱棣为高皇后（马皇后）所生。此后，各种正史沿用了这种说法。不过，明清以来的各种史籍说法不一，大抵有五种：一是如上所说，朱棣是马皇后所生五子中的第四子；二是懿文太子朱标和秦、晋二王都不是马皇后所生，只有朱棣和周王为马皇后所生；三是马皇后生太子朱标和秦、晋、周三王，朱棣是达妃所生；第四种说法影响较大，谓朱棣乃元顺帝的妃子所生；第五种说法，朱棣乃?妃所生。
而这些说法，都是建立在朱棣夺位成功，成为皇帝的基础上。朱棣若是一般平民，或者普通皇子，母亲的身份也就没有那么多人关注。在血统论大行其道的皇族，尤其是他后来成为皇帝，并且是篡位而得，笼罩在他身上的迷雾也就愈发浓重。
经过史家的多方考证，可以肯定的是，明成祖朱棣的生母不是高皇后马氏，而是?妃。持这一说法的人，大多依据南京《太常寺志》对明孝陵神位的记载：“左一位，淑妃李氏，生懿文太子、秦愍王、晋恭王。右一位 妃，生成祖文皇帝。”按道理说，太常寺是明朝掌管祭祀礼乐的皇家机构，涉及皇家血统的话题不应该胡乱记载。明孝陵是明太祖朱元璋的陵墓，太常寺对孝陵配享神位的记载是不敢胡来的。这本《太常寺志》现已失传，今人无法验证。明代文人对此将信将疑，但还是觉得有合理的地方。万历时期的文人何乔远在书中记载：
臣于南京见《太常寺志》，云帝（明成祖）为 妃所生，而玉牒则高后第四子。玉牒出当日史臣所篆，既无可疑。南（京）太常职掌相沿，又未知其据。臣谨备载之，以俟后人博考。
何乔远是万历年间的进士，曾任职于南京工部，博览多闻。谈迁在《国榷》中也采用这种说法：
文皇帝，御讳棣，太祖高皇帝第四子也，母 妃。玉牒云高皇后第四子，盖史臣因帝自称嫡，沿之耳。今南京《太常寺志》，载孝陵附享，妃穆位第一，可据也。
明末清初文人钱谦益和李清对此事还进行了考证。李清在明末曾任大理寺左丞，而钱谦益则于南明弘光朝担任过礼部尚书。在弘光元年（1645年）元旦谒祭孝陵时，二人利用各自身份的便利条件，趁机打开孝陵寝殿，“入视果然，乃可信”。明成祖朱棣即位后，在南京天禧寺的旧址上翻盖新寺，取名大报恩寺，名为报答马皇后母恩。然而令人不解的是，寺中正殿的大门经常封闭，外人无法看见里面的情况，有传闻里面供奉的其实成祖生母?妃。近人傅斯年、吴晗等史家对此都有过精细考证，都认为燕王并非孝慈高皇后（马氏）所生，他与周王同母，其生母系?妃。
我们翻阅《明实录》会发现，明成祖朱棣经常于人前声称自己乃高皇后所生。一个人反复强调自己的母亲，似乎于理不通，甚至可以说有些神经质。母亲在那里，说与不说都在那里。对此，潘柽章在他的《国史异考》中说得再明白不过：
吾知成祖于此有大不得已者存焉。方靖难师起，即已自名嫡子传檄中外矣，及入继大统，何敢复顾私恩以忘高皇后均养之德，与孝康一体之情，故于奉先殿则阙之，于陵殿则祀之，此亦恩义之不相掩者也。
高皇后马氏不是朱棣的生母，朱棣生母是?妃。而国史、《玉牒》等之所以讳莫如深，是因为朱棣也有不得已的苦衷。当初靖难起兵时，他是自称嫡子而传檄中外的，待到入继帝位，他又怎能因私恩而负高皇后养育之恩？更何况，若公开承认生母事实，以朱棣的庶出身份，在皇位继承的合法性上是要大打折扣的，又有何理由占据帝位。嫡子继承皇位才是深孚人心的，否则会危及皇权的稳定。
朱棣通过靖难之役，取建文帝而代之，他担心难以服众，所以才千方百计强调自己嫡出的身份。对此，吴晗先生一语中的：“盖成祖起兵时自诉为嫡出，以后无法再换一个生母，只好讳莫如深，完全抹杀”。为了坐稳江山，他只好在常人不能随便启视的孝陵享殿中，将生母供奉在较诸妃略为尊崇的位置上，以示有别。这种无法公开的情感，恐怕也只能深埋朱棣的内心。
朱元璋明白，不光是朱棣，那些藩王将来又有几人能够真正臣服于皇孙朱允炆？他们拥有强大的军事力量，若是遇上对敌作战，就连驻扎在地方上的朝廷军队也要受他们的节制和调度。这帮藩王手握重兵，谁又真的会拿朱允炆当回事。每念及此，朱元璋的内心就会惶惑不安。这位年近七旬的老人，时常在混沌的梦境里看见天上的宫阙，看见死去的大臣和将领们来向他索命。他曾经做过一个梦：有一条白龙和一条黄龙邂逅，双方缠斗一处，他们天上地下，鏖战许久，最终白龙抵挡不住，蝘蜒于地，而黄龙却得胜腾空而去。
朱元璋被梦中的情景惊醒。这个梦到底隐含什么？他琢磨半天，也无法理出一个头绪。他带着疑惑，来到奉天殿临朝。刚坐定就觉得眼前有什么地方不对劲，定睛往朝堂下观望，只见燕王朱棣竟然站在皇太孙朱允炆的左前方。按照中国人历来的规制，左为上、为大。按照家族本分，朱允炆是朱棣的侄儿。但是在朝堂上则应以官方规制为准，朱允炆为皇太孙，是朱元璋的接班人，其地位是一人之下、万人之上。就算朱棣是他的叔叔，但是从政治角度来说，他同样也是朱允炆的臣下。一个臣下，怎么能够站到皇太孙朱允炆的上方左边呢？很显然他压根儿就没把朱允炆放在眼里。
朱元璋顿悟其中玄机，再结合昨夜那场奇怪的梦境，觉得隐隐不安。经过一番权衡，还是将朱棣逐出皇宫。朱元璋不是没有考虑过让燕王继承皇位，但碍于他只是四皇子。太子朱标死的时候，朱棣的两位皇兄朱樉和朱㭎活得好好的，朱元璋没有理由撇开他们。
有一天，朱元璋和几个亲近大臣密议立储之事。朱元璋有意立燕王为皇太子。翰林学士刘三吾反对道：“立燕王，置秦、晋于何地？且皇孙年长，可继承矣。”秦、晋二王都比燕王年长，避开秦、晋二王而立燕王，有违宗法伦理。因为朱标的长子此时也已夭折，以伦序，他建议立朱标的次子即皇太孙朱允炆为皇储，如此“四海归心，皇上无忧”。虽然极不情愿，朱元璋也只能无奈地接受现实，放弃另立燕王的念头，而决心立朱允炆为皇太孙。朱元璋回宫后还焚香向上天祈祷，谓国祚长短“惟听命于天”。建文一朝的历史档案日后被篡改得面目全非，诸如此类说法难以判定真伪。嘉靖时人高岱曾分析：
创业之主，其所为即后世之所程法，况继体垂统，大事也，祖训著有定制，岂容所行之不符也？盖欲易储者，所以贻一世之安；而终不易者，所以定万代之法。是故有权衡轻重其间，而又况有秦晋二王在，尤难处也。
更何况，假使他执意要立朱棣为皇太子，百年以后，同样有资格入继大统的两位兄长秦王朱樉、晋王朱㭎又岂能安于藩地？一旦出现兵戈相向的局面，就有可能会演变为西晋末年“八王之乱”似的大劫难，这是朱元璋最不愿意看到的。
朱允炆生于洪武十年（1376年）十月，母亲是朱标的嫔妃吕氏。吕氏是太常寺卿吕本的女儿，地位不高，因此只配当嫔妃。依照宫廷规则，母凭子贵，子也可以凭母贵。朱允炆是庶出，在他出生后的很长一段时间，并没有得到朱元璋的特殊关照，甚至连个名字也没赐予他。太子妃常氏去世后，朱允炆的母亲吕氏依序升格继而为太子妃。朱元璋这才想起太子朱标膝下还有这么一个没有名字的皇孙，于是赐名为朱允炆。
朱允炆的外形看上去缺陷明显，想遮掩都不容易。他刚生下来的时候，头顶骨歪得厉害，整个头型看上去像一轮弯月。朱元璋看到孙子长成这副尊容也颇为不满，他经常摸着朱允炆的脑门，悻悻然道，这真是个“半边儿月”。朱允炆六岁时，同父异母的哥哥朱雄英夭亡；十五岁时，父亲朱标又离开人世。《明史》中，朱允炆呈现给世人这样一番面目：“（建文）帝生颖慧好学，性至孝。”“炆”这个字，有小火慢炖的意思。人如其名，历史学家常用“少见的仁柔皇帝”来形容他。太子朱标在赴陕西的途中染病，一病不起。朱允炆承担了长子的本分，守候在父亲病榻前精心护理。他不会想到，命运就这样挑中了他。而朱元璋忧虑的是，有一天，这个可怜且幸运的孩子会不会再次被命运抛弃。
朱允炆的不高，除了生母的地位低以外，恐怕还有一个原因，那就是他的外在形象离帝王的要求有着较大的出入。当然这里也有遗传因素，与历朝历代的帝王相比，朱元璋的外貌也不值一提。不过，朱元璋的精神气度还是可圈可点的，不输给他们中间的任何一个人。未曾料到朱允炆的命运发生了转变，朱元璋口中的“半边儿月”将会慢慢升上帝国的天空。
但凡帝王没有不相信天命的，他们总认为自己是天子，凡事总爱与天意神愿较劲。年轻的时候，朱元璋不相信天命系于一人，起兵造反就是为了证明这一点。随着岁月的流逝，他越来越相信冥冥之中自有安排。洪武二十五年九月，朱元璋正式册立朱标太子的儿子朱允炆为未来的皇位继承人。对于选择嫡长子储君法，他给出的解释是：“自我创天下而以天下传之庶孳，万世而下有庶夺孳抗宗者，我开其乱也。乱传而万世之传，足虑焉。”也就是说，大明王朝及其一切章法都是要传之后世的，如果他这个开国皇帝都不遵守自定的祖制，将来子孙后代就会仿效，这就与确保大明长治久安的根本精神背道而驰，子孙后代的乱与治不仅与他今日所立的祖制有关，而且与他是否率先按照祖制执行有着很大的关系。朱元璋需要的是一部王朝的机器，而不是一个有着情感因素的人治之国。开动王朝机器，运转的是百世之国，而不是某个人的一私之念。朱元璋需要考虑的是如何立规矩，为今日立，也为明日立，更为明日的明日立规矩。
从朱允炆被立为皇太孙的那一天起，朱元璋就没睡过一个安稳觉。他看着眼前这个比太子朱标还略显文弱的皇太孙，心里总觉得沉甸甸。朱允炆尚年幼，缺乏历练，到时能不能控制局面还真是个问题。如果真有那么一天，由他亲手打造起来的这艘“朱明”号航船将驶向何处？这是生列攸关的大问题。于是，朱元璋在继续诛杀功臣勋旧的同时，也在抓紧时间制定《皇明祖训》《永鉴录》，以约束藩王和大臣。
随着年华渐老，不可一世的君王，内心渐渐产生了幻灭感，在这个世界上，很多东西是人无法掌控的。太子死后，纠缠于衰病之中的朱元璋曾经做过一件让人无法理解的事。那一年十月，他下诏征求天下能掐会算的阴阳家，“试无不验者，爵封侯”。一个如此迷信权力的人，突然变得迷信天命，足以说明支撑朱元璋强悍内在的根基已经发生了动摇。而一个处于迷茫之中、突然失去方向感的人，最容易被焦虑感所困扰而变得喜怒无常。
让朱元璋产生幻灭感还有一个重要的原因，那就是他越来越认定，自己的治国理想在有生之年不可能得到实现。这庞大的帝国，到底是属于老朱家，还是属于天下人？如果说属于老朱家，为什么他始终患得患失；如果说属于天下人，那么他和他的子孙又是为谁辛苦为谁忙？虽然朱元璋的文化素养并不高，但依靠对传统儒家文化一知半解的认识，在他心中，是有一整套理想的国家和社会图式的。简而言之，就是在强大国家机器的威慑和深厚儒家伦理的教化之下，创造一个男耕女织、民风朴厚、官员守法、富人谦抑的小农社会。
从登基之日起，朱元璋就一直在为这个理想不知疲倦地努力着。当一个时代荒凉得像一片原野，他只能在街头游荡；当一个王国缩小如一片蛛网，他只能在其中疲于奔忙。他的王国是一个透明的国，每个人都有几双眼睛和耳朵，替别人看着自己，也替自己看着别人。就像是田野里竖着的稻草人，看着冒犯者，在他的眼前栽进土里摔断了身体和翅膀。
面对政治期望无法实现的重大挫折，朱元璋无法忍耐克制，必须有所发作。攻击不过是他在遭遇挫折时的情绪反应，对于他这样一个内驱攻击力极强的皇帝而言，他总是习惯于下意识地采取直接攻击的方式，将愤怒的情绪泼洒于那些阻碍他实现理想的人身上。朱元璋最为痛恨之人莫过于贪赃害民的官吏和不务正业的游民，在他的严酷打击之下，无数的人，包括许多无辜的人，死于非命，也有许多人被罚作苦役或发配充军。他的滥杀心理，以及建立在这种心理基础之上的一系列杀戮行为，给大明王朝的政治、经济和社会造成的影响是多方面的。他所表现出的所谓“极端行为”虽然矫枉过正，但也给平民百姓带来一些切实的好处。一个被幻灭感折磨，却又掌握着巨大权力的老人是可怕的。朱元璋天性中本来就有嗜杀的成分，尤其是进入晚年，行事不以常情常理揣度成为一种必然。他无疑是世俗眼中的成功者，但他是不是一个成功的帝王？估计连他自己也持怀疑态度。
