一、太祖分封
洪武三年（1370年），明太祖朱元璋为了巩固明朝的统治基础，采取了分封诸子为王的重要举措。这一措施旨在利用血缘关系强化皇权，通过将24个儿子和1名从孙分封至全国各地，特别是北部边境的战略要地，形成一道抵御外敌的屏障，同时也作为内部稳定的力量。朱元璋认为，建立强大的藩王体系可以有效地保卫国家，安抚百姓，因此他说：“天下之大，必建藩屏，上卫国家，下安生民。”
然而，这一制度在实施过程中逐渐暴露出潜在的问题。首先，各个藩王不仅享有丰厚的生活待遇，还拥有庞大的军事力量。例如，九位塞王中，燕王朱棣的兵力达到10万，宁王朱权麾下也有8万甲士。这些藩王在边防中发挥着重要作用，尤其是在对抗北方蒙古残余势力方面，晋王、燕王等多次率军出征，战绩显著。朱元璋特别授权燕王朱棣在军中的高度自治权，使其成为边疆地区最具影响力的藩王。
尽管如此，随着藩王势力的增长，他们对中央政府构成了潜在的威胁。早在朱元璋进行大规模分封之际，就有官员如平遥县训导叶伯巨提出警告，认为如果不对藩王的权力加以限制，将来可能会引发类似汉代七国之乱或西晋八王之乱那样的内战。遗憾的是，朱元璋并未采纳这一建议，反而将叶伯巨囚禁致死，这反映了他对分封制度的信心以及对可能反对声音的压制态度。
为了防止藩王之间结成联盟对抗中央，朱元璋规定所有受封的亲王必须前往各自的封地，并且严格限制他们之间的交流。即使需要入朝觐见皇帝，也必须遵循严格的顺序，以减少他们联合的可能性。这种安排虽然体现了朱元璋对于维护中央集权的考虑，但在实际操作中却难以完全避免藩王之间的私下联系和支持。
二、“靖难”遗训
明太祖朱元璋不仅分封诸子为藩王，而且在其成法中有一条是关于“靖难”的。朱元璋当国时，恐权臣篡权，规定藩王有移文中央索取奸臣和举兵清君侧的权利，他在《皇明祖训》 [7]中说：“朝无正臣，内有奸逆，必举兵诛讨，以清君侧。”后来的朱棣即以此为理由，指齐泰、黄子澄为奸臣，须加诛讨，并称自己的举动为“靖难”，即靖祸难之意 [8]。故而靖难之役中朱棣的口号是“清君侧，靖国难”。
这其中，“靖难”的意思：“靖”指平息，扫平，清除。“靖难”代表平定祸乱，平息战乱，扫平奸臣的意思。不过太祖的成法里面还有一条就是皇帝先召唤藩王，藩王才能起兵，且成功铲除奸臣后要五日之内离京。所以这不过是朱棣想要夺取皇位的一个借口而已。
三、建文即位
洪武二十五年（1392年），皇太子朱标病死，明太祖立朱标次子朱允炆为皇太孙。朱允炆因生性“颖慧好学，性至孝”，而深得朱元璋的喜爱，朱元璋称赞他“而诚纯孝，顾不忘我乎。” [9]不过，对于这位“仁柔少断”的皇太孙将来继任帝位，朱元璋并不十分满意，曾一度打算更换太子，后因翰林学士刘三吾的劝谏，才没有这样做。
尽管如此，朱元璋对朱允炆的继位仍放心不下。洪武三十一年（1398年）闰五月，朱元璋病故，庙号太祖，皇太孙朱允炆即位为帝。临终前，朱元璋立下遗诏，“皇太孙允炆仁明孝友，天下归心，宜登大位。内外文武臣僚同心辅政，以安吾民”、“诸王临国中，毋至京师”。 [10]
朱允炆即位，是为明惠帝，改元建文。尽管有朱元璋的遗诏，不许诸王“入临、会葬”，但燕王朱棣仍直奔京师（今南京）。朱允炆闻讯后，立刻派人持敕，令朱棣返回北平（今北京），对此朱棣十分不悦。
四、藩王势大
建文帝朱允炆即位时，面对的是一个极其复杂的政治局面。镇守北部边疆的诸王，尤其是宁王朱权和燕王朱棣，已经积累了巨大的权势。宁王朱权麾下有甲士八万，战车六千，而燕王朱棣更是手握重兵，被赋予“节制沿边士马”的大权，几乎掌控了整个北方的军事力量。这种局面让年轻的建文帝感到深深的不安。
建文元年（1399年）正月，朱允炆即位不久，燕王朱棣便派遣长史葛诚入朝奏事。朱允炆敏锐地意识到这是一个了解燕王动向的好机会，于是秘密询问葛诚关于燕王府的情况。葛诚如实禀告，朱允炆对他非常信任，甚至让他返回燕王府充当内应。然而，当葛诚回到燕王府时，朱棣立刻察觉到了异样，心中起了疑虑。
