嘉庆二十五年（1820年）春，嘉庆皇帝要前往东陵祭陵。三月初七，内阁办理皇帝祭陵的出行准备工作：第二天嘉庆皇帝就要启銮前往直隶遵化州的东陵了，为期大约一个月。届时，大批官员随行处理政务，保持政令畅通。发号施令就要携带官印。因此，内阁大学士派笔帖式前往各部领取官印。
内阁笔帖式来到兵部，接待官员不敢怠慢，带上部堂书吏鲍干等人，陪伴来人前往兵部库房取印。走到存放印章的区域，看到兵部各司、厅、所的印信，逐一排开，摆放在案上。这些都是要经常取用的，在它们后面是两个大木箱子，里面存有兵部的大印。和朝廷各部院衙门一样，兵部有两枚大印，衙门日常使用的称为“堂印”，随驾出巡时使用的称为“行印”，即“行在之印”的意思。行在，指的是天子巡行所到之处。皇帝在外到达哪里，哪里就是行在。兵部堂印存放在第一个大木箱子里面的一个铁匣之中。第二个大木箱子里则存放着兵部行印，还有兵部知武举关防及行在武选司、职方司等官印。这些都是不常用的。一干人等走到第二个大木箱子前面站定。
这第二个大木箱子虽然有锁，但平日并不上锁。打开箱子，行印就放在里面的一个木匣之中。可是，几个人翻看木箱，却找不到木匣。大家立刻紧张起来，把木箱反复翻腾了好几遍，都找不到木匣。难道行印不见了？
兵部接待官员大叫起来：“赶紧找，每一寸地方都不能放过！”一群人分头在仓库的各个角落翻找起来。空气都似乎凝固了，安静得出奇，仓库里似乎只剩下人们紧张的呼吸声。不一会儿，本库的库丁康泳宁在屋角堆放得像小山一样的旧稿案顶上，发现了印匣。打开一看，空空如也。行印真的不见了！
在场的官员情知不妙，一边派人去报告兵部堂官，一边组织人手在仓库里翻天覆地地查找。很快，兵部尚书、侍郎等本部长官纷纷赶到仓库，扩大搜索范围，在整个衙门里外手忙脚乱了一天一夜，还是一无所获。当夜，分管兵部事务的内阁大学士明亮也来到衙门，和各位长官挑灯夜商。无奈，丢失衙门大印，事情太大、隐患太多，没人敢隐匿消息。事实上，兵部这一天闹得天翻地覆，人多眼杂，事情想捂也捂不住了。
三月初八，御驾刚行至汤山，嘉庆皇帝就收到内阁大学士明亮联合兵部尚书普恭、戴联奎等人的紧急上奏：兵部大印丢了！一场匪夷所思的闹剧，拉开了序幕。
印信是国家名器，是大小官员行使职权的凭据。历朝历代对印信的使用和管理，都有严明的制度。朝廷衙署掌握中枢大权，印信制度更为严明。各部之堂印通行天下，各省将军、督、抚、提、镇以为凭据，实属紧要，关系重大。堂印保管在专门的印房，设官吏全天候轮流看护。雍正三年，雍正皇帝下谕规定，中央各部拣选满汉主事各一人，专门掌管用印事宜。凡用印，必须严格执行印钥印牌制度。使用官员凭批准文书领印牌、印钥，取印时印牌押在印房，用毕还印后，取回印牌交差。保管官员收回印信检验无误后再行封存，并建立专项账簿，将用印缘由、次数、日期等记录清楚。此外，各衙门用印，除必须在衙门公堂使用、主要官员监临外，往往要求另有监印官，每用一印须加盖监印官衔名戳。以上所有规定，本意是为防止冒用官印。加上各部原有的仓库管理制度，各部大印的管理理论上是安全可靠的。谁想到，竟然会发生丢失大印这样低级的事故。
勘查现场，行印印匣子遗留在仓库内，明亮等官员据此认为是盗贼在仓库内行窃后，为了方便而丢弃的。存放兵部大印的大木箱里面，其他各处印信都完好。但是，其他印信都是铜质的，只有兵部行在印信及钥匙牌是银质的，而且是纯度极高的白银。盗贼窃走银印及银牌，明亮等人判断是窃贼贪图银子。
此处插叙一下清朝官印的材质。一般是拥有者身份越高，印信材质越好。皇帝之宝是用金、玉、梅檀木雕刻而成。皇族之印也称宝，用金、玉制成。中央各部、司、将军、都统等高官用银印；外派各行省官员随官职不同而使用银印和铜印。府、州、县官使用铜印。而低级官员、佐杂官员则用钤记，也就是木头刻制的印信。同样的材质，官印的用料考究，成色十足，比民间选材质量要好得多。
失印后，明亮等人自请“严加议处”，同时考虑到皇帝出巡期间的用印需要，旨以兵部堂印暂代。为查出实情，他们奏请将涉案之人和看库更夫皂役押交刑部，严加审讯。