洪武二十八年（1395年），朱元璋再次修订《皇明祖训》，这次修订对皇家礼仪进行了规范。他要求“诸王来朝冕服见天子，次见东宫，先坐受拜，次叙家礼。坐则正中，诸王侍”。朱元璋这是在教育以朱棣为首的诸子藩王，告诉他们做臣子应该遵守的本分。朱元璋以为自己所做的一切几近完美，他曾不无得意对朱允炆说：“朕已将边疆防御的重任交给你的那些藩王叔叔，从此以后，你可以做个太平无忧的皇帝。”
朱元璋刚说完，朱允炆不禁问道：“边疆上不太平的事情由我的皇叔叔们去解决，要是诸位藩王叔叔不安分，有了非分之心和非分举动，又能派谁去平定呢？”
朱元璋没想到朱允炆会提出如此尖锐的问题，一时语塞。朱允炆却说出了自己的想法：“以德怀之，以礼制之。如不可，则削其封地，又不可，则废置其人，又甚则举兵伐之。”他的意思是，要用德义感化藩王们的非分之心，用礼法约束藩王们的行为；若是以德服人没有起到作用，那么就削夺他们的封地；上述方法都行不通，那就废了他们的封爵；若是都不管用，那就只能兴兵讨伐。在祖孙二人的这段对话中，朱允炆平日表现出来的文弱之相荡然无存。从朱允炆的角度来看，他的性格即使再软弱，也会对皇叔们咄咄逼人的气势做出一种本能的反应。文弱，并不代表真的软弱。朱元璋将皇位传于他的同时，也把一个棘手的难题交到他的手中。
早在大封功臣之前，为了确立诸子与功臣之间的君臣名分，朱元璋首先分封诸子。他将九位皇子从帝国的东北到西北一字排开，分别是辽王、宁王、燕王、谷王、代王、晋王、秦王、庆王和肃王。朱元璋在全国各地先后封了二十四个儿子和一个侄孙为王，这些藩王拥有自己的王府和军队，每个王都有三个护卫，三个护卫并不是指三个人。护卫是一个军事单位，每一个护卫的人数从三千人到一万九千人不等，这样算一下就可以了解藩王们的军事实力。
按照这个规定，藩王所能拥有的军力是九千人到五万七千人，而在具体实践中，藩王们都倾向于选择后一个数字。按说这个数字其实也不多，区区五万多人，要与朝廷叫板显然是以卵击石。九个藩王将帝国的边界割成了九大军区，分别负担着不同地段的防务。他们瞪着血红的眼睛盯着朱元璋身后的皇帝宝座，如此一来，即将接过皇位传递棒的朱允炆成为众矢之的。原本就对皇帝宝座抱有各种想法的诸子藩王，由于朱元璋钦定朱允炆为皇位继承人，他们的野心无处安放而心怀不满。嫡长子继承制，真的可以使江山社稷稳固么？对朱元璋来说，他已经来不及做出更为周全的部署。
对于分封诸子为藩王，朱元璋打着“遵古先哲王之制”的名义。殊不知，他遵循的古制，也是各有各的分封法则：夏代史料缺乏，无法详考。商代已实行了分封制度，“子孙分封，以国为姓”。周朝开始大举分封，“封建亲戚，以藩屏周”，并形成了完备的封建宗法制度。汉代建立后，刘邦也实行分封，起初是同姓王和异姓王并存，后将异姓王渐次削夺，只保留同姓王。这些同姓王在封国内有政治、经济、军事大权，后来终于酿成“吴楚七国之乱”，旗号是“清君侧”，实际上是要夺皇位。晋初大封同姓子弟为王，且握有军政实权，后酿成“八王之乱”。唐代虽也封皇室子弟为王，但“有名号而无国邑”，都要住在京城的宅院里，由宦官进行管理。宋代大体沿用唐代的做法，但宋代封王只及自身，不得世袭，可以像庶民子弟一样，参加科举考试为官。
这里有必要介绍一下诸王就藩的情况：朱元璋在分封制度的设定上，虽然有附会周、汉之嫌，但它的内核还是沿袭了元朝宗王出镇制度。诸王在地方上，主要负责军事，如果地方发生战争，或者朝廷出现奸臣，诸王便可以节制都司卫所军队，统兵征战。
在广阔的亚欧内陆，由于生态环境较为恶劣，游牧经济较为落后，因此无论财产管理，还是政治治理，都采取共享、共治的模式。可汗在获得政权后，要将草场、牧民和牲畜分封给子弟。因此，虽然汉人政权分封制度早已名存实亡，但在内陆地区，分封制度一直存在。
蒙古帝国建立后，成吉思汗便将广阔的疆域分封给诸子、诸弟和功臣，其中最著名的便是四大汗国。蒙古进入中原之后，由于汉地长期实行郡县制度，没有空闲的土地，无法再像以前那样列土封疆，于是忽必烈便实行宗王出镇制度。不再分封，而是命诸子驻扎地方，享用各府、州、县交纳上来的赋税，掌握地方军权。这样不仅可以加强对汉地的统治，而且能够抵制黄金家族其他支系对忽必烈系皇位的威胁，对元朝统治形成强有力的支持。
元朝宗王出镇制度的成功，给朱元璋实行分封制度提供了样板和信心。不过，对于历史上由于分封而导致的内乱，朱元璋也十分警惕，因此对诸王军权的设计格外用心，仅命诸王“节制”而非统帅都司卫所军队，都司卫所军队统属于中央，而非诸王。不仅如此，诸王只有在军情发生、接到皇帝的诏书后，才能够指挥都司卫所。朱元璋分封诸王的具体过程，是和大兴党狱、剪除功臣同步进行的。
朱元璋的子女众多，共有二十六个儿子和十六个女儿。这些由朱元璋这根老树生发出的金枝玉叶，只有极个别经历过风霜，他们中的绝大多数都在绝对安全的监护下度过童年和少年，远离风险。当森严壁垒的宫墙挡住了外面的凶险，那么，来自身边的危险就已经在悄悄地酝酿。按照大明朝的宗藩制度，朱元璋的儿子，除了长子立为太子外，九子、二十六子早夭，其余二十三子全部封王建藩（皇九子朱杞获封赵王，但未就藩即已过世）。为了不使天下臣民感到他私心太重，朱元璋在封藩前还特意做出声明：
天下之大，必建藩屏，上卫国家，下安生民。今诸子既长，宜各有爵封，分镇诸国。朕非私其亲，乃遵古先哲王之制，为久安长治之计。
这段话的意思是说，封藩不是为了“私其亲”，而是为国为民。朱元璋相信亲王（儿孙）比将帅可靠，朱姓比异姓可靠。他肯定地认为分封亲王恪守祖训会使朱明朝廷长治久安。虽然朱元璋口口声声说封藩不是为了“私其亲”，可对于那些手无寸功、少不更事的皇子，若非“私其亲”，又怎能封王立藩。此地无银三百两，所谓的帝国荣耀不过是一场愚蠢的自娱自乐。
1372年，首封秦、晋、燕、吴、楚等十王；
1378年，秦王、晋王就藩西安、太原，又封蜀、湘、豫、汉、卫五王；
1380年，燕王就藩北平；
1381年，周王（原封吴王）、楚王就藩开封、武昌；
1382年，齐王就藩青州；
1385年，潭王、鲁王、湘王就藩长沙、兖州、荆州；
1390年，蜀王就藩成都；
1391年，再封庆、宁、岷、谷、韩等十王；
1392年，代王（原封豫王）就藩大同；
1393年，辽王（原封卫王）、庆王、宁王就藩广宁、宁夏、大宁；
1395年，肃王（原封汉王）、岷王、谷王就藩甘州、云南、宣府。
为了让朱明江山稳如磐石、传之弥远，朱元璋的神经始终处于紧绷满弦的状态。他在朝臣们的一片反对声中，重启被历史尘封已久的分封制。二十三个皇子陆续在不同的地区就藩，他们暂时离开了帝国风暴的核心区域，成为各自封地上的主人。除了血缘的牵连，权力的游戏规则仿佛已经消匿于无形。那些离开京城的皇子，犹如脱笼的鸟儿，开始飞向自己的天空。
朱元璋分封诸王的目的明确，一为夹辅皇室，“上卫国家，下安生民”“为久安长治之计”，一为抵御外患，特别是北元的蒙古势力，所以沿长城一线择其险要之地封了九个王。这是朱元璋为皇权永固留下的得意之笔，却让皇太孙朱允炆吃尽苦头。朱元璋对历史上由分封所带来的沉痛教训还是心知肚明的，所以他推行的分封制，有别于前朝制度的继承和发展。
封王建藩定下的原则，就是“列爵而不临民，分土而不任事”，但诸王地位尊崇，冕服、车旗、仪仗，仅下天子一等，尤其是驻扎边地的藩王，手握重兵，遇有紧急事还有调遣封国内守镇官兵的权力，相当于皇帝在地方上的军政全权代表。朱元璋既要安顿皇家子孙的生活，又要解除他们对皇权的威胁。从诸王的就藩地点来看，基本上是以北方边境为重心，长江以南很少。而在此之前的分封藩地多是围绕着交通要冲、军事要地或者经济中心大做文章。朱元璋这么做，等于是在权力的躯体里做了一次心脏搭桥手术，一旦手术所搭建的桥梁崩塌，就有可能危及帝国的政治生命。如此分封带来了弊端，许多军事要地被藩王们占有，一旦藩王与中央政府闹翻脸，就很容易出现藩王割据的乱世。
比较历代分封制度，朱元璋最中意的还是汉代的分封，使封国与郡县相间，便于监视和掣肘。在他的身边——南京及其周边省份不实行分封，要封就把皇子们封得远一点。朱元璋以北方边境军事防务为中心，沿着长城一线布防分封，让藩王们离皇权远一些，让他们保卫皇权。分封到长江以南地区的藩王很少，这也是朱元璋的创新所在。在《皇明祖训》中有这样一条规定：若朝中权臣擅政，诸王可移文中央，索拿奸臣，并有举兵清君侧的权力。百密一疏，仅此一项，就埋下了祸患。
分封带来的隐患，一些有远见的大臣早就看出来了，只是很少有人敢站出来公开说。著名的文人解缙率直敢言，他“数上封事，所言分封势重，万一不幸，必有厉长、吴濞之虞”。对此批评最厉害是山西平遥那个名叫叶伯巨的七品小吏，上了一道奏章，他说：“我观察当今之事，太过者有三：分封太侈，用刑太繁，求治太速。当今裂土分封，使诸王各有藩国，大概是出于对宋、元孤立，宗室势弱的弊端的考虑。而秦、晋、燕、齐、梁、楚、吴、蜀诸国，无一不连邑数十，城郭宫室仅次于天子之都，拥有充足、强盛的甲兵卫士。我担心几代以后，尾大不掉，然后再削诸王的封地并收回权力，则引起众怨，更有甚者诸王可能会起兵伐主，那时防范就晚了。”
叶伯巨的这份奏章，引得朱元璋大为震怒。叶伯巨就这样被投入刑部监狱，最终没能活着走出来。叶伯巨死了，但他所说的这句话犹如一道催命符咒贴在大明王朝的门楣上，并最终灵验。对此，朱元璋并非茫然无知。他在第一次大封诸子为王时，五皇子朱 曾被封为吴王，因为年纪尚小并没有及时就藩。待年纪稍长，有官员建议将他安置于杭州一带。朱元璋没有同意，理由很简单——“钱塘财赋地，不可。”
从血缘关系来看，朱元璋分封的诸位藩王绝大多数是自己的儿子，属于直系血亲。这和前朝的分封有所区别，有的王朝分封时，会将皇族里隔了好几代的皇亲国戚也列入分封的重点对象。当然朱元璋大封亲生骨肉的目的，是为了让他们保卫边疆，辅助皇室，看好朱元璋的 “家天下”。想法虽好，终究只是朱元璋的一厢情愿。事实证明，他还是给皇太孙朱允炆出了一道政治难题。人就是这么奇怪，口口声声要把权杖上的刺削掉再交到太子朱标手中，不知不觉中，他却亲手打造了一根长满荆棘的权杖。从政治地位上来讲，朱允炆与他的皇叔们是君臣关系；而从血缘关系上来说，诸王又都是他的亲叔叔。很多皇叔的年纪比朱允炆还要小，论起辈分，他们又是朱允炆的长辈。这种辈分上的差距，放在讲究伦理道德的传统社会中就是一种优势。这种优势带来的是一种心理上的变化，直接导致了叔侄君臣关系陷入僵局。
朱元璋将诸子藩王的地位定得很高，只有皇帝与皇太子才能制约他们。这样做既能体现朱家血统的高贵，又能够维护皇帝的最高权威。但他忽略了一点，如果皇帝或皇太子无法驾驭藩王，这些藩王就会成为帝国旷野上的脱缰野马，一骑绝尘。他们本应是朱明“家天下”最为忠心的拥趸，结果却成为胡作非为的家贼，甚至成为威胁皇位的国贼。为了规诫诸王，朱元璋还专门命儒臣搜集、编纂了前代藩王事迹，撰成《昭鉴录》一书，命诸王时刻浏览，以期达到警示的效果。
朱元璋虽然对他制定的这套制度有着不切实际的幻想，但也有着深切的忧患。正因为如此，朱元璋虽然给诸子藩王定的政治地位极高，却不给他们封地（藩王府邸除外），也不让他们治理地方上的百姓与经济，不让他们插手地方的民政，所有地方事务都归由朝廷任命的各级官吏治理。即《明史》上所说：“有明诸藩，分封而不赐土，列爵而不临民，食禄而不治事。”朱元璋不是没想到过藩王做大，发展到与中央抗衡的地步，以至于骨肉相残，他可不想让自家子弟重演历史的悲剧。