不久之后，朱棣亲自入朝，试图探清朝廷的态度。他自恃是皇叔，行为举止极为傲慢，径直走皇道入宫，登陛时不拜。这一举动引起了朝中大臣的不满，监察御史曾凤韶当即弹劾朱棣不敬，户部侍郎卓敬也密奏建文帝，认为燕王“智虑绝人”，建议将他徙封至南昌，远离权力中心。然而，建文帝考虑到与朱棣的骨肉亲情，没有采纳这些建议，只是婉言拒绝。
五、废削五王
建文帝朱允炆即位后，面对藩王势力日益壮大的局面，深感不安。为了巩固中央集权，他与兵部尚书齐泰、太常卿黄子澄商议削藩之事。齐泰和黄子澄都认为藩王权势过大，难以驾驭，主张采取行动削弱他们的势力。然而，在具体削藩的顺序上，两人意见不一。齐泰认为应该先削实力最强的燕王朱棣，而黄子澄则认为燕王有功无过，为了争取舆论支持，应该先找有问题的亲王下手。建文帝最终采纳了黄子澄的意见，决定先从其他藩王入手。
洪武三十一年（1398年）七月，建文帝首先削去了周王朱橚的爵位。周王朱橚是燕王朱棣的同母兄弟，建文帝担心他会与燕王沆瀣一气，因此决定先发制人。当时，周王的次子朱有爋告发父亲谋反，建文帝便派曹国公李景隆以备边之名经过开封，将周王全家押解回南京，废为庶人，并迁往云南蒙化（今昆明以西、大理以南）。
建文元年（1399年）四月，建文帝继续推进削藩行动，先后废除了齐王朱榑、湘王朱柏和代王朱桂。湘王朱柏不堪受辱，为了保全名节，举家自焚，表现出了极高的忠诚和尊严。齐王朱榑则被软禁在南京，失去了自由。代王朱桂虽然被软禁在封地大同，但仍然处于严密的监控之下。
两个月后，建文帝又废除了岷王朱楩，将其贬为庶人，并迁往漳州。这一系列的削藩行动迅速激化了藩王与朝廷之间的矛盾。特别是那些被废的藩王，他们的家族和势力受到了极大的打击，对建文帝的怨恨日益加深。
六、燕王起兵
洪武三十一年（1398年）十二月，建文帝朱允炆为了防范燕王朱棣谋反，采取了一系列措施。他派工部侍郎张昺担任北平布政使，都指挥使谢贵和张信担任北平都指挥使，加强对北平的控制。同时，建文帝命令都督宋忠率军驻扎开平，并调走了原本属于燕王管辖的军队。这些举措明显是为了削弱燕王的军事力量，防止其叛乱。
燕王朱棣看到几位藩王相继被废，意识到自己也难逃此劫。为了争取时间，朱棣采取了多种手段拖延和迷惑朝廷。建文元年（1399年），他先是装病，使建文帝放松警惕，允许他的三个儿子返回北平。随后，由于属下被朝廷处死，朱棣又装疯以进一步掩盖自己的真实意图。然而，王府长史葛诚背叛了朱棣，密奏朝廷“燕王装病”。这一消息很快被建文帝得知，朱棣的伪装被揭穿。
建文元年（1399年）七月，燕王朱棣派使者入京师金陵奏事，但使者被齐泰等人审讯，被迫供出燕王的异状。建文帝随即下密旨，命令张昺和谢贵逮捕燕王府的官属，张信则负责逮捕燕王本人。然而，张信在与其母亲商议后，决定将这一消息告知朱棣。朱棣得知后，立即与姚广孝等亲信进行举兵的谋划，命令张玉和朱能将八百勇士带入燕王府中潜伏，以待变故。
建文元年（1399年）七月初四，张昺和谢贵接到密诏后，带领军队包围了燕王府。朱棣假意将官属全部捆缚，请二人进府查验。当二人进入府内后，朱棣派出府内的死士将其擒获，并连同府内叛变的葛诚和卢振一同处决。当天夜里，朱棣率军攻下北平九门，迅速控制了北平城。
燕军控制北平后，迅速扩展势力范围。建文元年（1399年）七月初六，通州主动归附；七月初八，燕军攻破蓟州，遵化和密云相继归附；七月十一，燕军攻破居庸关；七月十六，燕军攻破怀来，擒杀宋忠等将领；七月十八，永平府（今河北卢龙县，属秦皇岛市）归附。七月二十七，为了防止大宁军队从松亭关偷袭北平，朱棣使用反间计，使松亭关守将卜万内讧，最终卜万被捕入狱。至此，北平周围的威胁基本解除，燕军的兵力也增至数万。
燕军攻破怀来后，由于领地相距太近，谷王朱橞感到恐慌，于建文元年（1399年）七月二十四日逃离封地宣府（今属张家口，距北京约150公里，距怀来约60公里），奔向金陵。建文元年八月，齐泰等人担心辽王和宁王会帮助燕王，建议建文帝召还京师。辽王选择从海路返回京师，而宁王则拒绝从命，结果被建文帝削去护卫。宋忠失败后，其部将陈质退守大同。代王本欲起兵呼应朱棣，但被陈质控制，未能如愿。
七、击败耿炳文
建文元年（1399年）七月，燕王朱棣的反书抵达南京，建文帝朱允炆得知后，立即祭告太庙，宣布削除朱棣的宗室属籍，废为庶人，并决定起兵讨伐燕王。为了统一指挥，建文帝在真定（今河北正定）设置了平燕布政司，准备全面展开军事行动。
