林肯挥手向人们告别，车子出发了。在斯普林菲尔德去华盛顿的途中，林肯会见了五个州的州长和一些州议员，他的足迹遍及美国东部的一些主要城市。他发表了二十几篇演说。一路上，他同成千上万的人握过手，同那些想亲眼看看他这位新总统的人们见面。在那些日子里，他一再谦虚地表示他是出身贫寒的总统，但却要完成比任何总统都艰巨的任务。
十天后，林肯到达费城。费城-威尔明顿-巴尔的摩铁路公司的侦探阿伦·平克顿向林肯报告了一个阴谋集团要暗杀他的消息。这个集团的头子是一个名叫费尔南迪纳的理发师，他发誓说：“我愿意以我的生命来换取林肯的生命。”这些人计划在23日林肯经过巴尔的摩车站时下手。当林肯到达时，一群人先故意在那里挑起一场殴斗，以便把警察吸引开，然后费尔南迪纳的刺客会趁机将林肯围住，把他打死。平克顿建议林肯当晚就动身去华盛顿，抢在阴谋分子之前行动。为了自身的安全，林肯在考虑过平克顿提供的信息后随即决定第二天晚上出发。
第二天，林肯乘车悄悄离开了哈里斯堡，安全到达华盛顿。3月4日，林肯在华盛顿宣誓就任美国第16任总统。
南北战争
上任后的林肯总统所面临的是一场关系国家生死存亡的南北战争。1861年3月5日，也就是林肯就职典礼后的第二天，他收到了南部联盟萨姆特堡垒司令罗伯特·安德森少校送来的紧急报告，说他们的粮食储备只够维持四个星期，而且南部联盟分子早已准备就绪，只等戴维斯一声令下，就要炮轰萨姆特堡垒，扯下美国国旗，一时之间，前线的形势十分严峻。
接到报告后，林肯立刻召集他的内阁成员举行了第一次会议，讨论是否向萨姆特堡垒提供给养问题。七个内阁成员中有五个反对给安德森运送粮食，一个赞成，一个没有表态。直到4月6日，内阁成员才同意向萨姆特堡垒运送给养。然而，南方竟不宣而战了。4月12日凌晨，围困萨姆特的南部联盟军队向萨姆特发射了第一炮，接着迫击炮、榴弹炮等各种炮弹一齐射向萨姆特。这次炮击持续了33个小时。
最后，安德森放弃了这个堡垒。林肯原来试图对南方进行安抚的做法已经没有效果，便于15日宣布政府会竭力镇压南方的叛乱。就这样，美国历史上的南北战争从此展开。
南北双方从力量对比来看，北方具有压倒性的优势。北方联邦有23个州，2300万人口，几乎所有的重工业、军火工业和轻工业都集中在北方。南方联盟只有11个州，900万人口中有400万是渴求解放的黑人奴隶。南方大部分经济靠经营农业，只有为数不多的几个小型兵工厂。但是，南方对战事早就作好了准备，不但内部拥有一支装备精良、训练有素的军队，外部也得到英、法两个列强的支持，因为英、法两国都不希望美国的资本主义发展起来。
战争开始的第一天，林肯发表讲话，他号召忠于国家的各州在三个月内召集75000名士兵，以协助联邦政府把叛乱镇压下去。在城填和村庄里，人们同仇敌忾，各界人士为招募和装备军队进行募捐，几乎每个村镇都有人参军，他们庄严地宣誓要在7月中旬以前粉碎这次叛乱。同一天，距华盛顿大约25英里（约40千米）的地方，弗吉尼亚州马纳萨斯的布尔河畔南部联盟博雷加德将军率领的2500人的军队狂呼“向华盛顿进军”的口号，气焰十分嚣张。
1861年6月29日，林肯召开内阁会议，讨论对南部联盟的作战方案。林肯决定，由麦克道尔将军率领一支3万人的军队进攻布尔河。但是由于军队缺乏训练，这次战斗仅打了一个白天就溃败了。首都华盛顿险些被敌人攻下。
1862年1月27日，林肯发布了向南方发动总攻的总统作战命令。他命令50万大军兵分两路，一路由格兰特将军指挥，直取密西西比河流域；另一路由巴特莱尔将军带领，从海上攻取密西西比河口的新奥尔良。5月，两军在新奥尔良会师，胜利完成了总反攻任务。