很多时候，朱元璋会不由自主地拿燕王朱棣与太子朱标做比较。从任何一方面来讲，燕王似乎更符合他对于接班人的要求。朱元璋并不希望他的皇子们成为文弱书生，书生治国，这完全不在他的想象中。如何教育这些皇子，朱元璋有他自己的一套主张：“譬如一块精金，要找高明工匠打造，有一块美玉，也要有好玉匠才能成器。有好子弟，不求名师，岂不是爱子弟还不如爱金玉吗？好老师做出好榜样，因材施教，培养出人才来。我的孩子们将来是要治理国家的，各功臣子弟也要做官办事。教育他们的办法，最要紧的是正心。心一正，万事都能办好，心不正，各种邪欲都来了，这是最要不得的。要教他们切实的学问，用不着像一般文士那样，只会记诵辞章，没一点好处。”
早在朱元璋登基前，他就已经开始谋划并实施皇子变形记：
“宜习劳，令内侍制麻屦竹藤，凡诸子出城稍远，马行十七，步行十三。”也就是让几个长大成人的皇子穿着麻鞋、裹上缠腿，像士兵那样到城外远足，七成的路骑马，三成的路步行。这对长期生在深宫大院的皇子们来说，虽说劳累点，但还是颇有兴致的。待到年龄再大些，朱元璋索性将他们撵到演武场上，让他们真刀真枪地杀上几个回合。七子即朱标（太子）、朱樉（秦愍王）、朱?（晋恭王）、朱棣（燕王、成祖）、朱橚（周定王，初封吴王）、朱桢（楚昭王）、朱榑（齐恭王）。
朱元璋称帝的第一年，他就在宫中修建了大本堂，作为太子和皇子的学习场所。他还找了一些才华出众的青年，让他们当皇子们的伴读。朱元璋还为诸位皇子安排最好的老师，个个都是学贯古今、满腹经纶的当世大儒。而在这其中，尤以宋濂最为世人所知。他前后十几年，向他们灌输历代兴亡之事，详细说明某事应该怎么做，不应该怎么做。朱元璋曾命令谋臣孔克仁等“授诸子经，功臣子弟已令入学”。新来的外廷功臣子弟，可能会给太子朱标及其他皇子们带来些新鲜的空气。有一次，朱元璋对殿中侍御史郭渊文等人说：“这些孩子的文章写得差不多，只是对太子来说，重在端正他的心术，不要流于浮躁。”在朱元璋看来，学问固然重要，但德行更重要。
皇子们除了接受老师的教育，还要随时接受朱元璋的训诫。一次，朱元璋退朝回宫，看见皇太子和各位皇子都在眼前晃悠，他觉得这是一个对他们进行思想教育的好机会。于是，朱元璋用手指着大本堂前的一片空地，煞有介事道：“这里本来可以修建亭台楼榭，作为休闲场所，只是朕不忍心耗费民财。想当年，商纣王大造琼宫瑶室，招来天下人的怨恨。汉文帝曾想建一座露台，因为心疼一百两银子而作罢，所以换来国泰民安的气象。你们生在皇家，就要心存警戒。”
在皇子们读书学习的大本堂的庭中，悬挂着一幅幅图画，那是朱元璋命画工特意为诸皇子绘制的。画中所画大多为古代孝行故事，还有朱元璋亲身经历的艰难和南征北战的事迹。他对侍臣说：“朕家本业农，祖父皆长者，世承忠厚，积善余庆，以及于朕。今图此者，使后世观之，知王业艰难也。”各位近臣都说：“陛下昭德垂训，莫此为切。”朱元璋又说：“富贵易骄，艰难易忽。久远勿忘。后世子孙生长深宫，惟见富贵，习于奢侈，不知祖宗积累之难。故示之以此。使朝夕览观，庶有所警也。”皇子们宁愿接受老师的批评教育，也不想接受朱元璋的训斥。他们是大明帝国开国皇帝的儿子，这一点自生命之始便已注定。年长如朱标、朱棣等人尚能明白其中含义，可是对于那些孩童来说，他们还很难揣测其中深意。对此，朱元璋心里是清楚的，他曾有一段相对真诚的告白：
朕于诸子常切谕之：一举动戒其轻，一言笑斥其妄，一饮食教之节一服用教之俭。恐其不知民之饥寒也，尝使之少忍饥寒；恐其不知民之勤劳也，尝使之少服劳事。
皇子们不仅学习书本知识，平时一言一行还要合乎封建规范。对于正处于成长期的少年来说，那些老和尚念经似的规范条例，就像是一道道捆绑人的绳索。皇子们留京的日子并不轻松，他们不仅要读懂儒家经典，还要朱元璋给他们编写的教材。朱棣曾经从他的父皇手中接过《昭鉴录》《皇明祖训》两部大书，这都是朱元璋让儒臣们为皇子们量身定制的。书中搜集了古代藩王的一些善恶事迹，以对皇子们进行宗法教育。据说，朱元璋六十八岁生日那年，诸王为庆贺万寿，绞尽脑汁，搜罗天下宝物孝敬皇帝，唯独朱棣别出心裁，他送来几株嘉禾。所谓嘉禾，乃庄稼结穗异常大者，古人视之为祥瑞。朱棣吃透了老朱的心思，这份礼物备得极为走心。以此为礼，既符合朱元璋不喜铺张奢靡的个性，又符合他重农悯农的一贯主张。这份礼物呈上去，“太祖大喜，为诗一章赐之”。可见，朱棣能够得到朱元璋的赏识是有原因的。
洪武三十年（1397年）二月，这是一年里最欢腾、最充满希冀的日子，大地上冰封的一切开始苏醒，暗夜里沉寂的一切开始绽放。被雾雨笼罩的南京欣欣然露出生机，举目皆是浓墨重彩的山水画卷。风无边，水无界，笼罩于“蓝玉案”血雨腥风中的洪武末年，迎来三年一度的科举会试。在这个蓝玉案株连甚众，无数官员落马的非常时期，此次科举的结果，无疑将对朝局产生微妙的影响。
作为一个深谋远虑的政治家，朱元璋自然懂得“恩威并施”的道理。经历了将近三十年的权力清洗，朱元璋已经将“威”字诀施展得淋漓尽致，他需要选择合适的机会“施恩”。在这种情况下，缓和与知识分子间的矛盾、稳固统治成了他的必然选择，而科举是最好的介入方式。开春之后，各州府衙门就开始向南京解送两样东西：一是皇家生活所用的贡品，二是维护皇权统治的人才，即通过乡试选出的贡士。贡品与贡士，这两样东西都是朝廷须臾不可或缺的，当这些来自地方的知识精英一路风尘地走进繁花似锦的皇城，他们内心的荣耀感也陡然上升。
令人难以理解的是，在中国文化史上，第一流的人才往往会折戟科场。很多时候，我们也不会为此而感到惋惜，因为游戏规则决定了这一切。再三再四的科场失意和伴随着一生的仕途落拓，于个人而言，或许是命运的不济；于文化而言，则有可能是一种幸运。
洪武大幕开启后，为解决大乱之后人才凋敝问题，朱元璋除了任用一批元朝的旧官僚外，还要求各地荐举德才兼备的儒生出任官职，并在中央设国子学，地方设府州县学，从学校直接选拔官吏。大明王朝的第一次科举便是在这样的大背景之下产生的。洪武三年（1370年），朝廷宣布科举取士几天之后，朱元璋突然颁布诏令，国学及府县生员对骑射功夫要勤加练习，在面试环节要检验考生的武功。朱元璋的理由是“弧矢之事，专习于武夫，而文士多未解”，自己是靠武夫取天下，所招揽的人才不能只知道死读书、读死书。朱元璋之所以会临时做出“文武并举”这一补充，也是经过深思熟虑后的必然选择。帝国尚未完成统一，蒙元贵族在中原的残余势力还未扫荡干净，社会处于一种混乱无序的状态。科举虽然以选拔文官为目标，但这时候朱元璋对考生的要求远远超出了传统文士的范畴。
第一次科举仓促落幕，虽然朱元璋对由科举得人才抱有很大的希望，甚至下令体制内的文官皆由科举而进，非科举者勿得与官。但当他发现“今有司所取，多后生少年，观其文辞，抑或可用，及试用之，不能措诸行事”时，还是深感失望。
十年之后的第二次科举，朱元璋完全打破了第一次科举的制度框框，拒绝简单恢复与翻版，推出所谓的新科举。最明显的变化在考试内容及考试方式上。考试中的经义、四书义题明确规定必须采用指定的传注来回答。比如《四书》主朱子集注，《易》主程传、朱子本义。《书》主蔡氏传及古注疏，《诗》主朱子集传，《春秋》主左氏、公羊、谷梁三传及胡安国、张洽传，《礼记》主古注疏。四书五经的考试成为科举的实质内容，限定了经书注疏的范围。考生行文时，只是“代圣贤立言”，必须根据古人的思想及规定的有限几家注疏来发挥，不允许有自己异于圣贤的丝毫见解，谁创新谁就过不了关。从考试方式来看，考试题目也由原来的三场五道上升到三场十八道，题量大大增加，对考生文字功夫要求更高。同时取消了面试环节，也就等于废除了对考生在马术、箭术、书法、算术及律法知识方面的特殊要求，使文章写作成为考生日常学习的唯一重点。
每场考试结束后，各房师便立刻开始阅卷、荐卷，通常是第一场经书考试甫一考毕，全部录取名额已被占满，二、三场考试发挥如何已基本不影响最后的结果。洪武十五年（1382年）以后的科举最首要的目标不再是选拔真才实学，也不再鼓励士子们的创造性思维和综合素质的培养。两相对照，如果说洪武年的第一次科举是在选拔多样化人才，那么第二次科举便是在制造单一化人才。
参加会试的举子们经过层层选拔，会试高中后，必须参加皇帝亲自主持的殿试。殿试分为三甲，一甲有三人，赐进士及第，其中第一名即所谓状元。二甲人数多一些，赐进士出身；三甲人数最多，赐同进士出身，也就是相当于进士出身，以此获得进入官场的资格。
殿试的象征意义重于实际意义，并不是你死我活的淘汰赛，只是一次排位赛，将礼部试录取的进士重新分拣赐名。殿试毕竟是在皇帝眼皮子底下考试，事关皇家声誉。正因其重要性，在主考官的选择上，朱元璋煞费苦心，经过反复斟酌，最终圈定了七十八岁高龄的翰林学士刘三吾为主考。主考官本身就是一种常人难以企及的资格和待遇，通常是由朝廷指定有德高望重的文人官僚担任。
主考官往往会与考生之间形成一种天然的利益关系，录取的进士理所当然地尊主考官为座主，自己是门生。在以后的政治生涯中，座主和门生之间自然就形成了一种一荣俱荣、一损俱损的抱团关系。科举本是皇帝招揽人才的手段，可人情却成了座主的私人资源。对于这一点，朱元璋也是心知肚明。他见不得官员之间形成朋党势力，无论是当年的淮西势力，还是江左势力，都被他用铁血手段拆得支离破碎。如果非要产生一位座主，那就非他莫属，直接操控文人选拔，而那些通过科举考试的知识精英只能成为天子门生。既然他这个做皇帝的要当这个主角，那么主考官的角色便有些尴尬。
刘三吾作为元朝旧臣，曾经担任过元朝广西提学，明朝建立后更是多有建树。明王朝的科举制度条例就是由他制订，明初的刑法《大诰》也是由他一手作序，此外他还主编过《寰宇通志》，这是中国人了解当时中国周边国家的百科全书。他与汪睿、朱善三人并称为“三老”，《明史》上更说他“为人慷慨，胸中无城府，自号坦坦翁”，可谓是人品才学俱佳的士林领袖。选择他来当这个主考官，既是朱元璋对他本人的认可，也是对这次科举的期望。
洪武三十年三月初的那个清晨，五十一名考生散散落落地经过东华门，走向他们魂牵梦绕的人生圣殿。他们在经过宫门时，都要接受严格的检查。每个人都要开怀解衣，防止有人夹带用于作弊的书籍或范文之类，甚至身上有类似于文字的刺青也要辨识仔细，不能有半点马虎。检查越严格，越能凸显考试的重要性，就越让这些考生感觉到自己身份的高贵。考场设在奉天殿，奉天殿的廊庑特地挂上了帷幕，又用帘子分隔为五十二间独立空间，里面摆放案桌。监考的官员正襟危坐，宫里的侍从则在一旁为考生端茶送水。殿试是皇帝亲试，除了要亲自命题和亲自决定名次，还要亲临考场。开考前，考生们已到正殿向洪武皇帝行礼，然后再找到自己的座位。当他们在考桌前坐定，开始研墨濡笔，而此时太阳已经慢慢升起来了。
殿试是科举制度这座金字塔的塔尖，每个读书人都有一个进士梦，或者状元梦。他们日夜不辍、蹭蹬不休，一级级地攀登，进入殿试意味着梦想已近在咫尺。殿试就考一篇策论，这一年的策论是一篇材料作文，材料是朱元璋的一番自诉衷肠，历数这些年来自己如何宵衣旰食、殚精竭虑，以及大明开国遇到的种种困难。他要求每个人根据材料，为他出谋划策。策论写作的要点在于找准切入点，不能眉毛胡子一把抓。找准切入点就是要吃透皇帝的心思，投其所好。这些年来，朝廷内外最大的争论集中于朱元璋在治国过程中所使用的严刑峻法，他也想借此机会听一听来自民间的声音。
一切如常，经三月初一殿式，点中陈安邸为状元，尹昌隆为榜眼，刘鹗为探花。金榜题名被认为是人生四大乐事中含金量最高的，一个男人只要实现了金榜题名，那么洞房花烛和他乡故知都会找上门来。殿试名义上皇帝是座主，实际上他不可能每篇文章都亲自过目，看卷子的还是下面的考官。考官看了卷子拿出一个相对公允的名次排序方案，然后再交给皇帝做最后的定夺，以显示皇帝的权威。这样看来，考官的好恶至关重要。如果他不高兴，将考生的排名放在后面，即使文章写得再滴水不漏也进入不了皇帝的视线。对于考生而言，一篇应试文章不仅仅是文字技巧的表现，更是一种政治智慧。