朱棣起兵之初，燕军仅占据北平一隅之地，实力相对较弱，而朝廷在各方面都占有压倒性的优势。因此，战争初期，朝廷计划以优势兵力，分进合击，将燕军围歼于北平。然而，朱棣采取了内线作战的策略，迅速扫平了北平的外围，控制了居庸关、怀来、密云、蓟州、遵化、永平等重要州县，排除了后顾之忧，为后续的军事行动打下了坚实的基础。
由于朱元璋在位期间大肆杀戮功臣宿将，朝廷缺乏可用的将领。无奈之下，建文帝只能起用年近古稀的老将长兴侯耿炳文为大将军，驸马都尉李坚为左副将军，都督宁忠为右副将军，率领13万大军讨伐燕王，号称百万大军。同时，朝廷还传檄山东、河南、山西三省，要求它们提供军饷支援。
耿炳文率军于八月十二日到达真定，并分兵驻扎在河间、鄚州（今河北任丘北约30里）、雄县，形成了犄角之势。朱棣在观察敌情后，决定利用中秋夜敌军放松警惕的机会，发动突袭。八月十五日，燕军趁着中秋夜敌军不备，偷袭了雄县，迅速攻克了南军的先头部队。随后，燕军又利用伏击击败了鄚州的援兵，成功攻克鄚州，并收编了剩余的部队。
耿炳文部将张保投降燕军，告知朱棣耿炳文的部队分驻滹沱河两岸。朱棣利用这一情报，让张保回去告诉耿炳文“雄县、鄚州大败，燕兵将至”，以打击南军的士气，并迫使耿炳文将南岸的兵力调过河，以便于燕军集中力量一举击溃。耿炳文果然中计，将南岸的兵力调到了北岸。
八月二十四日，燕军到达无极县，从樵夫和南军被俘士兵处得知敌情后，决定发动决战。燕军在滹沱河北岸与南军主力部队展开激战，凭借出色的战术和高昂的士气，燕军大败南军，耿炳文率残部不到十万人退守真定，坚守不出。燕军连续攻城三天，未能攻克真定，遂于八月二十九日撤回北平。
在这次战役中，朱棣展现了他的军事才能和灵活的指挥能力。他利用敌军的疏忽和内部矛盾，成功地击败了南军的先头部队，并在滹沱河战役中取得了决定性的胜利。尽管未能攻克真定，但此次胜利极大地提升了燕军的士气，削弱了南军的战斗力，为朱棣后续的军事行动奠定了基础。
此外，顾成在投降燕军后，留在北平协助燕世子朱高炽守城，进一步增强了北平的防御力量。
八、换帅李景隆
建文帝朱允炆听到耿炳文在滹沱河战役中惨败的消息后，深感局势危急。根据黄子澄的推荐，他任命曹国公李文忠之子李景隆为大将军，取代耿炳文，负责对燕军的作战。同时，建文帝命令辽东江阴侯吴高等领兵围攻永平（今河北昌黎西北），企图分散燕军的兵力。
李景隆虽然出身显赫，但本质上是一个纨绔子弟，对军事事务并不熟悉。他性格上“寡谋而骄，色厉而馁”，缺乏军事才能和领导能力。建文元年（1399年）九月，李景隆抵达山东德州，收集了耿炳文的溃散兵将，并调集各路军马，共计50万大军，进抵河间驻扎。面对如此庞大的军队，朱棣却显得毫不畏惧。当他得知李景隆军中的部署后，笑着说：“兵法有五败，李景隆全犯了，其兵必败无疑。”他列举了李景隆的五大败点：政令不修，上下离心；兵将不适北平霜雪气候，粮草不足；不计险易，深入趋利；求胜心切，刚愎自用，但智信不足，仁勇俱无；所部尽是乌合之众，且不团结。
为了引诱南军深入，朱棣决定采取诱敌深入的策略。他留下少量兵将坚守北平，自己亲率大军救援永平。临行前，朱棣嘱咐世子朱高炽说：“李景隆来，只宜坚守，不能出战。”他还撤去了卢沟桥的守兵，以示无备。
朱棣的这一招果然奏效。建文元年（1399年）十月，李景隆听说朱棣率军赴援永平，便率大军直趋北平城下。经过卢沟桥时，他发现桥上无守兵，不禁欢喜地说：“不守此桥，我看朱棣是无能为力了。”然而，李景隆的喜悦很快变成了失望。朱高炽在北平城内严密部署，拼死守卫。李景隆的军队虽然人数众多，但号令不严，指挥失当，几次攻城均被击退。
南军都督瞿能曾率千余精骑，杀入张掖门，但因后援不至，只好停止进攻。李景隆贪功心切，要求瞿能等待大部队一起进攻，错过了最佳时机。燕军则借此机会得到喘息，连夜往城墙上泼水，天冷结冰，待到次日，南军无法攀城进攻。与此同时，吴高因怯懦不敢应战，退守山海关，使得燕军得以顺利解救永平。朱棣解救永平后，迅速率师直趋大宁。
九、燕军偷袭大宁