嘉庆皇帝接到紧急奏报，百感交集。嘉庆皇帝个性温和、待人宽厚，在位二十多年来勤勤恳恳，却不断遭遇莫名其妙的事故。不是在紫禁城门口撞见刺客，就是查赈官员被赈灾的地方官勒死；不是各级官员置三令五申于不顾前赴后继贪腐，就是朝廷千方百计开源节流结果还是到处缺钱，“从来未有事，竟出大清朝”。如今又多了一桩怪事，那便是兵部把大印都给丢了！嘉庆皇帝已经出离愤怒，无言以对了。
兵部掌管天下军政，职责甚重，而行印有调动军队、钤发火票、批发军需等大权。先不说政令畅通的问题，万一行印落人歹人之手，遗患无穷。叛乱分子有了兵部大印，甚至可以起兵造反。事关重大，嘉庆即刻传谕，命令在京王公大臣会同刑部，缉拿嫌疑人，抓紧审讯，务必查出失印的详情；同时开始问责，先将兵部值班官员革职拿问，再追究兵部长官责任。其中，分管兵部的内阁大学士明亮，年已八十六岁，挂名管理却不经常到署办公，他负有领导责任，念其往日功勋，撤职、降五级处理；兵部尚书戴联奎，左侍郎常福、曹师曾，右侍郎常英，摘去顶戴，降级调离兵部。嘉庆皇帝对失印事件非常生气，对近年来曾任职兵部的松筠、和世泰等大臣也逐一点名，叫他们听候调查结果，再接受处理。兵部长官中，只有现任右侍郎吴其彦，因为到任不久，且出差在外，侥幸免于处分。
嘉庆皇帝另调王公大臣负责审案，由庄亲王绵课牵头，内阁大学士曹振镛、吏部尚书英和协助，刑部堂官参加，组成专案组进驻兵部。
绵课等人勘查现场，发现存放行印的木箱已现腐朽，印匣在屋角旧稿堆顶上，符合窃贼偷印的特征。再翻看出入库记录，发现嘉庆二十四年秋天皇上去木兰围场行围狩猎的时候，兵部行印随同前往，秋围结束时办理入库。经办官员是兵部当月值班的主事何炳彝、笔帖式庚禄。讯问两人，他们都记得嘉庆二十四年九月初三，行印归还了兵部，两人开匣点验无误后送回仓库。何炳彝告诉专案组：“当天行印到司，庆禄说印信关系紧要，必须亲自查看。我向庆禄开玩笑说，你坚持要开匣验看，难道还怕被人换成石头不成？”庆禄说：“当日是书吏鲍干将印匣打开，取出行印，我用手指弹了几下，行印发出“当当”的声音，确实是银子的响声。”庆禄又信誓旦旦地说：“如果行印入库时，印匣中无印，我愿以头颅作抵。”同时，当时在场负责听信传事的高级差役管帼林也作证，说亲眼见到何炳彝、庆禄开匣看印。这多条供述可以证实：行印的失窃时间是在嘉庆二十四年九月初三日至嘉庆二十五年三月初七之间。在这半年时间里，凡是进出仓库牵涉之人，包括值班官员、用印人员、办事书吏、看守兵丁差役等都是嫌疑人。专案组和兵部将这些人员都开列名册备查，多达数百人，加上嘉庆皇帝下令收押的去年秋围期间接触过行印的书吏、差役等数十人，排查的过程繁复、嫌疑人众口纷纭，案件审讯的工作量巨大，犹如大海捞针。可是，专案组除此之外也没有更好的侦破思路，只好硬着头皮奏报嘉庆皇帝。
嘉庆原本还怀疑大印是否是在库房失窃，或是在使用时失窃在外，后来接到绵课等人奏报也认为是在库失窃。窃贼能够进出兵部衙门且盗印携出而不被发觉，嘉庆认定是“内贼”所为，极有可能就是兵部的书吏、差役行窃。因此，嘉庆和专案组把审讯重点放在了兵部书吏和差役身上。
专案组进驻后，将取印当日接待书吏鲍干、看守库门的兵丁、进出仓库的库丁和多名杂役最先送交刑部审讯。通过对书吏等的审讯，绵课等人了解到，兵部仓库的门钥匙由值班官员保管，用印时派人领取，由官员随同领印之人一起到达库房，再将钥匙交给库丁入库取印，库丁出库将钥匙交回。每次开库都有多人在场，想要偷走一颗高纯度的白银大印，非常人所能做到。但是，兵部库房都被翻了个底朝天好几遍了，行印还是不见踪迹；而登记簿上明明记载嘉庆二十四年九月初三行印查验入库无误，那么只能是有人在这期间把行印给偷走了。
书吏鲍干，既是发现失印的当事人，也是去年行印入库的经手人，是最重要的人证，最先受到了重点审讯。鲍干上堂后，绵课等人见他身材不高、体形瘦弱、衣着普通、相貌老成，一副典型的中年刀笔小吏形象。专案组讯问他行印保管情况，鲍干的回答与其他人相同。另外，他还供称嘉庆二十四年九月三日行印入库贮箱之后，十三日曾有本部书吏周恩绶请领知武举关防，十六日送回，当时并未见缺少行印。专案组随即传讯周恩绶。他也供称去年用印时，与鲍干一同入库交印。鲍干将印交回并装入铁匣，陪同的是兵丁张幅受和杂役贺殿臣，张提灯照明，贺揭开箱盖。张、鲍二人随即被带来讯问。这两个人见识有限，受审时紧张加上恐惧导致胡言乱语，一会儿说没进库门，一会儿又说是用钥匙打开的木箱。绵课见不着边际，挥挥手带下堂去。