自从接受这一工作以来，刘三吾就没睡过一天安稳觉。当他将考生名单送给朱元璋审查时，在几分得意的背后更多的是诚惶诚恐。几分得意是因为他有发现人才推荐人才的能力，而且在这次招录过程中也问心无愧地做到了这一点。诚惶诚恐则是因为他实在无法把握朱元璋用人的尺度。论文章，这么多年大明官方宣传的强势灌输，使得进入殿试的每个考生都能吃准洪武年间的政治导向，然后展开旁征博引。考生的行文套路更无创造性可言，指定的考试书目，指定的八股行文格式。至于遣词造句，天下书生都知道朱元璋不喜欢奇谈怪论，不喜欢虚饰浮华。即使是颂扬他这个皇帝英明神武千古第一，也不要露出拍马屁拍得过重的痕迹。科举的指挥棒就这样软化了一代士子的脊梁，除去权欲和功名，他们的精神世界也是贫瘠和荒芜的。
白日煌煌，各人头上顶着一方天，谁又知道哪块云头上会有雨。张榜公布了几天，那些得到结果的新科进士正躲在皇城的某个角落里得体地掩饰着内心早已喷薄而出的幸福感，他们甚至会表现出一种黄花闺女待嫁的羞怯之态。也就在这时，大批落榜考生闹哄哄地鸣冤告状，礼部的大门也差点被他们砸得稀巴烂。南京街头，更有数十名考生沿路喊冤，拦住官员轿子当街告状。也只短短几日，整个南京城沸反盈天，一派大呼小叫的闹腾气象。就连街头摆摊的、杂耍的都知道，是那些读书人干的好事。他们认为自己是这场考试的受害者，科场有人舞弊，他们愤怒了。
“科场舞弊”政治丑闻产生轰动的社会效应，会很容易给那些街头的好事者带来一场倾情参与的狂欢，更何况是在政治敏锐指数最高的皇城。那些平日里看上去温文尔雅的书生，就像是饮下被施了魔法的药水，一夜之间失了心性，变得百无禁忌、原形毕露。南京城的街头巷尾发出同一个疑问：既然皇帝亲临殿试现场，为什么还会闹出此等风波？
喊冤者的理由很简单，也很直接。他们寒窗苦读是为了能够追逐心中那份缥缈的人生理想，谁知道勤奋如斯的他们不是败在才不如人，而是因为自己生错了地方，生在了广袤贫瘠的北方大地。这句话点醒了那些不明就里的人，他们盯着榜文看了又看，这才发现，会试中榜的五十二名贡生，清一色来自南方各省，竟然没有一名北方人。难道这一切仅仅是因为巧合？可又说不过去。
礼部官员请来锦衣卫弹压，可即便是手握绣春刀的锦衣卫面对群情激奋的大批士子也只能束手无策。一夜之间，南京城里各式传言和匿名传单塞满了大街小巷，有说主考官收了考生的钱，有说主考官是南方人，有地域歧视。每一种说法听上去都有些道理，说者往往会在话尾加一串后缀词来夯实消息的来源。落第举子成群结队，从贡院来到主管科考的礼部，要求与考官当面对质。
消息传来，朝堂上下也是一片哗然，先后有十多名监察御史上书，要求朱元璋彻查此事。就连皇帝身边的侍读张信，也怀疑此次考试有问题。所有人的议论止于议论，唯独皇帝参与的议论是要人命的。朱元璋大为恼火，贪污腐败和营私舞弊本就是他这一生最痛恨的两大关键词。当初之所以选择刘三吾，就是因为看中对方是一个政治素质和业务素质都很过硬的老翰林。痛心之余，朱元璋要求刘三吾必须给自己一个合理的解释。
刘三吾给出的说法是，北方一直处于元政府的直接统治之下，那里老百姓生活水平较低，与经济繁荣、文化昌盛的南方相比，举子的文化素养也存在着很大的差异，这才会促成一榜尽是南方人的局面。其实刘三吾所分析的这个事，并不是洪武三十年才发生的。从洪武三年（1370年）明王朝第一次科举考试开始，南方考生的成绩，就一直在北方考生之上。“南北榜”案之前的明朝六次殿试，状元是清一色的南方人。而从录取比例上看，也存在着南方中榜者逐渐增多、北方中榜者日益减少的趋势。也就是说“南强北弱”的格局不但早就存在，而且这种现象是体制内官员早已心知肚明的事。
如果追溯根源，这种现象起于唐朝安史之乱，到南宋时期进一步扩大。古代官场向来有“南相北将”之说，但在宋朝，却完全不是那么回事。北宋的科举，素来“重北轻南”，北宋真宗以前，所有的宰相都是北方人，开国皇帝赵匡胤就曾在宰相堂手书“南人不得坐此堂”。宋真宗后，南方考生得中者渐多，宋朝的文化名士，如“三苏”等人也多来自南方，到司马光为相时，又曾设置“分路取士”法，压制南方考生的录取名额。到元朝时期，虽然恢复科举，但色目人和蒙古人得到优待，汉人遭到排挤，而那些被打压的考生，又多为南方人。北宋灭亡后，大批的北方知识精英南逃，使南方文化开始了长足发展。南宋灭亡后，元王朝一度废除了科举制，虽然在后期重开科举，但汉人的录取比例极少，而科举出身的官员在体制内的地位也微不足道。
长江以北的中原地区在历经了金朝、元朝几百年的统治后，经济和文化已大大落后于南方。在元王朝的科举中，那些中榜的汉人大多来自安徽与江南地区。朱元璋起兵平天下的年代里，他所仰仗的人物更是来自浙江的“浙东四才子”——吴征、刘基、章溢、宋濂。早期创业的朱元璋正是因为笼络到了大量的江南文化界名人，才得以迅速壮大实力。谋士朱升、李善长等人都是来自安徽与江南等地的杰出人才。
刘三吾说的这个事，并不是洪武三十年之怪现状。明王朝的教育体制在朱元璋打天下时就已经确立，各地的府学、州学、县学，最早都设立于朱元璋早期的占领地，如安徽、江苏，以及江南的大部分地区。北方大规模重设学府、普及教育，多是洪武元年（1368年）之后，无论是师资水平还是开展程度比起南方都相去甚远。当然北方并不是没有人才，山东、山西两省一直是教育大省。
结束了打天下阶段与文人的蜜月期，坐了天下的朱元璋开始大张旗鼓地推行文化专制。刀锋所向，那些贴身靠前、手无缚鸡之力的南方文人只能选择向现实妥协，甚至向自己曾经极力追随的君主交出他们那颗充满人生智慧的脑袋。在血淋淋的现实面前，北方士子只能远远地对朱明政权持一种观望态度。
洪武年间所推行的教育体制和考试制度，非但没有弥合这个差距，反而越拉越大。朱元璋发起的几次文字狱，遇害者大多是北方士人。许多名士宁愿选择归隐山林，也不愿入世为新政权服务。如此境况，必然导致教育的全面溃退，落后于南方也并不意外。洪武年间，南方士子可谓扬眉吐气，在历次科举中占有绝对优势。北方学子除了争夺科举中极少的名额外，只能通过监生、举荐等非科举方式入仕。即使能够有幸走进体制，在官场中也多受南方文官势力的排挤与压制。直到“南北榜”事件的爆发，人们才将目光投向北方士子。
只要是个官员，无论职位大小，手里掌握一点资源，他们就能玩得风生水起，所谓“串通作弊”不过是明火执仗的潜规则。对于朱元璋来说，重要的不是科场到底有没有作弊，而是掀起这场风暴可以让自己达到什么目的。他也知道，刘三吾是一个刚正不阿之人，绝不会徇私枉法。他也相信刘三吾对考生成绩的判断，但是为了平息北方士子的愤怒情绪，他还是要求刘三吾从北方举子中挑选几个来一并上榜。中国古代文官有一种脾性叫“犟”，也就是坚持原则。他们宁愿让皇帝老子不痛快，也要坚守自己的价值观，刘三吾就是这种人。他认为自己的评判是公正无私的，毫无错处，凭什么要更改成绩。
刘三吾拒绝道：“自己是为国家选拔人才，只能用卷面文章的好坏作为标准，不能以南方人、北方人作为依据。”刘三吾的一番话，使得朱元璋无从应答。沉默了很长时间，他才道：“既然爱卿是为国家选拔人才，不如在北方举人中选拔几个，以安定人心。”
刘三吾是一个特别耿直之人，说什么也不妥协。不换思想，那就换位置。刘三吾被就这样被朱元璋赶出京城，副主考白信蹈等人被停职。让人难以理解的是，既然朝廷上下都知道南北考生存在差异这一事实，却为何纵容各路朝臣在事件中相互指摘、推波助澜？
随后，朱元璋正式下诏，就科举作弊一事，专门成立了十二人的调查小组，这其中有曾经怀疑此次科举舞弊的张信等人，也有以学问著称的严叔载、董贯，还有以忠直敢言闻名的周衡、黄章等人。成员的选择上，可谓公平公正公开。有皇帝替自己撑腰，北方举子在礼部衙门前山呼万岁，表达对朱元璋的感激之情。张信领授了皇帝的旨意，组织一些人重新阅卷，二十余日与阅卷诸人关在贡院，不得回家，不得与任何人接触。一时间，会试复审成为京城人人关心的头等大事。聚光灯下，调查小组虽然忘我投入地复核，却迟迟拿不出一个结论。四月十三日，朱元璋实在没有耐心再这么耗下去，他亲临奉天殿，要求听取复试结果。这就像是一台大戏，闹场的锣鼓和龙套也已做足了铺垫，接下来轮到主角们登场。那些六部九卿官员与原主考人也一个个来到奉天殿，他们的脸上写着让人难以捉摸的神情。或许是因为紧张，有的人的衣衫已经湿透了。
张信当众评点几位北方举子的试卷，认为很有可取之处。他突然话语一转，将南方卷与北方卷相比，承认北方卷确实不如南方卷，一榜尽是南人也在情理之中。也就是说，刘三吾等人的阅卷没有问题，以考生水平判断，所录取五十二人皆是凭其才学录取。张信给出的结论出乎所有人的意料，也让朱元璋进退两难。在一个不公道的世界里，个别人的公道不仅没有任何意义，而且还有可能赔上自己的前程和身家性命。可是在朱元璋的王国里，公道与不公道取决于圣意，这些官员这么多年还没搞明白这件事，这让他很失望。
结论出来，再次引起各界哗然。落榜的北方学子们不愿意接受这样一种调查结果，同时这也给了那些北方官员反攻倒算的机会。在整个事件中，连篇弹劾考官的御史大多来自北方，而告发张信与刘三吾串通舞弊的，正是河南籍御史杨道。如此情形，就连后来修《国榷》的谈迁也感慨：“众议汹汹，非为公怒，乃为私怨也。”北方籍的官员们要求再次选派得力官员，对考卷进行重新复核，并严查所有涉案官员。
朱元璋怒火攻心，指责官员官官相护，互相包庇。他认为张信受刘三吾的指使，有意将水平不高的北方试卷送交他审阅，这是犯了欺君之罪。朱元璋的疑心病又犯了，他要亲自评卷，前面张榜出来的结果一概无效。虽然刘、张二人给出的理由并无任何破绽，朱元璋心里也认可，法律上更是无懈可击，可一旦上升到讲政治的高度，统统可以忽略不计。
这一年五月，震怒下的朱元璋做出了一个更为极端的决定，他突然下诏，指斥本次科举的主考刘三吾和副主考纪善、白信等人为“蓝玉余党”，尤其是抓住了刘三吾十多年前曾上书为胡惟庸鸣冤的陈年旧账，认定刘三吾为“反贼”。刑部大牢的一番严刑逼供，并没有获得半点有价值的口供，这让朱元璋更加恼羞成怒。结果涉案官员全部遭到严惩，刘三吾被发配西北。七十八岁高龄的老人就这样成了恶制度的替罪羊，走进风沙漫天的西北。曾质疑刘三吾的张信更为悲惨，因他被告发说曾得到刘三吾授意，落了个凌迟处死的下场。直到被酷刑折磨至死的那一刻，他也无法走出内心冰冷如刀的困惑。悲惨之状，就连苍天也为之变色。其余诸人也先后被发配流放，只有戴彝、尹昌隆二人免罪。此二人得免的原因，是他们在复核试卷后，开列出的中榜名单上有北方士子。法律既不能保全无辜的大臣，也不能完全伸张世间的道义。
六月份，朱元璋亲自复核试卷，开出了一个更令人瞠目结舌的录取名单：五十二名中榜贡士，竟然清一色是北方人，无一名南方人。这真是一个令人疯狂的世界，而权力又是一件任性的法器，两相结合，一切意外都在情理之中。朱元璋将这件事与蓝玉案扯上关系，自然有他的想法。蓝玉常年镇守北方，案件爆发后，因他而遭株连的官员也大多是北方人，其中科举出身的北方官员甚多。血雨腥风下，那些吓破了胆的读书人甚至视做官为畏途，纷纷逃避科举考试。其实在这次科举考试之前，朱元璋就已经从礼部的奏报中获知：“今北方士子，应试者减半也。”
在朱元璋看来，做臣子的大义邀誉可以只对自己所认为的天地良心负责，除此无他。但是身为开国之君的他也只能选择对自己的家天下负责，除此也无他。这就是所谓的屁股决定脑袋，坐在什么位置干什么事。无论是最早作为主考的刘三吾，还是曾质疑刘三吾、后来又受命复核试卷的张信，他们都是心无杂念的纯粹的知识分子，坚持以才学取士。南北考生水平上的差距，外带二人的公正，就造成了这样一个匪夷所思的事件。