建文元年（1399年）九月初一，江阴侯吴高率辽东兵攻打永平郡，形势对燕王朱棣十分不利。朱棣抓住李景隆踌躇不决的时机，于九月十九日率军前往救援永平。九月二十五日，朱棣在永平击败了吴高，成功解救了永平。然而，朱棣并未满足于此，他决定趁势偷袭十七弟宁王朱权的藩地大宁（今内蒙古宁城）。这一行动不仅能够增强自己的实力，还能进一步分散南军的注意力，将南军引至“空城”北平下。
九月二十八日，朱棣率军出师，传信给燕世子朱高炽，命令他坚守北平城。朱棣率领精锐部队，经小路于十月初六日抵达大宁城下。朱棣单骑入城，见宁王朱权，哭诉自己无路可走，请求朱权帮助，希望能向朝廷上书，谢罪免死。朱权信以为真，收留了朱棣。在居大宁期间，朱棣命令手下吏士入城结交并贿赂大宁的军官，为下一步行动做准备。
十月十三日，朱棣提出告辞，朱权在郊外送行。然而，当朱权来到郊外时，朱棣的伏兵突然出现，大宁军纷纷叛变，归附朱棣。朱权及其家人被迫随朱棣前往北平，而大宁的全部军队也被朱棣收编。这一行动使朱棣的实力大增，大宁成为空城，彻底失去了战略价值。
朱棣偷袭大宁的消息传到李景隆耳中，李景隆意识到北平城可能已成为空城，便率军攻向北平。南军在郑村坝（今大兴以东二十里）扎营，筑垒同攻北平九门。燕王世子朱高炽坚守北平，他遣人夜间偷袭南军大营，获得了一定的喘息时间。南军攻城急时，城中妇女也上城头向下投掷瓦石，协助守城。
南军唯一一次接近胜利的机会是都督瞿能攻张掖门（一说彰义门，据《方舆纪要》，彰义门即广安门，存疑）。瞿能率千余精骑几乎攻下城门，但因被李景隆所忌，不得不停止进攻，功败垂成。农历十月北平天气异常寒冷，燕军守城部队利用这一点，每夜汲水浇在城墙上，次日城墙结冰，南军无法攀登。南军因天寒地冻，战斗力大幅下降，攻势自此受阻。
十、郑村坝之战
建文元年（1399年）十月十九日，燕王朱棣在会州（今河北省平泉县）整编军队，分立五军（中、前、左、右、后）。十月二十一日，燕军进入松亭关（今河北宽城县西南）。十一月初五日，燕军渡过白河（当时已结冰，渡河处位于今北京顺义区东），并打败了李景隆的哨探陈晖部队万余人。当天，燕军与李景隆的大军在郑村坝（今大兴以东二十里）展开了激烈的会战。
在郑村坝之战中，燕军采取了灵活的战术，左右冲击，连破南军七营，李景隆的大军大败。当夜，李景隆见战事不利，下令郑村坝所有军队轻装撤退。数十万人的辎重全部遗弃，落入燕军手中。李景隆撤退时走得匆忙，没有通知围攻北平城的南军军队，导致燕军轻易击溃了北平城下的南军，获得了大量的物资。李景隆率军撤回德州，郑村坝之战以燕军的全面胜利告终。此战南军丧师十余万人，士气严重受挫。
建文元年（1399年）十一月初九日，朱棣回到北平城。由于之前（七月）上书没有得到回应，朱棣再次上书朝廷，陈述齐泰、黄子澄构陷宗藩的罪过，但建文帝依然没有回应。十二月，朱棣利用反间计，使辽东守将吴高被削爵贬黜，消除了东北方向的后顾之忧。
由于李景隆计划等来年（1400年）开春再北上攻燕，朱棣决定主动出击，攻打山西大同，以使南军疲于奔命。十二月十九日，朱棣率军出师攻大同。十二月二十四日，燕军抵达广昌，守将杨宗投降。建文二年（1400年）正月初一，燕军抵达蔚州，明军守将王忠、李远投降燕军。二月初二日，燕军攻打大同。大同是代王的封地，军事地位极为重要，李景隆不得不救援。待李景隆走出紫荆关后，燕军迅速从居庸关返回北平。南军在冰天雪地中白跑一趟，不仅兵力、装备大量损失，士气也受到重创。
建文二年（1400年）二月二十八日，李景隆给朱棣写信，请求暂时停战。燕王回信索要齐泰、黄子澄等人的处置权。有说法认为，李景隆自此有了二心，对朱棣的态度变得模棱两可。除了使南军白跑了一个月外，燕军在本次伐大同时意外遇到了从蒙古来降的军队，收编了这批兵力，进一步增强了自身的实力。此外，保定府也在建文二年（1400年）二月投降了燕军。
十一、激战白沟河
建文二年（1400年）四月，李景隆从山东德州，郭英、吴杰等从真定誓师北伐燕军，目标是白沟河（北拒马河）。南军的兵力增至六十万，燕军也出兵迎战。四月二十日，燕军渡过玉马河，驻扎在苏家桥。四月二十四日，燕军与南军在白沟河（战场位于河北省高碑店市新城县南三十里）展开了一场激烈的会战。
