几年的颠沛流离之后，汉献帝终于回到了帝国的东都洛阳。看着十室九空已是一片废墟的帝都，献帝欲哭无泪。
此时的皇帝，衣食起居几乎形同乞丐。
当时洛阳皇宫早已被董卓一把火烧得干干净净，百官生活艰苦，只能倚靠在墙壁之间。适逢蝗灾大起，干旱无谷，后宫以野果野菜为食物。群臣饥困，自尚书郎以下都要亲自外出挖野菜充饥，有的饿死在墙壁间野地里，有的被吏兵杀害。
天子刘协只能居住在棘篱中，无门无户。献帝与群臣上朝时，兵士们纷纷趴在篱笆上嘻嘻哈哈看热闹。
而韩暹等人仗着护驾之功，肆意妄为，干乱朝政。有的人仅仅因为一点小事就擅自将尚书拷打至死。司隶校尉出入时，士兵们会用随手捡起的物品砸他取乐。诸将有的让婢女前往省阁传话，有的带着酒食去请刘协饮用，侍中不准，就破口大骂，不能制止。又上表拜各营低级将领为部曲，索求馈赠。医师、走卒皆封为校尉，以至于御史无力刻够所有校尉印，诸将就自己拿锥刻印，乱刻文字。即便如此，有的人仍没有得到校尉印，就先当官后授印。
大汉各州郡地方官全都自拥强兵，无人愿意前来保卫皇帝。
董承实在看不下去，又无力阻止这些“护驾有功”的将领，于是决定秘密召兖州牧曹操亲自来洛阳稳定局势。
此时的曹操早已今非昔比。
击败青州黄巾军之后，曹操选黄巾军中精锐部分组成青州兵，扩充了军事实力，又任用枣祗任峻实施屯田，扩充了经济实力。袁绍、袁术征战时，曹操帮助袁绍，大破袁术。
不久之后，曹操的父亲曹嵩和弟弟曹德在前来曹操处途中，被与曹操有旧怨的徐州牧陶谦派兵杀害。曹操得知后发誓要血洗徐州以报此仇。
汉献帝兴平元年，公元194年，夏季。曹操亲征徐州，一路连破十数座城池，掠地至东海。回军兖州的路上，又抽空在郯县击败刘备，攻破襄贲。并且，一路屠城，杀戮甚多。曹军所过之处鸡犬不留，百里之内一个活人都看不到。
曹操惨无人道的杀戮立刻引起了很多人的不满。
于是东郡守备陈宫，与陈留太守张邈、从事中郎许汜及王楷等同谋反叛曹操，迎吕布为兖州牧。
曹操在兖州的地位并不稳固。陈宫等人一起事，整个兖州应者无数，遍地皆反。当时只有鄄城和东郡的范县、东阿两县尚在曹操掌握之中，分别由司马荀彧和寿张县令程昱、东郡太守夏侯惇等坚守，形势异常危急。
此时，豫州刺史郭贡受吕布煽动，率众数万来攻，曹操军一片惊恐。
郭贡至鄄城城下，要求面见荀彧。荀彧准备前往，夏侯惇劝阻说：“先生您是一州的主管，如果前往一定会有危险的，不可以去。”
荀彧说：“郭贡与张邈他们，平素并没有什么往来，现在来得这么快，说明计划得并不充分。现在必须趁他计策未定进行游说，就算不能让他帮助我们，也可以使他保持中立，如果因为担忧我一个人的安危而拒绝见面，那他很可能觉得受到蔑视怒而攻城，到时候就麻烦了。”
于是出城会见郭贡，郭贡见荀彧毫无惧意，认为鄄城易守难攻，遂引兵而去。荀彧又与程昱定计，保全了范县、东阿。
曹操得到消息，匆忙从徐州赶回。听说吕布屯于濮阳，遂进军围攻濮阳。二军相持不下，鏖战百余日。
适逢蝗灾突发，双方遂停战，曹操军还鄄城。此时，曹操失去了绝大部分兖州，而且军粮几乎耗尽。
袁绍派人来劝说想让曹操投靠他，让曹操举家迁到邺县当人质。曹操犹豫再三后打算答应，但被程昱极力劝阻。十月，曹操到达东阿。
汉献帝兴平二年，公元195年，春。
曹操袭击定陶，济阴太守吴资坚守不出，派人趁夜出城向吕布求援。曹操久攻不下，吕布率援军前来。曹操转而攻击吕布，吕布远来，立足未稳，被曹操击败。
夏季，曹操进攻巨野，吕布再次率军救援。曹操故技重施，围点打援，大破吕布军，斩杀屯驻巨野的薛兰等人。
吕布收拾败军，与前来接应的陈宫合兵一处，共万余人再攻曹操。此时曹操士兵大多数都出城抢收麦子去了，留守兵力不足千人。敌众我寡，曹操心生一计，命妇人守于城上。营垒西边有一条大堤，南边是幽深的树林。
吕布率军赶来，只见城垒之上一片莺歌燕舞，又发现营边树林幽静深远，林中氤氲缭绕，怀疑曹操有埋伏。
吕布对部下说：“曹操诡计多端，切勿进了他的埋伏。”
于是率兵驻扎在曹操营垒南边十多里的地方。
当晚，吕布于睡梦中忽然惊醒，大呼：
“曹贼果真狡猾，白日里分明兵少，错失良机！”
次日清晨，吕布再次率军前来。
曹操军早已连夜赶回。且连夜令一半士兵藏于堤坝之内，一半隐匿林中，身边只留不足千人。
吕布进军，曹操派身边轻兵应战。双方交战不久，曹军诈败后退。吕布不知有诈，只想趁对方兵力空虚活捉曹操。于是率军突进。
曹操两路伏兵齐出，骑兵当先冲击吕布队伍，步兵紧随其后，曹操亲率部队回军掩杀。三路夹攻，吕布大败，鼓车被曹操缴获，曹操一直追到吕布军营才返回。
当夜，曹操乘胜劫营，吕布毫无防备，无法抵抗连夜逃走。曹操紧追不舍，又顺势攻克定陶，然后分兵平定诸县。
吕布走投无路，前往徐州投奔刘备，张邈与吕布同行，留弟张超驻守雍丘。
七月，因关中李傕、郭汜的火拼，汉献帝从长安东归。
八月，曹操于雍丘围攻张超。张邈得到消息，亲自去找袁术求援。
十月，献帝正式拜曹操为兖州牧。
十二月，曹操攻破雍丘，张超兵败自杀。曹操遂灭张邈三族以泄愤，而张邈在求救袁术的途中被部下所杀，首级被送至曹操帐前。
兖州自此平定。