当日找到印匣的库丁康泳宁也受到了重点审讯。专案组对他就不怎么客气了，连日严刑伺候，拧耳朵跪铁链，拷问的重点就是他如何知道印匣在旧稿堆的高处。康泳宁坚持称是当天临时找到的，而且是和杂役纪三一起找到的。纪三承认九月初三和康泳宁一同爬上稿堆，找到了空匣。当时康泳宁情绪激动，大喊“有人害我”。专案组问康泳宁“谁要害你”，康供称是经常送本子进库的差役何氏父子，数年前曾和自己争夺库丁的缺位，积下嫌怨。失印当天，康泳宁自知看守之责难逃，脑海中首先怀疑是何家有意陷害自己。何家父子随即被抓到刑部大堂拷问，但他们一问三不知。绵课令他们与康泳宁当面对质，结果把双方家长里短鸡毛蒜皮的事情问出来一大堆，撕咬得越来越厉害，越来越不像在查案，倒像是在处理社会纠纷。
在讯问过程中，差役任安太进入专案组的视野。任安太是传信差役，经常出入仓库，具备作案条件，同时有人揭发他与民妇孙氏勾搭成奸，对孙氏出手阔绰。任安太、孙氏迅速归案严讯。孙氏将与任安太通奸夜宿、任安太每月赠予钱粮等事交代得清清楚楚，但一说到行印就茫然无知。绵课等人看这孙氏披头散发，那任安太畏畏缩缩，不像是有胆盗窃大印之人，更像是普通的奸夫淫妇，问不出什么也就放到一边。
在大海捞针般的审讯初期，专案组多路并进，有疑必查，希望能从海量信息中筛选出有价值的线索？果然，重点审讯的鲍干透露出来一条线索。他揭发本部书吏周恩绶觊觎大印、之前多次求情舞弊：
嘉庆二十四年十二月间，兵部武选司江西科书吏金玉林、唐宝善找到鲍干，说有事求他盗用堂印盖几个章。鲍干没有答应。之后，曾经在部堂和鲍干做同事，后来选充武选司江西科书吏的周恩绶亲自出面，屡次向鲍干与另一个部堂书吏陈政求情，说有一道假札，须用堂印，承诺用银子换取盗用堂印一用。鲍干还是没有答应。嘉庆二十五年二月十八日，兵部司务厅书吏许垚奎邀请鲍干赌博，鲍干输了京钱一百吊、白银五十两。这是一笔大数目。许垚奎情愿只要白银三十两，条件是有事求鲍干帮忙。鲍干便问何事，许垚奎说还是周恩绶的事，求盗用大印盖章。许说，行文手续什么的都不用他操心，只借大印一用，要求不要声张。鲍干踌躇再三，还是不敢答应，也没有举报揭发，更没有向周恩绶当面提及此事。本月初九，兵部将他送刑部审问，周恩绶借机拉住他，叮嘱不要供出自己。
周恩绶图谋作弊，疑点很大，专案组认为是一条重要线索。
专案组迅速提来周恩绶等人严讯。兵部堂书陈政证实周恩绶确实曾两次央求他和鲍干盗用印札，许垚奎也供认聚众赌博，赌赢后利诱鲍干盗印。周恩绶一开始拒不承认，经与鲍干、陈政、许垚奎三人对质，才交代了缘由：
江西省绿营军官郭定元寻求升迁，由于已经四十八岁了，怕年龄过大影响升迁，恳求武选司江西科书吏沈文元将档案年龄改小了五岁，沈文元暗中帮忙做了改动。结果到了两江总督衙门那里，发现郭定元年岁不符，咨请兵部核看履历原件。这就给沈文元出了难题。他当时正要由吏转为官，机会难得。为了奖励长期兢兢业业、卓有成绩的吏员，清朝给书吏设计了由吏转为官的入仕途径。虽然只是从九品小官，但却是身份的质变。沈文元生怕查出修改档案一事，便找到鲍干、陈政帮忙偷盖大印以便回复两江总督衙门。二人不同意，沈文元又转托周恩绶。周恩绶三番两次都没能说服鲍干，就用一张空白札付，私自填写改换年龄的档案冒充原件。沈文元给了周恩绶五十两银子。这是一桩舞弊案中案，但舞弊者觊觎的是兵部堂印，而非失窃的行印，且最终也没有得逞。专案组判断，周恩绶舞弊应该与行印失窃无关。
查案初期，专案组没有特定侦破方向，没有特定嫌疑人，审讯多头并进、全面开花。受审的书吏差役们口供繁杂，加上随意指认，议者纷纭，专案组千头万绪，核查任务繁重。即便查了，真假难辨，更加云里雾里。承审官员叫苦不迭，而临近秋审，其中的刑部官员要准备正事，纷纷借机离开。刑部官员是专案组的主审人员，经验丰富，审案全靠他们。他们离开后，审讯人手严重不足，失印案虽然没有停止，但实质上已经停顿不前了。