南军的先锋平安曾跟随朱棣出塞，熟悉朱棣的战法，因此在战场上设下了伏兵。燕军到达后，平安的伏兵突然出击，挺矛冲锋；瞿能父子也一同合击，燕军战斗失利。当时，南军郭英部也来到了战场，郭英在燕军撤退的必经之路上埋设了地雷，导致燕军撤退时损失惨重。朱棣亲自率军殿后，但夜间迷失了道路。朱棣下马趴在地上辨别河流的方向，才分清方向，回到大营。他命令军士提前用餐，准备次日的决战。
次日（四月二十五日），燕军与南军再次合战。瞿能、平安绕至燕军后方，攻其后军得手。朱棣见状不好，亲冒矢石，命令丘福冲击李景隆的中军，但未成功。朱棣亲自率军攻打，双方混战，飞矢如雨。朱棣先后换了三匹马，射光了三筒箭，宝剑也砍断，差点被平安、瞿能所伤。无奈之下，朱棣来到河堤上，举起马鞭，假装招呼援兵，李景隆见状果然生疑，攻势减缓；朱高煦此时也来援救，战事暂时缓和。
不久，瞿能再次引众搏战，大呼“灭燕”，形势再次对燕军不利。就在战事危急时，一股旋风刮起，刮断了李景隆的帅旗，南军顿时大乱。朱棣抓住机会，绕到李景隆后方放火。南军大败，瞿能父子被朱高煦阵斩。郭英等向西撤退，李景隆向南撤退，辎重全部丢弃，投降十万余人。李景隆撤回德州。
四月二十七日，燕军进攻德州。五月初七，李景隆逃往济南。初九，燕军进入德州，获得了大量粮食储备。五月十五，燕军攻济南，李景隆残存的十余万兵毫无战斗力，大败。李景隆再次逃走。燕军遂围困济南。
十月，朝廷召李景隆回南京。李景隆把六十万大军丢得一干二净，黄子澄、练子宁、叶希贤等上书，请求立斩李景隆，但建文帝朱允炆没有同意。黄子澄对于推荐了李景隆感到十分后悔。
十二、济南之战
李景隆在几个月的时间内一败再败，建文帝撤免了他的大将军职务，建文帝采黄子澄之谋，遣使议和以求缓攻，又任命盛庸为平燕将军，代李景隆统兵。盛庸屯兵德州，以遏燕军南下。
济南大明湖公园铁公祠
李景隆败退后，燕军围济南。右参政铁铉、盛庸坚守。朱棣射信入城招降，未果。 [75]建文二年（1400年）五月十七日，燕军掘开河堤，放水灌城。 [76]铁铉见势不妙，决定派千人诈降，诱朱棣进城。 [77]次日，朱棣前往济南，走到城门口时，城门预设的铁板落下，但略快了些，只打中了其所乘马的头。朱棣大惊，换马跑回。由于事出意外，断其后路等工作没能成功。朱棣逃回，大怒，围城攻打三个月。 [78]
由于济南的军事地位极重要，若取得济南，进可南下攻打，退可画疆自守，故燕军乘新胜之锐气，志在必得。不料攻城不利，朱棣愤怒之下决定使用大炮攻城，城中不支。铁铉见状，在一些木牌上写了“高皇帝神牌”几个字并挂在城头，燕军只得停止炮击。 [79]六月，惠帝见济南危急，遣使求和。朱棣不听。 [80]七月，平安进军河间，扰乱燕军粮道。 [81]朱棣进退不得，八月十六，撤兵回北平。盛庸、铁铉追击，大败燕军，收复德州。 [82]济南之战结束。
九月初十，朱允炆升铁铉为山东布政使，参赞军务，不久后升兵部尚书；封盛庸为历城侯，平燕将军，撤换李景隆。都督陈晖、平安为副职。南军重新进到德州、定州（今保定与石家庄之间）、沧州（今河北沧州）。
十三、东昌之战
建文二年（1400年）十月，朱棣闻报南军北上，决定在南军落脚未稳之际，夺取沧州，再度南下。于是下令出征辽东，暗中派人在直沽（今天津市中心）修建浮桥。十月二十五日，燕军从通州折转向南行进，日夜兼程，十月二十七日到达沧州，南军守将徐凯尚在筑城中；燕军仅用两天就攻下沧州，徐凯等投降。 燕军自长芦渡河，十一月初四到达山东德州。 [86]朱棣计划招降盛庸未果，于是转而南下。盛庸袭击燕军后军，但遭到失败。 十一月，燕军到达山东临清；朱棣决定扰乱南军的粮道，遣轻骑至大名，焚其粮船。燕军从馆陶渡河（卫运河，京杭运河的一部分；当时黄河夺淮入海），先后到达东阿、东平，威胁山东南方，迫使盛庸率军南下。 [88]盛庸将计就计，决定在东昌（今山东聊城）与燕军决战，并在阵中摆了大量火枪和毒弩。