满朝哗然之后，朱元璋自然不能承认南北考生水平差距的事实，这样等于开罪于北方士子，南北榜的出台，也就成了最好的折中办法，诸位公正的考官，只好无奈地做了替罪羔羊。朱元璋就这样用“搞平衡”的办法处理了这起震撼士子之心的科举大案，随着事件的不断发酵，明朝的科举制度也随之做出重大调整。从此明朝的科举录取，不再是“全国统一划线”，相反分成了“南北榜”，即南北方的学子，按照其所处的地域进行排名，分别录取出上榜之后，再统一参加殿式。
洪武二十八年（1395年）秋天，在南京紫禁城宫殿的深处，朱元璋第一次觉得自己老了。而这一年，他六十七岁。
从后来的举动推测，朱元璋突然失去了从前的底气，他不再一往无前，凡事瞻前顾后。他变得愈发固执，变得更加复杂，让人难以琢磨和理解。不久前，他先是把《皇明祖训》的修订本分给官员们。一个月后，他又把最后的决定本分发给诸皇子。既然是祖训，话说得直白且犀利。这些话并不只是说给皇太孙朱允炆、四皇子朱棣以及当时的子孙听的，而是一种面对未来的叮嘱。它是说给十年、二十年、一百年、两百年后的朱家子孙听的，也像是说给六百多年后的我们听的。
细细品味，我们能够感觉到这个“执政者”的焦躁不安，其中的表述暗含着对未来的深深忧虑。我们可以把他看作朱元璋的遗嘱——具有制度名义的遗嘱。他奋斗一生的结果、他所有想说的话，都镌刻在其中。他说：“凡我子孙，欲承朕命，无作聪明，乱我已成之法，一字不可改易，非但不负朕垂法之意，而天地祖宗亦将孚佑于无穷矣。呜呼，其警戒之哉。”在《皇明祖训》中，朱元璋特别强调，它包含的法律乃国家万世不变之大法，子子孙孙世代相守，勿疑勿失。这是“国法”，同时也是“家法”，子子孙孙必须遵守，不得“轻佻，乱我家法”，不得擅改。他还宣称，凡遵守开国者训示的，天、地和祖宗神明都将降福于他。
人老了，会对时间产生一种无力感。即使山呼海啸的勇敢者，也无法超越时间。此时，朱元璋要把自己在动乱时代中的经验留下来，让后人知道。如果不借助制度的威严，他所做的一切都将烟消云散。
开国前，朱元璋因为子嗣尚幼，收养了诸多养子，并赐以“朱”姓结成亲缘关系。他将养子培养成为自己的左膀右臂，并以“养子监军”的模式控制将领，掌握军事大权。通过义子构成亲缘关系，组成宗法意义上的大家庭来更好地控制军队，这对朱元璋来说也算是特殊时期的家庭构成。
开国后，皇子们日渐长大，出于宗法和国家秩序上的考虑，朱元璋还姓于养子，开始推行以父系血缘为核心的分封制。在朱元璋的家庭观念里，亲缘关系也是家庭关系的一种，但始终没有血缘关系重要。朱元璋钦定《皇明祖训》为祖宗家法，并强调“一字不可改易”，其中记载了分封诸王的相关规则，规定了藩王的权利和义务。他最初设计分封制的意图很明显，借此保证朱氏天下不被外姓侵夺，皇室成员代代安稳。
同大多数创业型王朝类似，大明王朝在它的草创时代，高层架构是一个相对开放的状态，以此吸纳天下英才，应对外部挑战。待到江山坐定，权力固化，原本开放的结构开始走向封闭，变成朱元璋及其子孙的家国游戏。
而藩王的权力分配与开国前朱元璋用义子镇守地方、监视将领的做法如出一辙。藩王代表皇室驻扎地方，享受权利，也受到制约。早在至正二十六年（1366年）年底，朱元璋命令外甥李文忠复姓“文忠上甥也，自幼育之，赐以国姓，至是命复姓李氏”。此时开国在即，朱元璋已经在考虑义子在之后国家制度中的定位。随后他让其他义子一个个都恢复本来姓氏，“上即皇帝位，命（沐）英复姓。曰：不可使其本宗乏嗣也”。朱元璋还姓于养子既出于宗法考虑，也有政治因素。一个王朝立国之初，当先正纪纲，正所谓“礼法立则人志定，上下安”，推行礼法制度，重塑君臣秩序是当务之急。
义子关系既不是原生的血缘关系，也不是君臣关系，不管从国家层面还是君主个人家庭来看，义子的存在都是不符合礼数的。诸义子只有恢复自己的本姓，身份发生转变才能构成合乎礼法的君臣关系。义子们追随朱元璋建功立业，如果再以“朱”姓分封为王，就意味着在宗法层面承认义子和亲子一样享有权利，义子们还有军功在身，一旦有异心就很容易威胁王朝统治。朱元璋生性多疑，他对部下、义子不全然信任，战争时期让双方互相监视，和平时期则利用藩王控制地方。
根据《皇明祖训》，朱元璋给每一个藩王封地提供两支军队，即守镇兵和护卫兵。藩王统率护卫兵，而守镇兵有自己正式的指挥官，通常由皇帝从京师派下来。藩王对守镇兵没有直接统率权，守镇兵的指挥官要及时向朝廷上报该藩王给他发出的任何指令。如此设计，是为了防止朝廷的军官或其他任何人篡夺权力。诚如朱元璋在《皇明祖训》中所叙述的那样：一旦朝廷内有不轨之大臣，宫内有奸幸……天子即可秘密命令亲王率领守镇兵给予严惩。在朱元璋的分封体系中，藩王们享受着极大的权力，同时对境内文武官员起到节制的作用。
根据《皇明祖训》，如果朝廷要调动某王的守镇兵，必须以盖有御玺的一封公文送达藩王，同时以完全相同的另一公文送达守镇兵的指挥官。只有指挥官同时收到皇帝的旨意和藩王的命令，他才能发兵。没有藩王的命令，仅有皇帝的信函便没有出兵的权力。在《明太祖实录》1392年10月16日条目记的一道敕令中，我们可以体会到朱元璋的良苦用心。这道敕令是发给右军都督府的，其中说道：
盖王府置护卫，又设都司，正为彼此防闲。都司乃朝廷方面，凡奉敕调兵，不启王知，不得辄行；有王令旨，而无朝命，亦不许擅发；有如密旨不令王知，亦须详审复奏而行，此国家体统如此。
许多藩王利用自己的护卫兵作为私人武装，而扩充私人武装并没有得到皇帝的授权。比如，秦王朱樉活着的时候，名义上只有亲兵五百人，甚至未被授予真正的护卫兵组织。他只好从都指挥司扩充亲兵队伍，而都指挥司的设立正是为了抑制藩王的护卫兵部队的力量。秦王朱樉、晋王朱㭎和燕王朱棣多次使用他们的护卫兵在边境前线练兵，而让守镇兵护卫他们的封地。朱棣屡次兴兵塞外，每一次兴兵都是一次扩张军事力量的机会。随着不断扩充，他逐渐成长为北方最重要的实力派。这也正如《剑桥中国明代史》所说：“在往后的数十年中，燕王守卫他的藩封时，他经常指挥对蒙古人的战斗，在老将们的辅弼之下很会打仗。他的功绩赢得了他父亲的好评，但也引起了后者的烦恼，因为他越来越变得心志不凡、目中无人和闹独立性。”
洪武十三年（1380年），当二十一岁的朱棣带着徐达的爱女，即四年前被册封的燕王妃，纵马出了灯火阑珊的南京城，一路向北，跨过当年壮士一去不复返的易水，抵达遥远的北平就任燕王时，他已是一名银盔银甲、久经战阵的青年英雄。朱棣就藩北平的头几年，北边的军务一直是徐达主持的。徐达是明王朝排名第一的开国功臣，德高望重。他又是朱棣的岳父，翁婿之间的配合，自然和谐无间。洪武十八年（1385年），徐达病亡。这也就意味着，从此以后对于北边的军务之事，朱棣要承担起更大的责任。
北平地处明帝国、蒙古、朝鲜等多种势力的交接地带，这里虎踞龙盘，犹如一团复杂敏感的经络，稍不留意就会引起连锁反应。代替徐达主持北边军务的是大将军冯胜，冯胜被朱元璋赐死之后，接替冯胜的是蓝玉。幸亏他们都被朱元璋先后杀掉，不然的话，他们的存在对朱棣后来的事业发展是个很大的障碍。从某种意义上，朱元璋诛杀功臣宿将，不光替朱允炆“拔刺”，也在替朱棣扫清前进路上的障碍。
燕王的二哥秦王朱樉就藩之后，飞扬跋扈、恣意妄为，经常触犯法律，甚至闹到要举兵谋反。朱元璋把他召回京师，准备将其废黜。亏得皇太子朱标从中化解，才让他逃过一劫。诚如《明史》所言：“太子为人友爱。秦、周诸王数有过，辄调护之，得返国。有告晋王异谋者，太子为涕泣请，帝乃感悟。”
朱棣比谁都了解他的父皇，有人说他最像他的父皇，就连朱元璋也承认诸皇子中，四皇子朱棣最像他。若是如此，朱棣只需要按照自己的想法来，就能契合朱元璋的心意。朱元璋的骨子里有着超乎常人的敏感和偏执，对人始终抱有警惕之心，凡事持怀疑态度。他的这种恐惧感和不安心理，只要受到外部世界的小小刺激，就会引发极大的振荡。朱棣需要谨慎行事，既要当一个胜任的藩王，也要讨朱元璋的欢心。据说，朱棣就藩北平后，除了精心料理藩府诸事外，还四处巡视，了解山川形势、体察民生疾苦。他有时路过农家，就到农民家中叙谈，了解他们的生产和生活情况。他当了皇帝后还不时向臣子说到这些事：“朕在藩邸时，数因田猎过田家。见所食甚粗粝，知其所苦，每亲劳问之，无不敢悦……”
朱棣这么做，除了尽到一个藩王的职责，也有讨好朱元璋的意思在里面。众所周知，朱元璋是游民出身，早年的卑微出身，让他深深体会到一个小民要想在这块土地上扎下根所要付出的痛苦与艰辛。当皇帝之后，朱元璋不止一次地在官员面前说：“朕为天下主，凡吾民有不得其所者，皆朕之责。”他是天下之主，凡是老百姓吃不上饭、住不上房，都是他这个做皇帝的责任。
长期挣扎活命于社会最底层，造就了朱元璋执政时期的两大特色：一是对农民疾苦的无比同情，二是对豪民和暴吏的刻骨仇恨。他将“安民为本”作为施政的中心要务。每遇灾荒之年，他就像是一个靠天吃饭的农民那样变得焦躁难安。相比较而言，他可以说是历史上对灾荒认识最为深刻的一位君主。朱元璋将民心视为天命所在，将民心视为长治久安的根本。那些短命王朝为什么会那么快就走到灭亡的境地，还是因为失去民心。正因为如此，他才说“天命去留，人心向背，皆决于此，甚可畏也”。
朱棣心里清楚，他必须极力赢得父皇的赏识和信任。生在君王之家，父子也好，兄弟也罢，都难以抵挡政治风暴的侵袭。朱元璋的一句话可以将他废掉，也可以一句话让他高升。而他的其他兄弟好像并没有识破这一点，有的沉溺于酒色，有的舞枪弄棒，干一些杀人犯法的勾当；有的吟诗作赋，有的炼丹嗑药，燕王朱棣的十弟鲁王吃丹药毒瞎了眼睛。他死后，朱元璋给他的谥号为“荒”。秦王朱樉是在1395年去世，朱元璋在颁赐的谥册中说：“哀痛者，父子之情；追谥者，天下之公。朕封建诸子，以尔年长，首封于秦，期永绥禄位，以籓屏帝室。夫何不良于德，竟殒厥身，其谥曰愍。”这样的话听来，显然不是赞美之词。朱元璋颁赐给秦王朱樉的谥号“愍”，本身就有忧患、痛心之意。秦王朱樉去世后，他的世子朱尚炳继承秦王位，但父子二人的经验和才能相差甚远。
燕王朱棣与三哥晋王朱㭎素有恩怨，大有水火不容之势。《奉天靖难记》中有载：“太子（朱标）与晋王深相结交，构媒孽。晋王又厚结近戚，以为已声誉，日夜搜求上国中细故，专欲倾上，然卒无所得。”朱㭎与朱标同母，自然与朱标、朱允炆父子走得近；朱棣与周王朱 同母，他们的关系相对亲近。皇太孙朱允炆此时尚年幼，身为亲叔叔的晋王朱㭎必然会对野心勃勃的朱棣怀有戒心。永乐史官修《奉天靖难记》中大肆诬蔑朱标与朱㭎共同倾陷朱棣，且明显偏袒周王朱橚。由此判断，朱㭎在世时与朱棣、朱 关系并不和谐。朱㭎身为朱元璋的第三子，在长子朱标已亡、二子秦王朱樉任性而为的情况下，得到朱元璋的器重也在情理之中。但这并不代表朱棣放弃了对晋王的敌意，毕竟两者分属不同阵营。
《明太祖实录》中借朱元璋之口婉转地抬高朱棣，贬低朱㭎。洪武二十三年（1390年），元旦刚刚过去，朱元璋就命燕王朱棣率兵征讨元丞相咬住和平章乃儿不花。当时有情报说，他们正准备拥众南下。和朱棣同时接到敕令的还有晋王朱㭎，朱元璋命燕王和晋王分别由北平和太原出师，合击元势力。朱棣率领军队冒雪前进，以干粮果腹，在大漠里搜索前行。行至傍晚，抵达迤都（今内蒙古苏尼特左旗以北），乃儿不花竟然毫无觉察。朱棣并没有发起进攻，而是派一个名叫观童的人前往劝降。观童原是元的全国公，后投降了明廷，授官指挥。乃儿不花见到观童抱头痛哭，互述离别之情。在观童的劝说之下，乃儿不花见大势已去，只好带着部落族人和马驼牛羊归附。这一仗，燕王俘获“乃儿不花及其名王酋长男女数万口，羊马无算，槖驼数千”。燕王大获全胜的捷报从前方传来，朱元璋闻讯大喜，当着群臣的面炫耀：“清沙漠者，燕王也。朕无北顾之忧矣。”他为此还专门派人送去宝钞一百万锭，让燕王赏赐有功的将士。据说，晋王朱㭎在出征前，也同样拿到了一百万锭。因为他是哥哥，朱元璋对他寄予厚望，提前将这一百万锭赏钞运到他的大营，作为赏赐将士之用。令人遗憾的是，晋王居然寸功未立。