四月三日，嘉庆皇帝谒陵回到大内，仍然没有见到失印案的审讯报告。庞大的专案组用了将近一个月时间，竟然对案子还毫无头绪！嘉庆下令将绵课罚俸半年，曹振镛、英和及刑部堂官各罚俸半年，承审此案的其他官员罚俸一年，严令他们从次日起每天赴刑部审案，早去晚散，不可懈怠。
在皇帝严令之下，审讯工作迅速升级。所有官员云集兵部，调集人手把衙门大院和毗邻民房仔细搜检，就连房屋内的炉灶及院内浮土都不放过，一一刨开察看。强光照耀之下，任何污泥浊水都暴露无遗。
专案组首先发现兵部衙门聚众赌博现象严重。每天下班之后或长官不在，该部从大堂到厨房都成为赌场。库丁在水房赌钱，差役在厨房聚赌，衙门里喝来喝去，乌烟瘴气。其次，兵部的官员值班制度并没有贯彻落实。当月官员夜间并不在署值宿，偶尔有一两人在署过夜，也是次日一早就回家，没有做到随时有人。
本应当由官员掌管的堂印及库门钥匙，白天由当班兵役掌管，夜间交值宿书吏收存。钥匙管理混乱，作弊隐患巨大。再次，专案组发现兵部仓库后的围墙有新堵上的门形。经讯问，原来是衙役黄勇兴因为儿子要娶媳妇，想将花轿穿衙而过，就在嘉庆二十四年九月十一日凿开了兵部仓库的后墙，直通街外。失印案发当日，他才匆忙堵上门洞。专案组要捉拿黄勇兴问话，发现其已于嘉庆二十五年四月初一病故。同时，专案们还发现领班衙役靳起凤在仓库后头居住，他的小院也有后门通往大街，只是加了封条而已。至于专案组问话的兵部官员，很多人一问三不知，对所管工作生疏得很，更不用谈对衙门和属下书吏、差役们的掌控了。
大印丢失杳无音讯，兵部政务废弛、漏洞百出的问题却一览无余。兵部官吏玩忽懈怠到了极点，种种规章制度形同虚设，在这样的大环境中丢失大印也就不足为奇了。作为天下最高军政机关的兵部，不能做到戒备森严固若金汤，起码也得做到工作有序、照章办事，为什么会出现如今这般颓废荒唐的景象呢？
兵部官员们难辞其咎。兵部设官员两百多名，但日常在署办公的估计不会超过二十名。客观而论，传统政治下的官员所学非所用，加上调转频繁，对业务工作很生疏。而兵部事务又是专业性比较强的工作，不是读圣贤书出身的文官们能轻易驾驭的。所以，绝大多数的兵部官员来了衙门，也没有多少公务处理能力，只能依靠下面的书吏和差役们。吏役群体长期盘踞衙门，熟悉规章制度，又利用长官们的畏难情绪，上下其手，营私舞弊。主观而论，评判官员职业生涯成功与否的核心标准或者说唯一标准，便是品级的高低。兵部官员们追求的不是政绩出色、业务精湛，而是早日升迁，因而，他们势必将时间和精力投向攀缘逢迎、交际应酬。平步青云春风得意之人，多是孜孜以求仕途之人。埋头工作处理政务的官员，被官场视为异类甚至是笑话。首先，工作越多出错越多，清朝官员考核严格，公务差错会耽误升迁，得不偿失。工作越多越占用的时间和精力越多，这影响迎来送往谋求升迁。因此，当官和做事渐渐成为对立名词。在清朝，寻求当官者不干事，认真干事者升不了官。官场给初入仕途者传递了这样的信号：要想升官，就别埋头干事。其次，清朝衙门办公条件简陋。各衙门缺乏办公经费，官吏需要自筹费用办公；衙门的冷板凳也不好坐。吏部官员何刚德记载清朝吏部值班的当月处“屋极湫隘”，夜里“阖署阒无一人”，给值班官员的晚餐菜只一碗两碟，清苦得很。吏部如此，兵部类似。可是各部又不能没有值班官员，这项苦差就交给了新分配到部、资历浅的新任官员了。明了上述情形，兵部官员不在兵部办公便可以理解了，他们能定期到所管衙门点卯报到就算应付工作了，稍微负责一些的，不时地蜻蜓点水般查问一下书吏们经办的公文，其实也是一知半解不明所以。
嘉庆皇帝得到报告，降谕痛骂兵部：“各衙门当月司员，在署直宿，库门印钥即其官守，乃并不自行监管，全委之吏役人等，听其取携自便，启闭随时。至官廨为办事公所，门户墙垣关防紧要，乃以皂隶贱役，辄敢穿穴围墙，自辟门径，其娶媳妇之花轿嫁妆竟穿衙门而走，而堂司官竟毫无见闻，全同木偶，实属溺职。即此二事，可见该衙门废弛已极。”