十二月二十五日，燕军到达东昌。 朱棣仍然亲自率军冲锋，先冲击南军左翼，没有冲击成功；然后又冲击南军中坚，盛庸故意打开阵将朱棣诱入，然后合围，朱棣被南军重重包围。燕军大将张玉、朱能（一说还有朱高煦 ）分别引兵来救，朱棣死战，终于和朱能会合，逃离战场。但是燕军损失惨重：大量燕军被火器所伤，张玉被南军包围，最后战死。南军大将平安亦率兵赶来，与盛庸合兵作战。次日，燕军再次战败，遂北还。 在击退南军的阻截后，建文三年（1401年）正月十六日，燕军返回北平。 张玉战死，令朱棣悲伤的食不下咽。
东昌之战，朱棣多次濒临险境。但是由于朱允炆有“毋使朕有杀叔父名”旨意，南军将士惧怕战后反攻倒算，既不敢伤害朱棣，又难以活捉，只得放任自由；朱棣也恃此特权，单骑殿后，南军无可奈何。 但是东昌之战毕竟是靖难以来南军的第一场大捷。惠帝朱允炆十分高兴，建文三年（1401年）正月，恢复了齐泰、黄子澄的官职（建文元年十一月两人被罢免，但仍作为智囊留用 ；只是恢复齐的兵部尚书和黄的太常寺卿职务 ），并以东昌大捷告太庙。 [99]盛庸军势大振。燕军经此败，以后再南下，皆由徐沛，不再走山东。
十四、夹河、藳城之战
东昌之败之后，朱棣以此为耻，与道衍和尚姚广孝商议对策。道衍强烈支持朱棣再次出兵。 于是于建文三年（1401年）二月初九日，朱棣祭阵亡将士，并脱下袍子烧掉，激励军士。二月十六日，朱棣再次出师。当时盛庸驻兵二十万于山东德州，吴杰、平安驻扎在真定。朱棣决定趁南军两军分隔，先破盛庸一部。三月二十日，燕军探知盛庸在夹河（今河北省衡水市武邑县附近，漳河支流）驻扎，于是驻扎在距对方四十里的地方。
三月二十二日，燕军进兵夹河。盛庸仍结下坚阵，备大量火枪强弩。朱棣利用建文帝严禁伤害燕王之旨，亲自率几个轻骑兵掠过南军阵地侦查。盛庸不敢开枪，只得派出自己的骑兵追赶朱棣，不了了之。 侦查后，朱棣率领一万骑兵和五千步兵攻击盛庸军左翼，不能入。此时燕将谭渊望见已经开战，于是主动出兵攻打。盛庸部将庄得死战，会合盛庸军，斩杀谭渊。朱棣、朱能等则趁南军调动产生的混乱，趁暮色向南军后方猛攻，斩杀庄得。 盛庸稳住了阵脚，天色已晚，双方罢兵。此战杀伤相当，但燕军损失了大将谭渊。
当夜，朱棣率领十余人在盛庸营地附近露宿；三月二十三日清晨，朱棣发现被南军包围。朱棣再次利用禁杀之旨，引马鸣角，穿过敌军，扬长而去。南军愕然，不敢射箭。朱棣回到营中，鼓励众将“两军相当，将勇者胜”， [109]于是燕军在东北方向，盛庸军在西南方向，再次会战。燕军左右冲击，盛庸坚守，双方互有胜负。战斗打了三四个时辰后，突然刮起了强烈的东北风，尘埃蔽天。南军顶著风沙，根本没法作战；燕军则乘风大呼，纵左右翼横击之，盛庸大败，损失了数万人后，退回德州。吴杰、平安引兵准备会合盛庸，闻庸已败，退回真定。夹河之战结束。 [112]夹河之战重新确立了燕军的优势。闰三月初四，建文帝因夹河之败，再次罢免齐泰、黄子澄，谪出京城，暗中令其募兵。
击败盛庸后，朱棣进军真定。考虑到攻城较困难，决定诱敌出战。于是下令军中四出取粮，而用间谍向吴杰等透露此事。吴杰等见状，决定袭击燕军。 闰三月初九，两军会于藳城，遂交战。南军列方阵，朱棣则率精锐攻其东北角以破阵。燕将薛禄由于马失足被擒，但夺敌刀斩数人后，夺马逃走。此战大量燕军被南军的火枪和弓弩所伤，朱棣的帅旗被射得像刺猬一样；但是，由于朱允炆的禁杀之旨，朱棣本人反而没事。
次日，两军再次交战。在战斗中突然又刮起了猛烈的大风，南军不能支，大败而去。燕军四面围攻，斩首六万余级。吴杰、平安等逃回真定，坚守不出。 [116]朱棣将射成刺猬的军旗送回北平，令世子朱高炽妥善保存，以警示后人。 从白沟河、夹河到藳城，燕军三次得大风相助而胜，朱棣认为这是天命所在，非人力所能为。
十五、间接作战
夹河、藁城之战再次使南军损失惨重，正面战场的战事稍显缓和。南军转而采用谈判、反间、袭击后方等间接作战方式。击败平安后，燕军南下，先后经过顺德、广平、大名，并驻扎于大名。沿途的诸郡县望风而降，纷纷归附燕军。
朱棣听说齐泰和黄子澄被贬，上书和谈，表示“奸臣窜逐而其计实行，不敢撤兵”。建文帝朱允炆收到朱棣的书信后，与方孝孺讨论对策。方孝孺建议借此机会遣使回复，拖延时间，并懈怠燕军的军心；同时命令辽东等军队攻击燕军的后方，以备夹攻。于是建文帝在四月下令大理寺少卿薛嵓去见朱棣，传达诏书并秘密在军中散布相关消息。薛嵓见到朱棣，说“朝廷言殿下旦释甲，暮即旋师。”朱棣表示这连三尺小儿也骗不过，薛嵓无言以对。