在此次行动中，晋王朱㭎表现得极为糟糕。朱㭎因为不适应草原寒冷及饮食，怒及厨子，以雪势茫茫如凿冰捞月，驻军不前，无功而返。而这时候，燕王大捷的消息传来，这怎能不让晋王感到惭愧。《明实录》中说：“晋王素怯，兵既行，不敢远出。”燕王的军队等了他好久，他却迟迟不来会师，燕王只好单独出击。朱元璋对朱㭎的不满集中在两件事上：一是朱棣率军深入蒙古漠北之地，扫清沙漠，朱㭎却无功而返；二是朱㭎不爱惜军士，有筑城劳军之举。一边是朱棣智勇双全地降服诸虏，一边是晋王出塞不见虏而还。这样的记载不乏对燕王的溢美，晋王朱㭎则被衬托得胆小无能。
持这种说法的人并不在少数。
考之《太祖皇帝钦录》，或有另外一番历史事实呈现。在这份史录中保存着朱元璋颁给晋王朱㭎的一道谕旨：“洪武二十三年二月十日，山西原调出征马步官军，若不曾启程，休起。如今乃儿不花处走将人来说，去的远了。既远了，不必去赶。既目东宫出来，点视城池。应有官军，都在附近平野处迎接，要马多势大。”同一天，朱元璋还传达了另一道口谕：“说与晋王知道：将山西二都司、河南都司、留守都司马军，于天城、白登屯营驻扎，亲自往来提调……每常马军回时，往来走乏了马，今就后在天城、白登牧养。每遇调遣时，好生便益。”读到这里，让人心底疑云翻腾。既然朱元璋没要求晋王朱㭎出塞，又何来朱㭎“不及而还”？关于其他诸王的个性和才能已无可信材料，因为在靖难之役后，他们将会成为证明燕王夺权的理由。
按照《太祖皇帝钦录》与《明太祖实录》的说法，朱元璋于南京降旨斥责朱㭎之事发生在三月甲戌即三月的最后一天（四月乙亥朔），圣旨送达的日子应该是四月初十。也就是说，直到四月初十这一天，晋王朱㭎才接到朱元璋令其筑城的命令，两个月以后，朱元璋因为天象终止了朱㭎筑城的命令。无论筑城还是不要筑城，这都是朱元璋的个人决定，朱㭎仅奉成命而已。因此，做出这样一个推断，或许不算冒昧：朱元璋绝不可能说出那样的话来责备朱㭎。在《太宗皇帝钦录》还有一个记载：洪武二十七年（1394年），晋王朱㭎与燕王朱棣因为争夺一块果园发生摩擦，吃亏告状的是朱棣。朱㭎手下军士跋扈惯了，这一次竟然把燕王已占的果园强行据为己有。奴才随主子，若是没有朱㭎的授意，这些养羊千户、百户绝对不敢冒犯燕王朱棣。这本是小事一桩，朱棣却将此等小事报告给朱元璋，可见他内心不满已久。
从史料来看，朱元璋并没有纵容朱㭎，对他的训教无处不在。大到筑城修墙，小到养羊放马。每次朱㭎疏失犯错，朱元璋都会毫不留情地批评。有一次，朱㭎因治理封国不力，被都察院左副都御史袁泰弹劾。朱元璋非但没有袒护，还借此事对他进行教育：“尔往日军士不操，甲仗不整，孽生马不精。如尔兄秦，终岁玩夫人，为妇人所迷。护卫军人等，乱宫无数。”还有一次，晋王朱㭎领军塞上作战，孤军深入。朱元璋批评他鲁莽冒进，容易中敌人的埋伏。朱㭎身上带有明初藩王狂妄自大、飞扬跋扈的性格特质，但这些特质与后来朱棣 “杀人弄兵”的行为完全是两码事，比起秦、周、齐、潭、鲁、代、靖江诸王，朱㭎的德行属于比较好的。
蓝玉谋反案发，很多与蓝玉关系密切的公侯指挥都是由朱㭎直接诛杀或抓捕的。不仅如此，朱㭎还诛杀了很多蓝党公侯的家人、火者以及成丁男子，并接收了他们的妻妾子女、财产牲畜。蓝玉案之前，诸王于边务更多的责任是监督管理，行军打仗主要是公侯们的事。蓝玉案之后，朱元璋才真正落实了以秦王、晋王、燕王为首的诸王守边制度。
洪武三十一年（1398年）三月，晋王朱㭎去世，朱济熺以世子继承王位。据说，刚刚袭封晋王爵位的朱济熺，却在这时收到来自祖父朱元璋的一份密谕。令人不解的是这封密谕讲了一段历史故事，并无其他。
当日又赍到圣谕：“五代初梁遣将康怀贞侵晋，围潞洲。及晋王李克用卒，子存勖立与诸将谋曰：‘上党，河东之藩蔽。无上党是无河东也。且朱温所惮者，先王耳。闻吾新立，以为童子未闲军旅，必有骄怠之心。若简精兵倍道趣之，出其不意破之必矣。取威定霸，在此一举，不可失也。’…梁王闻夹寨不守大惊。既而叹曰：‘生子当如李亚子，克用为不亡矣。至如吾儿，豚犬耳。’”
这封密谕收录于《太祖皇帝钦录》，讲的是后唐庄宗李存勖的故事。李存勖乃唐末名将李克用之子，李克用曾被封为晋王。李存勖继承晋王爵位，大败后梁军队，重创朱温。面对强大的对手，朱温不无感慨：“生子当如李亚子（李存勖）”。朱元璋在这里说出这个典故，应该意有所指。李存勖继承的也是晋王爵位，而李存勖的叔父李克宁也曾试图夺位，结果被李存勖诛杀。
朱元璋在这里是把朱济熺比作李存勖，还是把朱棣比作朱温或李克宁，我们不得而知。可以肯定的是，朱元璋还是希望朱济熺在北方边境，能够像他的父亲晋王朱㭎那样，既能拒敌于千里，又能制衡燕王朱棣。从后来的情势观察，朱棣似乎知晓有这样一封密谕。朱棣登上皇位，还是以莫须有的罪名废掉了朱济熺的爵位。倒霉的朱济熺不仅失去藩王的权位，还不幸沦为弟弟朱济熿的阶下囚。如果没有朱棣的纵容，朱济熿恐怕很难扳倒朱济熺。朱棣对朱㭎的怨恨延续到朱济熺的身上。朱棣打压晋王一系，或出于忌惮，或出于报复。而朱济熿抓住四叔朱棣与晋王一系的恩怨，甘愿成为朱棣打压晋王一系的马前卒。朱棣想要削弱晋王的势力，也需要一个晋王府的内应。此为后话，按下不表。
随着秦王朱樉、晋王朱㭎的相继离世，其他藩王无法和在北方称雄的朱棣分庭抗礼。朱棣就藩之地在北平，这是一块形胜之地。金和元两朝都曾在这里建都，旧时宫殿尚存。燕王府邸就是元朝旧宫，虽然略显破旧，但依然保持着昔日帝王的规制，这是其他藩王无法比拟的。当然最重要不是宫殿，而是北平得天独厚的地理位置。据说，朱元璋在1398年4月20日给朱棣发出一道诏旨，他告诫朱棣不要被蒙古人的战争烽火所迷惑，要他与辽、代、谷诸王（分别以广宁、大同、大宁和宣府为基地）一起，协同守备，形成首尾相救的环形防御。
几天后，朱元璋再次给朱棣发去敕令：“秦王朱樉、晋王朱㭎离世后，你已成为诸皇子中最年长，也是最有经验和能力的人。希望你能够担负起指挥北方军事之责，并守卫帝国。”朱元璋此时已身染重病，苦心经营的大明王朝经历了三十一个年头。他在这里有交代后事的意思。他写道：“攘外安内，非汝而谁？”如此评价，不可谓不高。
不过也有史家认为，朱元璋重病期间发出的两封敕文都有朱棣修改的嫌疑。也就是说，朱元璋并没有给朱棣留下什么遗书，也没有授权他来节制北方军务。一切都是朱棣上台后伪装出的历史现场。他们推断的依据是《明太祖实录》中朱元璋在五月戊午日发出去的两份敕文，一份给武定侯郭英，另一份给都督杨文。这两个人都是朱元璋最为信任的亲信，尤其郭英。郭英是洪武年间朱元璋分封的五十四侯之一，他能够从朱元璋清洗功臣的屠刀下幸存下来，可见信任程度。要知道，活下来的侯爷只有两个人，除了他，还有长兴侯耿炳文。
郭英在他十八岁那年和哥哥郭兴一起投奔了朱元璋，很快便博得朱元璋赏识，入值警卫宿帐。朱元璋亲切地称他为“郭四”。郭英曾跟随徐达等人，扫荡张士诚的苏北根据地。大明开国后，他又跟徐达、常遇春等人进行北伐，立下赫赫战功，晋升为河南都指挥使，郭英后来又跟随傅友德远征云南。洪武十七年（1384年）郭英被封为武定侯，食禄二千五百石。后又协助大将军冯胜出击关外元残余军队，再次被朱元璋晋升为征虏右副将军；蓝玉追击北元军，郭英也参与了战斗。郭英有个妹妹郭宁妃是朱元璋很喜欢的一个妃子。据说，郭英赴任河南都指挥使时，朱元璋让郭宁妃从皇宫中取出二十锭黄金和二十匹好马赏赐给郭英。虽然和郭英一起征讨四方的将领都没能逃脱被诛杀的命运，但郭英却活了下来。朱元璋甚至将他放在自己身边，统领京师卫戍部队，专门负责皇帝的安全保卫工作。
洪武三十一年，老将耿炳文出任征西将军，郭英为征西副将军，平定高福兴叛乱。郭英胜利回京后不久，就遭到了御史们的弹劾，说他私养家奴一百五十多人，并且杀害无辜男女五人。向来执法严苛的朱元璋却做了一回老好人，大事化小小事化了。虽然大臣们不依不饶，但朱元璋还是宽宥了郭英的罪行。对此，《明史》也有说明：“（郭）英孝友，通书史，行师有纪律，以忠谨见亲于太祖，又以宁妃故，恩宠尤渥，诸功臣莫敢望焉。”郭英之所以得到朱元璋的厚爱，除了自己能力强、会做人，还有妹妹郭宁妃的作用。郭英还有一个身份，那就是辽王朱植的岳父。辽王朱植品行端正、敦厚孝顺，又“习军旅，屡树军功”，是北方边境难得的军事统帅。朱元璋曾经想将北方事务交于郭英、杨文和朱植等三人，同时让他们看紧燕王朱棣。朱元璋给郭英的敕文中写道：
朕有天下，胡虏远遁久矣。然萌孽未殄，不可不防。今命尔为总兵，都督刘真、宋晟为之副。启辽王知之。以辽东都司并护卫各卫所步军，除守城马军及原留一百守斥候，余皆选拣精锐，统领随辽王至开平迤北，择险要屯驻提备。一切号令悉听燕（辽）王节制。
明史专家黄彰健将郭英后人编的《毓庆勋懿集》中的敕文原文与《明太祖实录》 中的敕文进行比对，发现正史敕文中的“燕王”应为“辽王”。这也就意味着，朱元璋临终前压根就没将北方军务托付给燕王。所谓一切号令“悉听燕王节制”不过是张冠李戴，燕王抢了辽王的帽子而已。朱元璋在敕文中写的是，一切听从辽王的指挥和节制。这并不是一个美丽的误会，而是有人故意篡改了朱元璋的圣意。在政治博弈中，胜利者向来握有混淆视听的话语权。同样是在这一天，朱元璋还给都督杨文发了一份敕文，《明实录》记载如下：
兵法有言，贰心不可以事上，疑志不可以应敌，为将者不可不知是也。朕子燕王在北平，北平中国之门户，今以尔为总兵，往北平参赞，以驻扎在北平的朝廷军队和燕、谷、宁三个藩王府的护卫兵合在一起，挑选精锐步兵和骑兵随燕（辽）王往开平提备，一切号令皆出自燕（辽）王，尔奉而行之。
对此，有史家研究，认为朱元璋给杨文的这份敕文也被篡改过。朱元璋在敕文中仍指示，一切号令皆出自辽王。可是经史家的曲笔摇舌，一切号令又成了出自燕王。朱元璋临终前的安排成了竹篮打水，他既丧失了对朱棣的有效制约，也无法正确认知郭英、朱植和杨文等人的能力。而这时候留给朱元璋的时间所剩无几，他已经来不及精准地部署。或许大病期间，朱元璋已经预感到将来可能发生的事，不然不会一日连发两文。
在一次次危机、逃亡、死亡、绝境中，朱元璋就像是一块含有杂质的铁砣迎接着命运的重锤一点点砸将下去。十余年军旅生涯，再加上三十年的帝王生涯，他早已做到了百炼成钢，成为一块品质极佳的钢。也同时炼就了一颗超人之心，如同铁一般坚硬、冰一般冷酷、水一般沉着、弓弦一般柔韧。
作为创业霸主，朱元璋那颗强大的心脏早就锤炼得百毒不侵，更不会轻易受到感情的诱惑。感情这个东西，不是成全，而是牵绊。他自认能够承受巨大的压力，面对艰难的挑战，能够动用自己的手和嘴，发布其他人不敢发布的残酷、野蛮和不义的指令。血与火的战场，将朱元璋从一个七情六欲的血肉之人打造成了一部机器，一部安装了高性能芯片的钢铁机器。这部机器已经进入最后的运转阶段，有着对光荣岁月的留恋，还有对大明帝国的深深忧虑。原本实力最强的晋王与燕王如同藩王中的两座山峰，相互对视，又相互掣肘，而现在晋王没了，燕王独尊。这个深不可测的儿子，最像自己，也是最危险的。每念及此，朱元璋都不由为那个看上去表面和气的皇太孙朱允炆担忧。
朱棣这时候已位列诸王之首，他又何尝不是在觊觎皇位呢？他在名义上也是嫡出，论才能更超出他的三个哥哥。只是由于偶然因素，他与皇位继承人的身份擦肩而过。他并不甘心，无时无刻不在关注着南京的动向，关注着皇位继承的事。尽管如此，他还没有武力夺取皇位的想法，即使心底里万分渴望，也想不到堂而皇之地篡位，尤其是朱元璋还在世的情况下。燕王朱棣在朱元璋面前始终表现出一副谦卑的姿态，不敢有丝毫的骄横，以免引起猜疑。在朱棣那张谦卑的面孔之下，隐藏着的是一颗澎湃的野心。