在皇帝看来，整个兵部都烂掉了，完全没法要了。嘉庆掀起了第二波严厉的问责浪潮。以仓库后墙开洞的日期为节点，涉及官员都遭到处分。直接相关的官员立刻革职，没有保管钥匙的官员永远停升。对兵部堂官的惩罚最能说明严厉程度：去年时任兵部尚书松筠是治边有功的元老重臣，现已调任盛京将军，年近古稀，因本案降级为山海关副都统；继任兵部尚书和世泰是皇后的亲弟弟、嘉庆的小舅子，且在任不到半年，嘉庆也毫不犹豫将他革职，同时革去御前侍卫、正蓝旗满洲都统等职位，仅保留总管内务府大臣；刚刚来兵部代理尚书的普恭，上任才五天时间，也受到“降三级留任”的处分。在第一波问责浪潮中已经遭到降级的戴联奎、常福等四位堂官，现在改为革职。可以说，兵部前任和在任官员几乎清洗了一遍，以为玩忽职守者戒。
严惩只是善后，并不能帮助破案。又过了半个月，四月十七日，兵部失印案还是没有审出实情。专案组由庄亲王绵课领衔上奏，自请处分。此举看似无奈，其实是脱身之计。专案组诸位审讯了一个半月，拷问上百人，连有价值的破案线索都没有找到，实在无计可施，希望通过处分自己由皇帝另派他人接手这个烫手山芋。
嘉庆皇帝也认为专案组无能，同时认为失印案经过绵课等人多日审讯，嫌疑人口供屡次更改，此时再另委他人审理于事无补，更加拖延时日。嘉庆的态度是，绵课等人既要受处分，也要继续审出实情。于是下令将绵课等人先行拔去花翎，曹振镛等人降为二品顶戴，严令他们加紧审讯，限定在五月五日之前查出窃贼或起获行印。如能限期前破案，予以开复；否则，将于六日另行降旨治罪。
专案组脱身不成，只能硬着头皮继续“磨”案子。压力有时候真的能激发破案的潜力。绵课等人重新梳理案情，发现口供之中存在疑点。兵部衙门形同赌场，书吏差役们聚赌成风，那么赌资从何而来呢？其中，赌资玩得最大的是书吏们。兵部书吏胆大妄为到在办公区域及各书吏家中轮流聚赌，输赢高达数十两甚至上百两。而他们的合法收入每月才区区几两饭食银。其中输得最惨的就是最早的重点审查对象鲍干。鲍干于本年二月间曾在许垚奎家中输了一百吊京钱和五十两银子，输红了眼要一注押二百吊，其他赌徒不许。鲍干当场翻脸嚷骂，为多人所证实。鲍干这个中年书吏，看似老实，想不到隐藏着亡命赌徒的一面。
进一步调查发现，行印的入库和请用，鲍干都是主要经办者；发现失印时，鲍干毫不慌张，在其他人四处查找的时候提出以车驾司的行印充抵；受审时，鲍干多次揭发别人，提供了多条办案线索，都查而无用。鲍干充当兵部书吏多年，凡事肯帮忙、有担当，在书吏中有威望，看似不起眼，其实是书吏群体的关键人物。承审的刑部办案老手们的直觉判断，这个人身上有故事！
专案组把鲍干定为重点嫌疑人，严刑拷打。鲍干确实“有故事”，咬牙硬撑，顶住了刑部的刑讯拷问。不管刑部用什么方法，鲍干继续东拉西扯或者坚决否认，就是不吐露有价值的信息。刑部官员经验丰富，对鲍干使出了审案的“大招”——熬审。
所谓“熬审”，就是审案者轮番上阵，嫌疑人昼夜无休，连续不断受审。熬审之下，嫌疑人不是突破生理和心理极限，如实招供，就是难免精神恍惚，露出破绽。审案者根据嫌疑人供述细节上的疑点，或者利用供述前后矛盾冲突之处，找出漏洞，深挖下去。刑部官员也不再拷打鲍干，而是不让鲍干睡觉，反反复复讯问行印出入细节。鲍干起初供述还很正常，好几天没有睡觉后，反应开始迟缓、回答的内容开始游离，在说到去年行印入库情形时提到何炳彝等人只于印囊外加封，并未开启印匣。
然而，之前何炳彝与庆禄两人可是明确说过亲手打开了印匣，目睹大印无误后再办理入库的。庆禄还信誓旦旦地用脑袋担保呢。如今，入库的目击者鲍干却说没有开匣检查，这可是一个重大纰漏。何炳彝、庆禄迅速被提到刑部接受严厉审问。二人起初坚持大印正常入库。但刑部官员有备而来，存放兵部行印的印匣是有木屉的，同时印囊上有四五个骨扣，而从稿堆上寻出的空匣并没有木屉，囊上也只有一个铜扣，也就是说失印现场发现的匣子，根本就不是装载行印的匣子！这是怎么回事？何炳彝、庆禄两人在证据面前惊慌失措，胡言乱语几句之后不得不承认去年秋围结束以后，兵部行印归还仓库，他们两个人只瞟了一眼就让入库了，根本没有查看。匣子里有没有大印，谁都不知道！三月失印案爆发，两人为了撇清责任，串供咬定行印正常入库，严重误导了专案组的思路。