五月初一，南军将领盛庸、吴杰、平安等分兵骚扰燕军的饷道。朱棣派遣使者进京，表示盛庸等不肯罢兵，必有主使。建文帝听从方孝孺的意见，将盛庸等人下狱（一说诛杀），和谈破裂。朱棣见和谈破裂，决定袭击南军的饷道，使德州的南军陷入困境。他命令都指挥李远率兵六千，换穿南军甲胄，从济宁南下。六月十五日，燕军瞒过南军到达沛县，成功焚烧了大量南军粮船，河中鱼鳖尽死。南军损失粮食数百万石，京师大震，德州陷入窘境。
七月，燕军进攻彰德，林县投降。七月初十，平安自真定趁虚攻北平，扰乱燕军的耕牧活动。朱高炽固守北平，朱棣分兵回援。九月十八日，平安与燕军交战不利，退回真定。由于河北战事不利，方孝孺想出了反间计，利用朱高炽（长子）和朱高煦（次子）的矛盾，先写一封信给守北平的朱高炽，令其归顺朝廷，许以燕王之位；然后派人告诉朱棣和朱高煦（随军）世子密通朝廷，以使燕军北还。但朱高炽得到信后，根本没有拆开，将朝廷使者连人带信一起送往朱棣处。反间计失败。
七月十五日，盛庸命令大同守将房昭入紫荆关威胁保定，据易州西水寨以窥北平。朱棣见状，只得回兵救援。他分兵守保定，并包围了房昭的山寨。十月初二，燕军与真定援兵和房昭军决战，朱棣命令勇士悄悄登山，在敌后大张旗帜。南军山寨见状大乱，与真定援兵一齐崩溃。房昭退回大同。十月二十四日，燕军回到北平。之后又击败了袭永平的辽东敌军。
至此，燕军靖难已有两年多。虽然屡战屡胜，但因兵力不足，无法巩固并扩张胜利，往往放弃新取之地。燕军仅能据有北平、保定、永平三个郡。
十六、燕军南下
建文三年（1401年）冬，燕王朱棣决定直接率兵南下，临江一决。道衍（姚广孝）也支持这一战略，认为不应再与盛庸、平安等南军将领纠缠，而是直趋京师。十二月初二日，燕军再次出师。十二月十二日，燕军到达蠡县（约在保定以南50公里），开始了南下的征程。
建文四年（1402年）正月，燕军先后击败了德州的一支分队和平安的部队，随后沿京九铁路和京广铁路之间的路线南下，直逼山东。正月十二日，燕军在馆陶渡过黄河；正月十四日，攻陷东阿；正月十五日，再攻陷东平；正月十七日，攻陷汶上；正月二十七日，攻陷沛县（今江苏沛县）；正月三十日，燕军先头部队到达徐州。
建文帝见燕军再次出动，建文三年（1401年）十二月，命令驸马都尉梅殷（建文帝的姑父，顾命大臣）任总兵官，镇守淮安。建文四年（1402年）正月初一，建文帝将迁往蒙化的朱橚（废周王）召回南京，并命魏国公徐辉祖率兵援山东。
建文四年（1402年）二月初一，南军将领何福、平安、陈晖进兵济宁，盛庸则进兵淮上。朱棣派兵袭击南军的饷道，进一步削弱了南军的后勤保障。二月二十一日，燕军在徐州击败了出战的南军，徐州自此闭城死守，不敢再出战。
燕军的南下行动迅速而果断，显示出朱棣卓越的军事才能和战略眼光。他避开了南军的主力，选择了较为薄弱的防线，迅速突破，一路长驱直入。南军虽然在数量上占优，但在指挥和士气上存在严重问题，无法有效阻挡燕军的推进。
建文帝在燕军南下的过程中，采取了一系列应对措施，但效果有限。梅殷镇守淮安，徐辉祖率兵援山东，但这些措施未能有效阻止燕军的推进。南军的将领们虽然尽力抵抗，但在朱棣的灵活战术面前，显得力不从心。
十七、灵璧之战
徐州坚守不出，朱棣遂不再理会，继续南下。三月初一，燕军进逼安徽宿州。三月初九，抵达涡河（今安徽蚌埠市怀远县以北）。平安见燕军一路南下，带兵来追，但在三月十四日的淝河中了朱棣所设的伏兵，只得退回宿州。三月二十三日，朱棣派遣将领切断徐州的饷道，铁铉等率兵围攻，双方互有胜负。
四月十四日，燕军进抵睢水的小河，搭建浮桥。次日，平安和何福领军试图夺桥，双方隔河僵持。数日后，南军粮尽，朱棣决定偷袭。半夜，燕军渡河绕至敌后，但徐辉祖的援兵恰好赶到。四月二十二日，双方在齐眉山（灵璧县西南三十里）展开激战，南军大胜，斩杀了燕将李斌。