朱元璋虽然老朽，但他并不糊涂。如果这时立燕王为皇太子的话，于伦序上不会受到什么指责。皇太孙朱允炆已立了五六年，再废再立，他已经没有这个精力了。一旦他撒手而去，最让他放心不下的还是燕王朱棣。从朱元璋临终前两个月的公文来往与所做的事来看，他对帝国的未来怀有深深的忧虑。在所有的忧虑中，最让他熬心伤神的还是藩王问题。从巩固边疆安全的角度来看，少不了诸子藩王；而从君位的稳固来看，他又担心藩王势力尾大不掉，威胁到皇位。这不是朱元璋一个人的烦恼，这是藩王制带来的必然结果。
藩王的实力强弱在于护卫兵的多寡，护卫是藩王最大的依仗，如果削掉其护卫、兵权，那么藩王就如同没有牙齿的老虎。之前蓝玉案的发生，明军迅速班师，晋王则在山西大肆屠戮蓝玉案涉案勋贵。朱元璋之所以将此重任交于晋王而非燕王，是因为晋王才是实力最强、最受朱元璋信赖的亲王。蓝玉案过后，朱元璋给了晋王和燕王节制本藩军事的特权。《明太祖实录》中记载：
命宋国公冯胜、頴国公傅友德等，往北平等处备边。其山西属卫将校悉听晋王节制，北平属卫将校悉听今上节制，凡军中应有机务一奏朝廷，一启王知，永著于令。
晋王、燕王分别节制山西、北平都司军事之余，连宋国公冯胜、颍国公傅友德都要接受二王的指挥。按照明制，皇子封为亲王都授予金册金宝，年食禄米万石。其护卫“少者三千人，多者至万九千人”。而这只是一般情况下，若是北边防御蒙古的几个藩王，所统兵士都超过这个数字。例如大宁的宁王“带甲八万，革车六千”。这些藩王的府邸、服饰和车旗等，“下天子一等”，公侯大臣见了他们都要“伏而拜谒”。藩王的嫡长子立为世子，即藩王未来的接班人，10岁时授予金册金宝。其他诸子则授予涂金的银册银宝，封为郡王。以后各世子孙都有封爵，自六世孙以下都封为奉国中尉。他们出生时要向宗人府请名，年龄大了要请婚。但他们不能从事士农工商之类的行当，只是坐糜俸禄，靠国家养活。
此时的朱元璋又怎能想到，一百多年后，皇室成员的俸禄成了朱明王朝沉重的包袱。藩王没有行政权，只有统兵权。朝廷调地方军队，地方守镇官还要得到当地藩王令旨后才能调动。若是遇上战事，即使元勋宿将也要接受藩王节制。当燕王朱棣率军征讨乃儿不花时，像傅友德那样的大将也要听从调遣。对于这种分封的弊端，不光那些有远见的官员看出来了，就连皇太孙朱允炆也感到忧虑不安。
朱允炆被命运裹挟进历史的洪流，是时也是命。让朱元璋想不到的是，在其后几年时间里，二皇子秦王朱樉和三皇子晋王朱㭎会相继离世。燕王朱棣由诸兄弟口中的四哥，摇身变为大哥。朱元璋此时已是年过花甲的老人，马皇后和几个儿子先后离世，让他感觉来日无多。皇太孙已立五六年，不宜再提废立之事。朱元璋已感到皇太孙朱允炆的文弱性格，并不放心将皇位托付于他。但他只注意到功臣对皇位的威胁，哪里晓得，真正觊觎皇位之人还是自家子弟。尤其几位兄长的离世，让朱棣突然意识到，自己已成为名义上的嫡长子。
朱元璋曾经专门颁给燕王朱棣一道敕谕：“朕诸子独汝才智，秦、晋已薨，系汝为长，攘外安内，非汝其谁？……尔其统帅诸王，相机度势，防边乂民，以答天心，以幅朕意。”毫无疑问，朱元璋在这里将守卫边疆的重任，托付给了四皇子朱棣。朱元璋极少在语言上表示对皇子的器重，正因为如此，有史家对这样一道敕谕持怀疑态度，甚至认为它是伪造。不管朱元璋有没有给朱棣这份敕谕，但有一点可以肯定，那就是朱棣感受到了父亲对自己特殊的欣赏。正是这份欣赏，让朱棣行事更加谨慎。做开国皇帝的儿子，并不是一件容易的事，太过懦弱不行，太过强悍也不行。
朱元璋儿子虽然众多，但具备皇家气象的寥寥无几。当然这也得益于老朱家的遗传，他们大多流氓习气重，行为荒诞，在封藩之地沉湎酒色、荼毒百姓、羞辱官员，破坏国家法度。就算是矮子里面挑将军，朱棣也称得上“众藩之首”。据《明太宗实录》记载，太子朱标在世时，蓝玉曾私下对他说：“殿下试观陛下，平日于诸子中最爱者为谁？”太子回答：“无如燕王。”
从有关史料中可以看出，朱元璋之所以最看中燕王朱棣，是因为他觉得这个儿子最像自己。越觉得像自己，越不可能将他留在京师重地。看着眼前的朱棣，就像看着镜子里的自己。朱元璋性格中最危险的特质，便是攻击性，朱棣亦然。从生物学流派的观点看，遗传素质是攻击行为的原因之一。从大明建国以及洪武年的种种作为上看，朱元璋具有攻击性极强的性格特质，遗传因素在人格形成方面起到巨大的作用。
朱元璋对朱棣的这份特殊关注，带给朱棣的不是满足，而是不安，是风险。他知道，一着不慎，就有可能失去父亲对他的信任，弄得满盘皆输。可是他赢过吗？似乎从来也不曾有过。一个从来没有赢过的人，却怕起输来。
朱元璋在《皇明祖训》中制定了管束诸藩王行为的章程：“诸王临国，毋得至京。王国所在文武吏士，听朝廷节制。”新皇登极三年内，各地藩王不许来朝，只能留守藩封。若是遇上“奸臣”当道，诸王要整顿他们的兵力，听候新皇调遣，拨乱反正。驱逐奸佞后，他们仍要返回各自的封地。朱元璋要求“诸王来朝冕服见天子，次见东宫，先坐受拜，次叙家礼。坐则正中，诸王侍”。他告诉诸子藩王，应尽臣子本分，不得僭越礼制。古人礼制繁复，遵守礼制，也就是服从权威。在一个家庭之中，父亲是天然的权威。对于一个帝国而言，皇帝则是天然的权威。朱元璋还活着，他既是父，又是皇帝。太子朱标未及接班就撒手而去，此时朱允炆十六岁。在强藩林立、虎啸狼嚎的皇族里，皇太孙朱允炆仍像是一只落入狼群的小羊。如果说朱元璋是一只老虎，那么朱棣完全配得上“头狼”的称号。洪武十三年（1380年）春天，朱棣从凤阳回到南京，受命就藩北平。他的府邸就是元朝的旧宫，其规制如同天子。按照规定，藩王的府邸“亚天子一等”，其他诸王皆如此。朱元璋为此还特地告谕诸王，燕王府邸乃元朝旧宫，不需要新建，他们新建的府邸皆按本朝规制。北平是元朝都城，位置险要，燕王的二哥和三哥分别就藩西安和太原，却将北平留给燕王。也难怪有人推测，此中自有深意。
朱元璋通过分封制，将自己的亲生骨肉培养成为大明江山的拱卫者与定海柱石，完成中国传统社会所津津乐道的“家国一体化”，甚至出现“打架亲兄弟，上阵父子兵”的理想格局。朱元璋希望看到的和谐画面，无非是朱家的子孙都能够拱卫皇室、看家护院，将自家天下传之久远。
殊不知，分封诸王虽然提升了诸王的地位，但同时也削弱了嫡长继承制中所蕴含的追求权力传承稳定和政治合法性明晰的制度意图。对于朱元璋这个制度的设计者来说，他左右手互搏，最后破坏的只能是政治理性和政治合法性之间的平衡关系。他自以为无懈可击的分封制，在个人主义的现实条件下，最终酿成了一场时代之祸。从事后来看，朱元璋若真的立燕王朱棣为太子，确实可以“贻一世之安”。他没有选择这条路，他也意识到自己死后可能会出乱子。但是，他考虑最多的只是功臣对皇位的威胁，而没有更多地关注到真正觊觎皇位的还是他的子孙。
朱元璋刚开始对朱允炆并不满意，这个“性至孝”的孙儿看上去倒有几分书生的痴相，武勇不够、文弱有余。中国人说，痴人有傻福。如果说继承皇位是上天赐福于痴人，那么凭朱允炆这份执拗劲能否坐稳江山则又另当别论。可是随着时间的推移，朱元璋越来越喜欢这个孙子。他慢慢发现，朱允炆虽然喜欢读书，但并不是一个书呆子，人还算聪慧。他在洪武后期有意让皇太孙朱允炆在政务实践中得到历练。在傅维鳞所编《明书》中有记载：“时太祖春秋高，中外万机，尝付帝（建文帝）裁决。时尚严覆，帝济以宽大，于刑狱多减省，远近忻忻爱戴。”朱允炆能够体会到皇祖父的良苦用心，这个老人已经等不及了。在时间面前，再坚硬的铁也会生锈，再挺直的腰杆也会弯下。论治国理政的能力，朱允炆甚至比不了他的父亲朱标，但他身上有一股不服输的劲。年轻人面对这个世界所表现出来的对抗和不妥协，都在这股狠劲里。
据说，他比照历代刑法，发现《大明律》中不合理的律条共计七十三处，并得到朱元璋的肯定，将它们一一改过来。他还参与到大明司法案件的审理过程中去，运用其所学的知识，纠正了很多冤假错案。当时常州发生一起儿子弑父的案件，地方官审理后，要将儿子处死。但这个被指认为杀父的儿子不停喊冤，朱允炆受命过问刑狱，经过他的一番推审，他认定这是一桩冤案。朱元璋听说后不信，他将犯人和家中奴婢及其乡邻全部拘拿到南京。皇帝亲自审理的结果，与朱允炆的推审完全一致。儿子不是杀人凶手，庸医误投了药将人毒死了。案情真相大白，朱元璋不禁大喜道：“皇太孙，你真聪明，人又宽仁，这真是我大明的福分！”
在明末清初孙承泽的作品《春明梦余录》中也有类似记载。有一次，巡逻士兵抓到一群强盗。朱允炆审理后，断定其中一人是被冤枉的。后来按照司法程序进行审问，七人中果然有一个不是强盗，而是地主家的少爷。其他六人原来是地主家的佃客，他们合谋劫持了地主家的少爷。朱元璋听闻后，感到不可思议，便问朱允炆怎么知道地主家的少爷也在其中。朱允炆笑着回答：“先贤经典《周礼》中谈到了‘色听’，《尚书》中讲了‘惟貌有稽’，都说到从人的外貌神色判断人犯罪了没有。我看到那七个人时，其中一人目光炯炯有神，视听认真、仪态端正，所以我断定他不是强盗。”
一直以来，朱允炆给人的印象都是一个偏于仁弱的书生。但是从他后来削藩的诸般表现，以及刚愎自用、一意孤行的做派，再加上那些机敏断案的野闻逸事，朱允炆的真实面目要比我们想象的更为复杂。从外表看，除了脑袋生得畸形如同半轮明月，朱允炆的面目并不可憎。从天赋看，他不输于其他任何一个皇室子弟。从学识看，朱允炆勤奋好学，熟读儒家经典。再论品德，朱允炆更是皇室子弟中的佼佼者。朱元璋在遗诏中称朱允炆“仁明孝友”，此言不虚。
至于说到他的能力，也算是中等偏上的资质。朱允炆立为皇太孙后，朱元璋就将他带在身边，练习政务，日常奏章由他处理，太孙少年老成，处理结果一般都比较周到，颇合朱元璋的心意。朱元璋处事严苛，而太孙常济以宽大，群臣无不欢悦。他们期盼着朱允炆能够早日接班，给这个过于紧张的帝国松松绑。
洪武三十一年（1398年）闰五月初十，操劳了一生的朱元璋病逝于南京明故宫西宫。《明太祖实录》对于朱元璋之死的记录为“上崩于西宫，上素少疾，及疾作日，临朝决事，不倦如平时”。这段记载除了歌颂太祖鞠躬尽瘁，为国事操劳到生命的最后一刻，还暗中透露了朱元璋病况不明、突然暴死的事实。不过这样的话，都是在朱棣篡位成功后，经过反复修订后呈现出的面目。朱元璋临终前是否真的如实录中所言“不倦如平时”，谁也无法证实。但这样的记载却给人造成一种印象，朱元璋不该那个时间死，却突然暴死，死因不明。这也为日后朱棣起兵夺位提供了最为堂皇的理由。
朱元璋把什么事情都想到了，就是没想到太子朱标会先他而去，更没想到皇孙朱允炆最后会落得鸡飞蛋打。他苦心设计的大明剧情，还没演过第二回，就已反转不停。
不过有史料记载，朱元璋生病期间，朱允炆一直侍奉在身边。身体本就单薄的年轻人，守在祖父的床前不眠不休，瘦得只剩下一副骨头架子，看上去“形至骨立”。朱元璋看在眼里不免心疼，他自知来日无多，无法再为皇太孙做得更多。随着朱元璋的离开，这个在废墟上仓皇建立起来的王朝也终于完成了滴血的成人礼，在开国君王的身后，一个略显平庸、压抑，却也可称繁荣的时代就这样全面开启。
晚明学者谈迁在其所著《国榷》一书中，记载了朱元璋临终前的一番嘱托。据说在他弥留之际，气若游丝地跟朱允炆说：“燕王不可不虑。”而在万历年间学者李贽所著《续藏书》中，朱元璋将自己的女婿宁国公主的丈夫梅殷召至御床前，嘱咐道：“汝老成忠信，可托幼主。”在朱元璋看来，梅殷是一个值得信任的忠诚之士，他现在要将皇太孙朱允炆托付于他。朱元璋将早已准备好的遗诏交到梅殷的手上，再三叮嘱：“敢有违天者，汝其为朕伐之。”当时一起受顾命的朝中大臣还有兵部侍郎齐泰和翰林院修撰黄子澄等人。