专案组之前是判断行印于入库后在仓库失窃，如今看来查案的重点要提前到去年秋围期间。大印是否在秋围期间就已经丢失，又是谁办理了虚假入库？
经查去年秋围期间，兵部尚书对行印的管理严格，大印存放在中堂账房，钤用时登记领取钥匙，就在账房加盖。但是，车驾出行期间的大印运输就疏于管理。兵部安排了四名书吏每日轮流背印，在背印和下宿环节都缺少严密的管理制度，听由书吏携带。审讯的重点自然转移到了去年随行的书吏身上。
四月二十三日，随围书吏王振纲在拷打之下招供：兵部行印有两个匣子，其中有一个木匣是备用的，平日放在兵部捷报处，防备着正式的印匣损坏后替换。两个匣子在木屉、锁扣等细节上存在差异。专案组前往捷报处查看，发现备用木匣也不见踪影了。捷报处书吏俞辉庭、朱宪臣嫌疑巨大，随即收押严讯。俞朱二人供称听说行印失窃后，怕被牵连，私下把备用印匣烧了，事后将匣上铜扣埋在捷报处后院。去后院起获所埋铜扣后，经过比对，根本就不是印匣原件。如此一来，俞辉庭二人的嫌疑更大了，等待他们的是大刑伺候。俞辉庭的抗压能力不强，而且案子查到这一步，证据确凿，辩无可辩，很快便全盘招供：
嘉庆二十四年八月二十八日夜，秋围大队伍在归京途中停歇在靠近金山岭长城的巴克什营。随围背印的书吏到了晚上把行印交给捷报处保管。当晚值班的捷报处郎中是五福喜。五福喜将行印交给书吏他尔图，随即带领几个人赶往前站。他尔图将行印拴在营帐中间的杆上，拜托书吏俞辉庭照看，自己去吃饭玩耍了。俞辉庭也是倒霉，一路倦乏了，不知不觉在账房中睡过去了，等醒来发现大印不见了！
俞辉庭吓得四下寻找，印匣就是不见了踪迹他知道丢失大印，罪责很重，万分恐慌之下不是向长官汇报，而是想到如何去遮盖掩饰。书吏群体把持政务隐私舞弊的行为惯性，使他们遇到问题不是按照规章制度解决，而是粉饰平安、掩盖撒谎。问题越大，掩盖的本领就越大。俞辉庭首先想到捷报处有行印的备匣，随即取出来；又用黄布包裹金钱试验重量，直到装入金钱一吊五百文最接近行印的重量，俞辉庭便将这些钱装入匣内锁好，使得匣子端起来手感最像真的；再伪造封条，将匣子封妥，仍旧拴在原处。书吏他尔图回来，不知情况有变，背上印囊就赶往下一程。
暂时蒙混过去后，俞辉庭不能心安。第二天向朱宪臣透露此事，嘱咐他不要声张。抵京后，俞辉庭盘算着如何骗过入库和出库环节。他发现书吏鲍干是关键角色，能够在出入库环节经手掩盖，便邀请鲍干到饭馆喝酒，将内情和盘托出，并且央求他设法蒙混入库。鲍干一开始是拒绝的，俞辉庭许诺酬谢白银五十两，鲍干就答应了下来。鲍干分析，行印入库时，值班官员通常不会打开验看，俞辉庭的假印可以蒙混过关，但是第二年请印就很难掩盖了。俞辉庭哀求他想个办法，鲍干心中没底但也暂时应承了下来。
负责保管行印的书吏他尔图还蒙在鼓里，于九月初二将行印上缴捷报处。值班郎中还是五福喜。他果然看都不看，就禀报时任兵部尚书松筠，说秋围已经结束、没有再用到行印之处，请将印匣钥匙、钥匙牌封作一包，连同被调了包的假行印木匣一起交给乌林太。乌林太也没有查看真伪，就随同笔帖式中敏于第二天送到兵部仓库。九月初三当日，乌林太、中敏二人在兵部衙门口会齐，一同进署，将“印匣”及钥匙、钥匙牌都交给值班主事何炳彝接收。何炳彝也没有开匣验看。一会儿，值班笔帖式庆禄来到，与书吏一起写好封条，由鲍干粘贴送入仓库。从始至终，没有一个官员想到要按照规章制度来查验真伪。假印，就这样堂而皇之地进入仓库。
转眼到了第二年，又到了用印之季。俞辉庭又找鲍干商量掩盖。书吏的行为逻辑，除了发现问题一味掩盖问题之外，在问题实在没有办法掩盖的时候，就习惯于炮制新的问题覆盖旧问题。总之，不能让问题暴露出来，得过且过，书吏的职业生涯能糊弄过去就算成功。鲍干想出了“制造假案”的主意：他找到仓库值班差役管帼林，说服他一同伪造行印被窃的现场。管帼林索要钱财，鲍干给了京钱二十吊，管帼林就答应了下来。三月初四夜晚，鲍干让管帼林打开仓库，同时在外望风，自己独自入库揭开大木箱盖子，捧出假的印匣，用俞辉庭所给钥匙开启小锁，取出钱包，把空匣子放到旧稿堆之上，伪造了一场“失印案”。