1862年6月，南部联盟罗伯特·爱·李担任了北弗吉尼亚军团司令后，派遣杰克逊部队向谢南多亚河谷进军。杰克逊率领17000名士兵横扫河谷地区，击败了联邦军，并俘虏3000人，夺取了大量物资。这一次袭击使形势变得复杂起来。
1862年6月26日到7月2日，在里士满以东半岛地区进行了几次战斗。罗伯特·李指挥的部队企图切断麦克雷伦在怀特豪斯兰丁的基地同后方的联系，于6月26日开始向波托马克军团在梅坎尼克斯维尔的前哨阵地猛扑。麦克雷伦依靠海军的掩护，向詹姆斯河且战且退。7月在詹姆斯河北岸的据点莫尔文山与叛军激战，接着败退到哈里森斯兰丁，从这里再撤回到华盛顿地区。这便是联邦军自1862年4月开始的企图夺取里士满的第二次半岛战役，至此以失败而告结束。新奥尔良也被叛军占领。
自从内战开始，林肯就担任陆海军总司令，面对眼下的形势，他开始在白宫直接指挥几支部队的行动。他把麦克道尔、班克斯、弗里芒特率领的三支军队编成一支新的联军，命名为弗吉尼亚军团，他们拥有三倍于杰克逊的兵力。波普将军任这支军队的司令，波普以勇敢著称，但也过于刚愎自用。1862年8月，林肯指示波普组成一支小部队相机袭击敌人，给敌人以重创。但是，波普根本不予考虑。他的部队终于在遭到敌军的一系列打击后，于8月30日退出布尔河阵地。
联邦军队一败再败的消息强烈地震撼着华盛顿，居民争先恐后逃离家园。联邦政府部大厦周围用成百桶的水泥构筑了防御工事。按照总统的命令，政府各部门的公职人员都登记入伍，并开始进行军事训练。官员们已将重要文件捆成包，随时准备带走。9月，趾高气扬的罗伯特·李率领45万部队越过波托马克河进入马里兰，开始了叛军向联邦军队的第一次大举进攻。
叛军的目的是使马里兰脱离联邦，并进而攻占宾夕法尼亚。9月17日，麦克雷伦的九万大军与罗伯特·李的部队在安提塔姆河畔相遇。战争进行得十分激烈。战斗结束时，双方各伤亡一万二千多人。叛军重新渡过波托马克河，又一次撤回到南部。麦克雷伦本应跟踪追击李的部队，但他出于不可告人的目的，竟然篡改、歪曲林肯总统要他“有可能就摧毁叛军”的命令，放了本来可以歼灭的敌军。
从1861年4月到1862年9月，美国南北战争已进行了一年多时间。在战争的这一阶段，北方在军事上处于劣势，许多方面是由于林肯政府在政治上动摇不定而造成的。随着战争的发展，在广大人民群众的推动下，林肯政府对战事进行反思后逐渐采取了一些果断措施。
1862年5月20日，林肯颁布了宅地法案。这是美国在战争时期颁布的一项重要法令，是美国资产阶段解决土地问题的一种革命的方式。法令规定：凡是美国公民或已请求入境的移民，均可交10美元手续费无偿得到西部地区160英亩（约976亩）的土地，连续经营五年之后，即可享有这块土地的所有权。这个政策有效地阻止了奴隶主势力向西部的扩张，极大地调动了北方劳动人民和奴隶阶层投入战斗的积极性。由于黑人参战，北方战局迅速好转，逐渐从混乱的防御局面中解脱出来，转败为胜。
1865年3月，南北战争进入最后阶段。4月9日，在里士满以西95英里（约152千米）处阿波马托克斯村的一间小房子里，南部联盟罗伯特·李向格兰特交出了他的全部军队，在投降书上签了字。不久，南、北卡罗来纳州的南部联盟的军队也全部投降。几周内，历时四年的南北战争以北方的胜利宣告结束。
北部的胜利维护了以联邦为形式的国家的统一，这是美国历史上划时代的大事。它是独立革命的延续与深入，为资本主义的发展开辟了广阔的道路，因此也被称为美国的“第二次革命”。