南军的再次胜利加上暑热天气，使燕军陷入了困境。四月二十三日，燕军众将要求北返，择地休整，但朱棣坚决不同意，说：“欲渡河者左，不欲者右。”大部分将领站在左侧，朱棣大怒。关键时刻，朱能强力支持朱棣，表示“汉高祖十战九不胜，卒有天下”，坚定了燕军坚持的决心。
此时，朝廷误传燕军已兵败，认为京师不可无良将，遂召回了徐辉祖。四月二十五日，考虑到在河边不易防守，何福移营，与平安在灵璧（一作灵璧）深沟高垒，作长远之计。由于粮道被燕军阻碍，平安亲自率兵六万护卫粮草。四月二十七日，朱棣率精锐袭击平安，将其部队一分为二。何福全军出动救援，朱高煦也率伏兵出现，何福败走。
南军缺粮，何福与平安决定次日（二十九日）突围而出，在淮河取得给养，号令为三声炮响。次日，燕军攻打灵璧墙垒，进攻信号也是三声炮响。南军误以为是己方的号炮，纷纷夺路而逃。燕军趁势进攻，南军全军覆没。灵璧之战就此意外结束。此战燕军生擒了陈晖、平安、马溥、徐真、孙成等三十七员敌将，四名内官（宦官），一百五十员朝廷大臣，获马二万余匹，降者不计其数。只有何福单骑逃走。
灵璧之战彻底击溃了南军主力，此后燕军在长江以北再也没有遇到像样的抵抗。这一战役不仅展示了朱棣卓越的军事才能和坚定的意志，也暴露了南军在指挥和士气上的严重问题。朱棣通过灵活的战术和精准的战略决策，逐步扩大了自己的势力范围，为最终夺取皇位奠定了坚实的基础。值得注意的是，灵璧之战的发生地点与一千六百年前决定楚汉之争胜败的垓下之战相近，可谓历史的巧合。
十八、渡江进京
灵璧之战后，燕军向东南方向直线前进。五月初七，燕军攻下泗州，朱棣谒祖陵，表达了对祖先的敬意。盛庸在淮河设下防线，试图阻碍燕军渡河。朱棣尝试取道淮安、凤阳，但均受阻。五月初九，朱棣派遣朱能、丘福率士兵数百人绕道上游乘渔船渡河，从后方突袭盛庸，盛庸败走。燕军遂攻克盱眙。五月十一日，燕军向扬州方向前进，五月十七日到达天长（扬州西北50公里）。守扬州的监察御史王彬本想抵抗，但属下反叛，趁其沐浴时绑缚之。五月十八日，扬州不战而降。随后，高邮也归降燕军。
五月二十二日，建文帝朱允炆派遣庆成郡主（朱元璋的侄女、朱棣的堂姐）与朱棣谈判，表示愿意割地。朱棣识破了对方的意图，说：“此奸臣欲姑缓我，以俟远方之兵耳。”郡主无言以对，遂返回。六月初一，燕军准备从浦子口渡江，但遇到了盛庸最后的抵抗。燕军战不利，朱棣打算议和北还。此时，朱高煦率兵来援，朱棣非常高兴，说：“努力罢！世子常常生病啊。”暗示朱高煦有机会取得储君宝座，于是朱高煦大受鼓舞，率众殊死战，击败了盛庸。随后，中央军的一支水军部队投降燕军，燕军于六月初三日自瓜洲渡江，并再次击败退守此地的盛庸。六月初六日，燕军至镇江，守将率城投降。
六月初八，燕军驻扎于龙潭（距京师金陵东约30公里），朝廷大震。朱允炆在殿间徘徊，召方孝孺问计。有人提议逃往内地以图兴复，方孝孺表示城中尚有二十万兵，应坚守待援；即使真战败，国君为社稷而死，是理所应当的。可以再派大臣、在京诸王前往谈判以拖延时间。于是，六月初九，建文帝派李景隆、茹瑺等见朱棣，再次谈判；朱棣表示割地无名，只要奸臣。六月初十，建文帝遣谷王朱橞（建文元年逃回京城）、安王朱楹等第三次前往谈判，但无果。
六月十二日，外出募兵的大臣们仍未返回，朱允炆只得派在京诸王和武臣们守卫各门。时左都督徐增寿（徐达之子，辉祖之弟）谋内应，被一群文官围殴。次日（1402年7月13日），燕军抵达金陵。徐增寿作内应，事败，被朱允炆亲自诛杀于左顺门。守卫金川门（位于南京城西北面）的朱橞和李景隆望见朱棣麾盖，开门迎降。
燕王朱棣进入京城，文武百官纷纷跪迎道旁。在群臣的拥戴下，朱棣即皇帝位，是为明成祖，年号永乐。历时四年的“靖难之役”以燕王朱棣的胜利而告终。
结语
建文四年（1402年）六月十三，燕军抵金陵。徐增寿作内应，事败，被朱允炆亲自诛杀于左顺门。守卫金川门（位于南京城西北面）的朱橞和李景隆望见朱棣麾盖，开门迎降，是为金川门之变。 [158-160]燕军攻入金陵，江山易主。靖难之役结束。战争虽结束，与此相关的历史却在发展。燕王进京后，宫中起火，建文帝下落不明。有的说建文帝于宫中自焚而死，或云建文帝由地道出亡，落发为僧，云游天下，传说他于正统朝入居宫中，寿年而终。建文帝的真正下落已不可确考，成为明史上的一大悬案。