为了应付检查，鲍干还与管帼林订立了攻守同盟，约定了几天后取印的表演。大家按照剧本演出了失印当天的一幕。鲍干或许是对自身演技太过自信，私自“加戏”。原本商量好将印匣的钥匙、钥匙牌扔进火炉销毁，鲍干也许是想留个纪念，也许是见钥匙和小锁可爱，竟然带回家中存放。这就成了鲍干作案的关键物证。拿到俞辉庭的供述后，刑部搜查了鲍干家，就起获了印匣小锁和钥匙，经与现场遗留的备用印匣鼻扣试套，正相符合，坐实了鲍干的犯罪。
鲍干确实是经验老到的朝廷老吏，阅历丰富，心理素质高超，即便和俞辉庭当面对质，仍然百般抵赖。直到把在他家中柜底搜出印匣小锁和钥匙摆在面前，鲍干这才低头认罪。为慎重起见，专案组还取来一千五百文做实验，用布包裹放在匣内，手感确实沉甸甸的、很平稳，像捧着真的印匣。
沸沸扬扬多日的失印案，竟然是书吏先监管不力丢失行印、继而集体造假掩饰的闹剧。案件发生大半年，一切都发生在兵部长官的眼皮子底下，竟然没有一人察觉。其实，鲍干等人的剧本，掩饰环节不少、涉及人员众多，官员们稍微掌握本部门的人员和业务情况，就能识破闹剧。可惜，荒怠昏庸的兵部官员平日对工作并不上心，破案后面临更加严厉的问责。
时任兵部尚书松筠，身为兵部堂官，对堂印负有保管之责。他竟然委托给捷报处官员，捷报处官员又推给书吏，书吏也不把管印当一回事，散漫松懈，导致大印被盗。松筠除主动抛弃保管职责之外，又有失察之罪，且对部门管理松散导致部门工作风气不正，罪上加罪，再革去山海关副都统。松筠久历行伍，历任军队要职，且长期驻守边疆，称得上是当世名将。可怜他在古稀之年降为骁骑校。骁骑校是低级八旗军官，正六品。松筠从宰辅高官因此案一路跌落到小小骁骑校，夹着被褥去印房值宿。有人劝阻，松筠淡然说道：“军校之职，提钤值宿而已。余虽曾任大员，敢旷废厥职者。”时任署理行在兵部侍郎的裕恩，革去侍郎、前锋统领、副都统官职。当时值班的捷报处郎中五福喜、送印的笔帖式中敏有违职守，革职。值早班的郎中恒泰也没有发现行印失窃，交部议处。最恶劣的是兵部仓库值班官员何炳彝、庆禄，没有按照制度开匣验看在先，推卸责任编造谎话在后，错误引导办案方向，革职发往边疆效力。因为庆禄夸下“愿以头颅作抵”的海口，形同光棍无赖，附加枷号一个月，期满后再押解边疆。该案的主要责任者，俞辉庭枷号一月，然后发往伊犁给兵丁为奴；鲍干则枷号两月，期满后发黑龙江给兵丁为奴。绵课、曹振镛等专案组官员最终破案成功，撤销之前的处罚，官复原职。
兵部失印案的台前表演结束了，演员们都遭到惩处了。然而，案子远没结束，幕后的真相依然隐藏在黑暗之中。那就是：兵部行印究竟去了哪儿？偷印的人又是谁，偷了印想要干什么？案子迅速进入了第二阶段，也是更重要的阶段：抓贼寻印。
去年秋天丢失行印的巴克什营地方，在案发不久后遭遇严重山洪，街道房屋遭到清洗，居民星散。如今在当地清查窃贼，非常困难。嘉庆皇帝命令直隶总督方受畴、直隶提督徐锟广撒网密搜查，暗中派遣探员在长城口内、口外各店铺、歇脚处查访行印盗贼，同时在当铺钱肆中查访从去年秋天至今有没有拿熔铸的高纯度白银换钱的人。方徐二人选派了精明强干之人，乔装打扮，分头查访。那一段时间，秋围沿途的村镇关隘、河道码头、沟壑溪流、旅舍店铺，都出现了一批批密探，反复查问可疑人员。直隶省还派出探案精英，化装成商人，专门到当铺打听有没有高成色的银饼。直隶官府同时希望在盘查兵部往来公文上打开缺口，试图发现失窃日期之后加盖行印的文书。一旦找到这样的“假公文”，就可以通过使用者倒查来源。可惜，兵部行印失窃后就没有留下任何印记，没有一纸加盖行印的公文。
直隶提督徐锟对查案尽心尽职，将从巴克什营到密云的百里长途，分作三段，每段三十余里，派二名军官、六名官兵专职负责，穿梭巡视。徐锟还在内部设立赏格，寻找线索。但是费了许多力气，窃案还是茫然无绪。徐锟不气馁，把眼线撒往周边偏远地区。可是嘉庆皇帝先放弃了，批示道：“此印大约难得!”