在一场没有醒来的梦境中，朱元璋走完自己跌宕起伏的一生，也结束了自己一生未了的恩怨。皇位继承人皇太孙朱允炆随即便将朱元璋的遗诏颁示天下，大明朝廷内外一片举哀。朱元璋的遗诏，是他留给这个世界的最后一句话。
现在，朱元璋终于离开这个世界。虽然是帝国大丧，表面上一片悲痛，但满朝文武都长舒了一口气。虎狼般残暴的日子终于到头了，新皇帝仁孝圣明，群臣无不欢欣鼓舞。然而，并不是人人都能笑出来。有那么几个人，在满朝太平气象中却嗅到了危机的气息。在专制体制中，新皇登基，要干的头等大事便是巩固自己的权威，消灭一切现实和潜在的挑战。
闰五月十六日，朱允炆下令安葬了他的皇祖父朱元璋，同一天，朱允炆宣布正式登基即位，并发布登基诏书，是为建文帝。从这一刻开始，这个略带忧伤的年轻人将不再是以一个第三者的眼光来打量眼前的帝国，他已经成为这个帝国的主人。出生于1377年的朱允炆，此时已是朝气勃发的青年，长年的读书生涯，再加上继承父亲朱标的仁厚秉性，养成他温良的个性及一腔道德理想主义情怀。
新即位的朱允炆在他的即位诏书中明确提出了“永惟宽猛之宜，诞布维新之政”和“德惟善政，政在养民”的施政纲领，大明也由此步入属于朱允炆的“建文时代”。客观地说，朱允炆这样的性格并不适合政治角斗场，命运却鬼使神差地让他当上了帝国的第二代君主，而让他接替的这位老皇帝竟然是在中国历史上并不多见的强势皇帝、刚性皇帝，朱允炆则刚性不足、柔弱有余。
一直以来，洪武政治的氛围都让人谈及色变，这绝非世人夸大其词。曾经被朱元璋誉为“才子”的解缙为此上书：
国初至今，将二十载，无几时不变之法，无一日无过之人。尝闻陛下震怒，锄根剪蔓，诛其奸逆矣。未闻褒一大善，赏延于世，复及其乡，终始如一者也。……出于吏部者无贤否之分，入于刑部者无枉直之判。天下皆谓陛下任喜怒为生杀，而不知皆臣下之乏忠良也。
解缙这段话的意思是：开国至今已有二十个年头，大明没有一个长持不变之法，没有一天不犯错的人。我曾经听说陛下一旦发怒，就要大肆杀伐，追根刨底、穷及党逆。从来没有听说过陛下因为褒扬某人，进而赏赐他一番，甚至恩泽到他的乡间巷里，并始终如一地看待他。如今，大明的现实就是，出了吏部的就没有贤愚之别，进了刑部的就没有冤枉与不冤枉之分。天下人都在说陛下喜怒无常任意杀戮，但他们不知官员中缺乏忠良之辈。
据说，朱元璋见到解缙的这份奏疏后，不仅没有处罚他，反而不迭地夸赞：“才子啊，才子！”从解缙的“控诉”和朱元璋的“认账”来看，即使六百多年后的今天，我们读到这样的文字时，也可知晓洪武时期的政治的确出了不少问题，用两个字来概括，那就是“严酷”。解缙的看法代表了当时读书人对时局的看法。
在后人总结朱元璋的无数评语中，让人记忆深刻的是“许多皇帝影响了一代人的命运，而朱元璋却影响了中国数百年的命运”。这句话的正解是，朱元璋是个极具个人色彩的统治者。而他所表现出来的个人色彩，也为大明王朝打上了深刻的烙印，甚至影响中国历史数百年的命运。而在诸多的色彩中，最为后世诟病的莫过于知识分子的地位跌到历史最低点，在大棒（廷杖）和科举（奴化教育）的双重压制下，君臣关系一变而为主奴。中国传统知识分子骨子里的内化倾向，于这数百年间逐渐成形。体制的绞肉机，绞杀着骨肉，也同时绞杀着人性。而酷烈的廷杖，打在士大夫的屁股上，侮辱的却是整个的人格和心灵。十六世纪晚期来到中国并与多名朝廷官员过从甚密的意大利传教士利玛窦，在一份私人记述中，曾以令人吃惊的精确性对廷杖进行描写：
在大庭广众之下，受害者伸开四肢趴在地上，大腿处遭到了狠狠地毒打。杖击的工具是一根坚硬无比的木棍，约有一指厚，四指宽，两臂长。执行惩罚的人双手抡起木棍，用尽全力猛击：十棍、二十棍、三十棍，残忍至极。结果是，往往第一棍下去人就已被打得皮开肉绽，再追加几棍可就血肉模糊了。很多人就这样被活活打死。
俗话说，士可杀不可辱，活在明朝的士大夫不仅难逃屈辱的命运，更难逃杀戮。对此，吴晗先生有着更为准确地认知，他说，自汉代以来至明朝，士大夫的地位经历了从股东、伙计到奴仆的持续下跌。
汉代以来的世家大族，高官无数、奴仆如云，门生故吏遍天下，有着雄厚的政治和经济力量。这些家族是共建皇业的股东，和皇家利害共同，休戚一致。在这样的情势下，士大夫与皇家是共治的，只有双方合作才能互利。十世纪后，考试制度代替门阀制度，再加战乱频繁，平民出身的进士在数量上压倒了残存的世族。这一时期士大夫与皇家的关系，如同伙计和老板，是雇佣关系，而不是合股的。
到了明代，士大夫的地位又猛然一跌，跌作卖身的奴隶，士大夫成为皇家的奴仆。皇帝越威风，士大夫越下贱，反过来也可以说是士大夫越被制抑，皇帝就越尊贵，君臣的关系一变而为主奴。朱元璋在开国前后，对于那些早期投奔他的读书人，如朱升、宋濂、刘基、陶安等人，一度非常信任，给以特殊优待。随着形势的发展，朱元璋的知识分子政策发生了变化。即使是最初的礼遇背后也暗藏着紧张，最后连表面上的温情面纱也被一并撕去，文士们愈发如履薄冰。那些开国宿将对朝廷重用文士早就心存不满，他们经常在朱元璋耳边提醒——小心文人。
朱元璋原本是个大字不识一箩筐的泥腿子，在创业的过程中，那些儒家士子头上戴着光环来到他的身边。尤其是等到1365年，朱元璋兵下江南，一大批江南士人迅速云集于他的麾下。元朝入继华夏大统，马上得之，又马上治之，且贱视南人，故不能得到江南士人的支持。而这也给朱元璋正确江南士人以极好的机会，并为他日后建立明朝奠定了可靠的基础。“高筑墙、广积粮、缓称王”的立国之策，是徽州儒生朱升提出来的；先西后东的战略，是浙东儒生刘基提出来的。朱元璋的胜利，明朝的建立都离不开江南士人的支持。
但是，江南士人并不仅仅甘心于帮助朱元璋打天下，而且还志在建立一个符合“仁政”理想的天下。朱元璋初到江安，宋濂就以“受命不于天，于其人；休符不于祥，于其仁”引导他建立仁政。正是在他们的影响之下，朱元璋开始向文化靠拢，博览经史，学着写诗填词。很多时候，我们站在门外看门里，以为里面是自己难以触及的神秘世界。可是等到自己跨进那道门，你会发现，其实里面的世界也不过如此。随着自己知识量的增长，文化人的那道神秘光环也慢慢淡去。朱元璋对这帮读书人也不再言听计从。很多时候，他们表现出的唯唯诺诺、条条框框让他很是不满，甚至让他对民间那句“百无一用是书生”的经验之谈有了同感。
皇明初立，朱元璋在为政当“宽”还是“猛”的问题上，同江南士人发生了尖锐的对立。与创业阶段不同的是，朱元璋不再满世界去寻找读书人。这时候，那些天生喜好功名的读书人会主动向他投怀送抱。而他广泛建立起来的教育系统，也开始发挥作用，为大明量身打造的专业化人才不断涌现。物以稀为贵，当读书人越来越多，他们在朱元璋心中的地位和存在的价值也越来越低。
在夺取天下的过程中，朱元璋广纳儒家学者，严禁各级将官私自任用儒士，绝不允许儒生士子在那些武将面前议古论今，以免他们走文武结合的路子。朱元璋担心的是，这些文臣武将会在条件成熟后站出来与他分庭抗礼。他对那些不受征聘，拒绝与自己合作的儒生不惜采用激烈手段，动用严刑峻法予以制裁。不仅低级别的文官没有几个落得好下场，就连那些一直追随在朱元璋左右、功成名就的大知识分子，也很少能逃过劫难。
据说，太子朱标当年对父亲的做法并不理解，当朱元璋准备把开国功臣，也是朱标老师的宋濂满门抄斩时，朱标急忙奔至御前泣谏，被朱元璋痛骂一顿。朱标一时想不开，竟然跳金水河自杀，幸好被人救起。也难怪美国学者小约翰·D郎洛瓦坚持认为，朱标的教养是文人型的和“右文”的君主，这种人治理国家可能用“文明”德化之治，而不是用以粗暴镇压为能事的“军事”之治。
朱标英年早逝，相当于半道上突然撒手。突如其来的变故，让朱元璋感受到前所未有的压力。或许是担心自己死后，诸王来朝会给皇太孙朱允炆造成威胁，朱元璋事先留下遗诏：
朕受皇天之命，膺大位于世，三十有一年，忧危积心，日勤不怠，专志有益于民，奈何起自寒微，无古人之博智，好善恶恶，不及多矣。今年七十有一，筋力衰微，朝夕危险惧，虑恐不终。今得万物自然之理，其奚哀念之有！皇太孙允炆，仁明孝友，天下归心，宜登大位。中外文武臣僚同心辅佑。葬祭之仪，一如汉文帝勿异，布告天下，使知朕意。孝陵山俱因其故，勿改。诸王临国中，无得至京。王国所在，文武吏士听朝廷节制，惟护卫官军听王。
这让那些准备进京奔丧的藩王不得不奉诏行事。朱元璋如此安排，自然有他的道理，所虑者三：一是诸藩皆朱允炆叔辈，若以哭丧为名，别有所图，必将祸乱朝廷；二是诸藩皆拥重兵，一旦诸王离藩，恐扰乱各藩国；三是诸王多坐镇北方边境，一旦他们离藩，恐北虏乘虚而入。各藩所在地的文武官吏一律听从朝廷节制与调遣，只有藩王府的护卫军听命于各自藩王。藩王除了自己的护卫军外，不得染指其他，中央朝廷才是唯一合法的最高权威。
按照那本经过朱棣两次修改流传下来的《明太祖实录》所记，朱元璋临终前，曾经派宦官召燕王朱棣进京。朱棣赴京到淮安时，朱允炆矫诏命他立即返回北平。“上（明太祖）不之知也。疾亟，问左右曰：‘第四子来未？’言不及他。”这样的记录传递出一个重要信息，即朱元璋临终之际，本来想秘密召见燕王。朱元璋召见燕王的目的，就是要将皇位传给燕王。不料，建文帝“矫诏”将燕王硬生生给挡了回去，皇位这才落到建文帝朱允炆的手里。如此叙事，合法即位的朱允炆成了篡逆者，而暴起的篡逆者反倒成了受害者。这样的记载可信度并不高，不过是为朱棣起兵夺位的正当性提供法理依据。
朱元璋死后，其讣告必定和遗诏一起报闻诸藩王。他们的父皇驾崩了，还不让他们奔丧，这必然引起诸藩王的怀疑。对朱棣来说，他不仅是燕王，还是太祖皇帝最年长的儿子，不让他进京为父皇送葬，他自然不乐意。他甚至怀疑朝中有人作梗，“矫诏”行事。燕王朱棣的三个哥哥这时候已亡故，按伦序应该由他来继位，京城里到底发生了什么，他并不满足于远隔千里在外观望。父子至情，即使有遗诏不让前往南京奔丧，他如真的前去，朱允炆也不好把他定罪。
关于燕王奔丧之事，史家说法不一，有的说有，有的说无。说并无燕王奔丧之事的依据是，当朱棣发动靖难之役后，三年苦战，兵抵南京，望着近在眼前的钟山，燕王朱棣百感交集道：“比为奸恶所祸，不渡此江数年。”既然从未渡过此江，又何来赴京奔丧之说。不过也存在一种记载，朱棣奔丧，因看到江上有防，他不得不返回，因而也就不存在渡江说，当然也就称得上“不渡此江数年”了。据朝鲜《李朝实录》记载：
军一人自辽东逃来，本国人也，属东宁卫，以辽东役繁逃还。言燕王欲祭太祖高皇帝，率师如京。新皇帝许令单骑入城，燕王乃还。
这样的话出自一名朝鲜逃卒之口，按理说一个外邦之人不应抱有任何偏见，也不会占有任何立场，所说的话相对客观。有人注意到，这里还有一句“（燕王）率师如京”，难道说朱棣真有起兵夺位之心？其实不然，在朱元璋颁发的《皇明祖训》中有着明确规定，藩王进京可以带一部分兵马：“凡王入朝，其侍卫文武官员，马步旗军，不拘数日。若王恐供给繁重，斟酌从行者听。”燕王即使真的带上一部分士兵赴京，也算不上冒犯朝廷。
既然“祖训”白纸黑字，又处于新旧交替的非常时刻，为了应付可能出现的不测，燕王“率师如京”也合乎情理和法理。燕王看到建文帝已在江口重兵设防，不敢贸然前进。而这时候，他身边的道衍和尚进言：“大王以至孝渡江，奈何有违治命，反为不孝也？愿殿下养成龙虎之威也，他日风云感会，羽翼高举，则大江只投鞭可断也。”朱允炆让燕王单骑进京，道衍和尚劝阻了他。几乎所有的皇子都在各自的封地上得知了朱元璋病死的消息，同时他们也得到同样一则匪夷所思的指令：诸王不得回京奔丧。所有的人都将目光投向燕王朱棣，投向那个最有资格继承皇位的皇子。