丢失的大印确实难得，之后再也没有出现过。没人知道盗贼到底是谁，他为什么没有使用此印。按说，兵部行印威力巨大，加盖一个公文就能谋取巨大的利益。可是，假冒兵部公文的风险非常大。尤其是行印只能在皇帝出巡时才能使用，生效时间很短。那么，能否交易行印变现呢？也不行。盗贼不可能拿着行印在黑市吆喝：“兵部大印，新鲜出炉，欲购从速！”黑市从业者也讲究安全第一，接手大印的危险太大，估计除非江湖宗师不敢交易？谁拿着大印，就会惹祸上身。所以，兵部行印失窃后，就如石沉大海，再没有现身了。此案最大的可能是某个小毛贼因为偶然，从酣睡的书吏身边窃得了大印，发现赃物身份后吓坏了，始终捂在手里，或者干脆又丢弃到犄角旮旯了。
行印不可复得，嘉庆皇帝命令礼部重铸了新的行印。为了与旧印有所区别，防止旧印“重出江湖”，新印的印文和印式略有改动。新印所需的银两及工钱，勒令时任兵部尚书松筠和署理兵部侍郎裕恩缴纳。嘉庆还通令朝廷各部院堂官到任时要瞻拜堂印和行印，皇帝出巡时各衙门行印必须存放在钥堂官的账房内。堂官必须亲自保管钥匙，且在行印返京归还时，必须亲自验收。嘉庆皇帝亡羊朴牢，务求杜绝印信丢失的低级事故。
嘉庆皇帝希望通过严格制度来堵塞漏洞，殊不知任何制度都要落实到执行者头上。没有人认真踏实的贯彻落实，任何制度都是空中楼阁，一纸空文。人是大环境中最活跃、最关键的因素。兵部行印失窃案充分说明，完备的制度在松松垮垮的执行者面前，变得形同虚设，导致严重后果。从另一个角度来讲，拥有制度执行权的官员们，不作为或者胡作为，也是滥用职权。他们比简单的执行不到位，危害更大。规章制度如此，法律也是如此；兵部官员们如此，所有掌握公权力的人群亦是如此。不改变清朝官制的主体框架，就不能锻造出埋头实干、认真负责的官员队伍，嘉庆皇帝的亡羊补牢还是逃不出“头痛医头，脚痛医脚”的窠臼。事发之后清朝虽然没再发生大印丢失的闹剧，但书吏们盗印盖章、买卖公文的现象一直存在，至于文过饰非的交易就更普遍了。
兵部失印案几位主要官员，则继续活跃在政坛上。嘉庆皇帝去世、道光皇帝继位后，绵课、曹振镛延续高位，尤其是曹振镛从政超过半个世纪，历经乾隆、嘉庆、道光三朝，最后官至内阁大学士、军机大臣。因为丢失大印遭到重罚的原兵部尚书松筠，在晚年也得以东山再起。嘉庆皇帝逝世后，继位的道光皇帝在葬礼上看见年迈的松筠，不胜悲怜，扶住他哭了起来，第二天就任命他为都察院左副都御史。松筠此后历任左都御史、都统，道光元年再次出任兵部尚书，后调任吏部尚书、军机大臣。巧合的是，松筠和曹振镛两人都病逝于道光十五年，前者享年八十三岁，谥号文清；后者享年八十岁，谥号文正，都是清朝后期历史上从政时间长、留痕众多的人物。
行印凭空消失，从盗窃案开始，以舞弊案结束。一个低级错误引发了匪夷所思的情节，原本以为是一个精彩的盗窃与侦破的故事，结果，朝廷花了九牛二虎之力仅仅是揭开了兵部政务废弛、舞弊成风的盖子，再也无力深入整顿，也没能够查清案情真相。